对无效建筑工程承包合同处理的总原则是：尚未履行的判决不再履行;正在履行的，应立即终止履行，并视具体情况按过错程度处理;合同已经实际履行完毕的，应当根据无效合同当事人的过错责任程度和工程造价构成情况进行处理。有过错的一方应当按照工程的实际造价返还无过错的承包方应得的工程款，并赔偿因此而发生的损失。承发包双方互有过错的，按过错程度确定赔偿数额。一方或双方故意违法损害社会公共利益的，应当对其非法所得予以收缴上交国库。应当注意的是按照以上方法处理无效建筑工程承包纠纷过程中，在某些情况下会发生赔偿损失与追缴非法所得交叉重叠的现象。要正确理解和把握法律法规的立法原意，使故意的一方既要赔偿无过错一方的实际损失，又要追缴不法利益，体现民事制裁性。无效建筑工程承包合同并非不受法律保护，仅是当事人双方不能依据合同产生预期的结果。造成建筑工程承包合同无效的原因有缔约主体资格严重缺陷、合同内容违法等。
(一)无效建筑工程承包合同的过错责任承担
合同无效后，应当根据当事人的过错大小，合理划分缔约过错责任。在审查上未尽到合理注意义务的各方均有过错。如对严重违反国家基本建设程序致合同无效的，发包方承担主要过错责任，承包方承担次要过错责任;无企业法人营业执照和建筑业相应资质证书造成合同无效的，承包人承担主要责任;发包人未办理相邻用地使用手续和建设用地规划许可手续的，发包人承担主要责任，承包人负次要责任。施工合同被确认无效后，原则上不应依据合同约定确定工程价款。但施工方付出了劳动，投入了资金，发生了建筑工程的直接费用，在施工过程中，上述财产只是从一种形态转化为另一种形态，其价值并未改变，并已全部转移到新的建筑工程之中，因此，施工方理应得到合理补偿，即上述建筑工程的直接费用应由建设方给付。对于建筑工程的间接费用，如劳保基金、税金、施工管理费等，其价值并不直接转移到建设工程中，如确已发生，可作为施工方的损失，根据双方过错合理分担。对于施工方的利润，原则上不应支持。在坚持这一原则的基础上，还应区分以下情况分别处理：
1、关于建设方不具有建设工程立项、规划和施工批准手续，或者施工方不具备承揽工程相应资质的工程价款结算。按照现行法律规定，立项、规划和施工批准手续既是建筑工程施工的法定前提条件，也是判定建筑工程是否合法的标准;施工企业具备相应的资质是承揽工程和签订承包合同的法定条件。因此，对于诉讼前建设方未取得上述手续，或者施工方未取得相应资质的，由于承包合同违法性的瑕疵不能弥补，应确认为无效。
其中，对于建设方不具备建设条件，而施工方具备承揽工程相应资质的，实践中往往建设方隐瞒违法事实，没有履行告知及依诚实信用原则所尽的义务，系先合同义务的违反。因此，建设方对合同无效承担主要过错责任。此情况下，从公平角度考虑，施工方得到与订立合同时所预期的工程价款较为公平、合理，即其应得到工程的直接费用、间接费用和利润等。如果双方在合同中对工程结算的计价标准和方法有明确约定，且不违反法律规定的，应当按合同约定结算工程价款。鉴于施工方对建设方违法建设的事实未尽到必要的审查义务，对导致合同无效，其主观上亦存在一定过程，因此，对于合同约定的违约金等损失，按照过错相抵原则，施工方不应得到全额支持。
同理，对于建设方具备相应的建设条件，而施工方不具备承揽工程相应资质的，施工方对合同无效在主观上应负主要过错。因此，合同中关于工程价款的约定不应作为结算的依据，其工程价款应当根据建设行政管理部门制定的定额标准据实结算。其中，属于低资质施工企业承揽高资质要求工程的，按施工企业的实际资质等级采用上述方法结算工程价款;施工方无施工资质的，只能给付其垫付的资金和构件费、机械设备使用费、人工费和其他建筑工程的直接费用。此类案件，由于合同约定的工程价款与实际给付价款的差价部分由建设方取得无法律依据，审判实践中可依据《民法通则》第一百三十四以非法活动的财物和非法所得予以收缴。
2、关于不具备施工资质的企业或个人利用、借用有资质施工企业的经营资质，或者以联营、承包、挂靠等形式变相使用有资质施工企业的资质，导致合同无效的工程价款结算。此情形，其工程价款的确定可以比照前述无效合同的原则处理。需要强调的是，此类纠纷从性质上讲为合同纠纷，合同双方系权利义务的主体，因此，原则上应由合同施工方作为权利主体主张权利，工程价款应给付合同施工方，建设方对实际施工人不负有直接给付工程款的义务。如实际施工方作为权利主体提起诉讼的，经审理查实，应驳回其起诉，告知其由合同施工方主张权利或向合同施工方主张权利。如果实际施工方与建设方在履行施工合同中已形成事实上的权利义务关系，合同施工方不主张权利或因破产、被吊销营业执照等原因不能主张权利时，实际施工方可以作为权利主体提起诉讼。合同施工方未作为诉讼主体参加诉讼的，还应追加其为诉讼当事人。
3、关于合同施工方违法将承揽的工程转包、分包导致合同无效的工程价款结算。此类纠纷由于分别存在着承包与转包、承包与分包两个合同，应当坚持依合同主张权利的原则，并且不追加无合同关系的建设方、实际施工方为诉讼当事人。
(二)建筑工程承包合同无效后工程质量问题的处理
应当注意的是赔偿数额与损失数额不是同一概念。损失数额与应当赔偿的数额分别确定以后，一般可以采用抵扣工程款的方法处理无效建筑工程承包案件中的工程质量问题。
(三)关于半截子工程(也即烂尾工程)的处理问题。
对半截子工程能否结算已完工的工程款?如果合同有效，应对工程量进行结算。如由承包人的原因造成工程烂尾，发包人可追究其违约责任，对承包人已投入的施工费用据实结算;有效合同主要是计算已完工的部分工程占全部工程量的比例，以此确定工程款的数额。如合同无效，应按无效合同的处理原则核算承包人的直接费用，约定不明确的，按照国家有关部门公布的当年度定额取费标准计算。
对半截子工程在具体处理中应灵活，一般不能判决承包人继续履行合同，可先行裁定另由其他承包人完成未完工程。