一、建设工程施工合同纠纷可以反诉吗
建设工程施工合同纠纷可以反诉。反诉成立了一个新的诉讼法律关系，是指被告在已经开始的诉讼程序中，向本诉的原告提出独立的反请求。作为反诉必须与本诉源于同一事实和同一法律关系，其目的为抵销或者吞并原告的诉讼请求或者使得原告的诉讼请求失去意义。
如发包方以工程质量存在问题为由要求承包人支付违约金或赔偿金的，其诉求不仅明确而且具体，具备《民事诉讼法》诉的全部条件，属于独立的诉。发包人提出来的，应当作为反诉对待。
如双方在合同中明确约定可以直接将工程质量违约金或赔偿金从应付工程款中扣减的，发包人提出扣减请求的，因双方已有了明确的约定，故该请求可以应视为抗辩，发包人也无需提起反诉。
二、建设工程施工合同效力的认定
关于建设工程施工合同的效力主要审查以下几类：
1、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级承揽建设工程的合同无效。
2、没有资质得实际施工人使用有资质的建筑施工企业名义承揽工程的合同无效 。在这里要特别注意区分挂靠关系与建筑企业的内部承包关系。如两者之间有产权联系、有统一的财务管理、有严格而规范的人事任免和调动或聘用手续就可以认定为内部承包关系，而不认定为挂靠关系。反之，则为挂靠关系。
3、非法转包和违法分包的合同无效。
4、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的合同无效。
5、无取得土地使用权证、无取得建筑工程规划许可证、无办理报建手续的三无工程的施工合同应确认无效，但在审理期间已补办手续的，应确认合同有效。
6、承包人没有承揽建设工程的资质，但具有劳务分包资质的，其与总承包人、分包人签订的劳务分包合同有效。
7、垫资施工合同不作无效认定。当事人对垫资及垫资利息有约定的，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但其约定利息计算标准不得高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率。对垫资没有约定而实际存在垫资事实的，按照工程欠款处理，对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
三、建设工程施工合同纠纷诉讼主体的确定
建设工程施工合同纠纷案件当事人比较复杂。在处理该类案件中，较为常见的有以下六种情况：
1、因转包、违法分包合同发生纠纷，实际施工人只起诉承包人索要工程款的，应予准许，原则上不将发包人列为案件当事人。但承包人要求追加发包人为第三人并对其主张权利，而发包人对承包人又负有义务的，可以将发包人列为第三人；为了查明案件事实需要，法院也可以追加发包人为第三人；实际施工人直接以发包人为被告主张权利的，应予准许。
2、施工人挂靠其他建筑施工企业并以被挂靠单位名义签订建设工程施工合同，挂靠施工人或者被挂靠单位起诉发包人的，发包人可申请追加被挂靠单位或者挂靠施工人为第三人。发包人起诉挂靠施工人或者被挂靠单位的，可以追加被挂靠单位或挂靠施工人为共同被告。
3、转包、分包(包括违法分包)工程因工程质量引起的纠纷，如发包人只起诉承包人或者发包人只起诉实际施工人的，可依当事人的申请，将实际施工人或者承包人追加为共同被告。
4、承包人经发包人同意将工程转包的，属于合同转让即合同权利义务的概括转移。合同一经转让(转包)，承包人即退出承包合同关系，受让人(实际施工人)取得原合同当事人的法律地位，其起诉索要工程款，应当直接起诉发包人；与此相对应，发包人因工程质量问题应直接起诉实际施工人。
5、多个承包人联合共同承包的，因其均为承包合同的一方当事人，发包人提起诉讼的，承包各方应作为共同被告。
6、工程项目经理部不是适格的诉讼主体，应以设立该项目经理部的法人为诉讼主体。