一、发包方主体瑕疵的情形
对发包人而言，具有独立财产，能够对外独立承担民事责任的民事主体都可以成为发包方，包括法人单位、其他组织、公民、个体工商户、个人合伙、联营体等，但并非具备了进行一般民事行为的资格和能力，就可以签订建筑工程施工合同。根据《房地产开发企业资质管理规定》，房地产开发企业资质可以分为四级，承接业主的范围各有不同。
如果发包方不具备法律、法规对其的资质要求或不具备发包条件，发包方所签订的合同无效：
(1)发包人没有相应的资质或超越资质签订的建筑工程合同无效，对于房地产开发项目而言，开发商作为发包方要有相应的资质，对于非房地产项目的建筑工程合同，则没有这方面的要求，比如说有些市政工程；
(2)工程没有立项或未取得建设用地规划许可证的；
(3)发包人不属于招标人；
(4)发包人未取得建设工程规划许可证；
(5)建设单位内部机构对外发包工程的合同未经建设单位的事后认可或追认，亦不能构成表见代理的，合同无效。
另外，对于临时机构对外发包工程合同的效力，应审查临时机构是否是行政机关正式发文成立，有一定的职责，并在授权的范围内签订合同，具备以上条件并符合其他条件的，认定合同有效，否则合同无效。
特别提醒的是，在发包方作为项目公司的情况下，承包方要特别注意，因为项目公司是临时组建的，其原来的建筑规划许可证等有关审批文件可能不再其名下，可能会导致合同不能正常实施及最后顺利竣工验收。另外，项目公司的组建具有临时性也决定了其履约能力较差，有随时注销的可能性，这样对于后期付款，特别是项目预售情况不佳的情况睛，影响较大。
二、承包方资质问题导致合同无效的情况
对于作为承包方的施工单位，立法对其资质要求较之发包人更为严格。《建筑法》第13条规定按建筑企业的注册资本、专业技术人员、技术装备和已完成的工程业绩划分为不同的的资质等级，在取得相应资质证书后，方可在资质等级许可的范围内从事建筑活动。
如果承包方不具备法律、法规对其的资质要求或违反了法律、法规的强制性规定，发包方所签订的合同无效：
(1)无资质的施工企业所签订的建筑工程合同无效，原因就是国家实际严格的资质管理；
(2)超越资质的施工企业所签订的建筑工程合同无效。根据《建筑法》第26条：禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可证的业务范围承揽工程；
(3)两个施工单位联合共同承包工程的，应按资质等级低的单位的业务许可范围承包，否则合同无效。(4)冒用、盗用他人资质的情况，实际上是没有资质，所以合同无效。但是，对于个体建筑队、个人合伙建筑队承建的一般农用建筑，符合有关规定的，认定有效。
三、非法转包、违法分包、挂靠问题
所谓非法转包，是指建筑商(总包人或承包人)违反法律、法规规定，将其承包的全部工程转让给他人施工或分包后未在施工现场设立项目管理机构和派驻相应人员，并未对该工程的施工活动进行组织管理的行为。在这类合同中，受让的第三人往往没有资质或者资质不够等级，从合同主体的角度讲，这种合同也是无效的。
违法分包是指建设工程承包人违反合同的约定和未经建设单位认可，或者将工程分包给没有资质的分包人，或者将工程分包后不参加现场管理的行为。如果在分包中是将工程分包给没有资质的分包人，实际上是违反了国家有关资质的规定，这种情况下，即使是建设单位同意，也符合合同的约定，这一类分包合同也是无效的。
与转包、分包行为类似的行为便是挂靠，所谓挂靠行为，是指建筑施工企业(即挂靠企业)或个人以其他建筑施工企业(即被挂靠企业)的名义承包工程的违法行为。挂靠现象的出现的直接原因就是因为我国对建设工程承包单位实行严格的资质管理行为。由于挂靠行为是为《建筑法》有相关行政法规严格禁止的行为，因此挂靠的形式总是以分包或者合作的形式出现。
值得注意的是，根据2004年10月，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，即便由于建筑工程主体资质有不合法，但如果建筑工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，法院应当支持。