1、委托开发
2002年6月6日，某县人民政府与江西圳昌公司投资实业公司(下称圳昌公司)签订《县政府大院开发建设合同书》约定，由圳昌公司开发建设该县政府大院。2002年6月8日，圳昌公司向该县人民政府出具授权书，委托圳业公司全权负责该项目的开发、建设。
2、施工建设
2002年6月，圳业公司先后与江西省国利建筑工程公司(下称国利公司)签订三份《建设工程施工合同》及《补充协议》约定，工程项目分别为该县行政中心建设工程县政府大楼、档案馆、食堂及宾馆;承包范围为土建工程，工程总价款为人民币 1424万元;工程项目采用可调价格，合同价款调整方法为：按施工图、变更通知书、签证单进行调整，调整范围不得超过圳业公司与该县政府决算价格，最终价格以该县政府审定认可的造价为基础;工程项目全面竣工结算后，圳业公司半年内需向国利公司支付90%工程款，土建保修期满付7%，余款3%作为工程质保金;国利公司同意在工程总造价上让利8%。结算依据为2001年《全国统一建筑(安装)工程定额》，按三类取费等。另，《建设工程施工合同》通用条款第33条关于工程竣工结算约定：发包人(圳业公司)收到承包人(国利公司)递交的竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。
在建设过程中，圳业公司向建设单位该县人民政府提交了六份工程变更单，并由其和国利公司、监理单位的代表签字后经双方当事人盖章确认。经圳业公司上交建设单位审批，但有两份工程变更单没有得到建设单位代表的签字，一份没有设计单位代表签字。
3、竣工结算及纠纷
2004年 8月，该工程通过竣工验收并交付使用。圳业公司分别于2004年 9月23日、11月8日和12月30日收到国利公司递交的工程决算书。该《工程决算书》反映的工程总造价为人民币2474.29万元。
2005年1月8日，该县人民政府、圳昌公司与国利公司三方召开了关于工程款决算会议。在会议上，国利公司的项目经理熊小平在《会议纪要》上签字承认已经领取了部分工程款，并承诺在圳昌公司与县人民政府有关工程总结算完成前，不再索要工程款。圳昌公司也盖章确认该纪要内容。而圳昌公司与该县人民政府的工程结算至今尚未进行。
2005年5月，国利公司诉至法院，请求：判令圳业公司清偿工程款人民币1210万元及及利息90万元。诉讼中，国利公司向法院申请先予执行，经法院裁定后，由圳业公司向国利公司支付了200万元。在本案举证期限内，圳业公司未提出对本案所涉工程造价进行司法鉴定的申请。举证期限届满后，圳业公司提出书面鉴定申请，在法院移送鉴定过程中，圳业公司对鉴定事项范围提出异议，且未在要求的时间内交纳鉴定费用，导致鉴定最终未进行。
【争议焦点】
1、本案是否适用《司法解释》第20条逾期不予答复，视为认可竣工结算文件之规定?
2、圳业公司支付工程款的条件是否已成就?
3、关于工程款数额的计算问题。
【法院判决】
一审法院认为：圳业公司收到国利公司提交的竣工结算资料后后，未在合同约定的28天内对决算问题提出任何异议，国利公司要求按其竣工结算文件支付工程款的主张，符合双方约定及《司法解释》第20条规定;在法院对所涉工程款可调部分进行司法鉴定时，圳业公司未按规定时间缴纳鉴定费用，视为其对鉴定请求的放弃;国利公司主张的工程款1210万元，从中扣除国利公司承认让利部分8%，再扣除已通过先予执行工程款200万元，圳业公司应向国利公司支付工程款812.08万元;国利公司诉请所欠工程款含有3%的工程质保金，现保质期已过，依约保修金在返还时不计利息，故国利公司要求圳业公司支付该质保金的利息没有依据。
据此，法院遂判决：圳业公司向国利公司支付工程款人民币812.08万元及利息(工程款中3%保修金不计利息)。
圳业公司不服一审判决，提起上诉。二审法院审理后，扣除国利公司明确表示放弃的工程款利息60万元及因编制工程结算书计算错误而多算的工程款1879343.98元，后改判：圳业公司向国利公司支付工程款6394467.67万元及利息30万元。
【法律分析】
一、关于逾期不答复是否视为认可竣工结算文件
《司法解释》第20条规定：当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按竣工结算文件结算工程价款，应予支持。 在司法理论及实务界，适用该规定的前提是：当事人之间必须特别约定了发包人收到竣工结算文件后，在约定的期限内不予答复，则视为认可竣工结算文件;如果当事人仅仅是因为选择适用了建设部制定的建设工程施工合同格式文本，而没有作出特别约定，则不能以该格式文本中的通用条款第33条之约定为前提适用该规定。 国利公司主张，在工程竣工验收后的结算期间，其向圳业公司递交了工程竣工决算书;双方《建设工程施工合同》通用条款第33条中关于工程竣工结算条款约定，发包人收到承包人递交的竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，发包人收到竣工结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算款，从第29天起，向承包人按同期向银行贷款利率支付利息并承担违约责任。
而圳业公司认为，因国利公司未向其提交完整的决算资料，导致决算工作无法顺利进行，责任在于国利公司。
法院审理认为，
本案，当事人只是选择适用了建设部制定的《建设工程施工合同》格式文本，并没有对发生上述情况下是否以承包人报送的竣工结算文件作为工程款结算依据一事作出特别约定。
因此，不能以该格式合同文本中的通用条款第33条之规定，简单地推出发包人认可以承包人报送的竣工结算文件作为确定工程款数额的依据。
二、关于圳业公司支付工程款的条件是否已经成就
交的竣工结算文件作为确认工程款数额的依据，但并不意味着《建设工程施工合同》通用条款第33条第3款的内容，对双方当事人没有约束力，违反这一规定，仍应承担违约责任。
现国利公司已履行合同义务，且工程验收合格并交付使用，圳业公司对工程质量不持异议。此后，国利公司依约提交竣工结算文件。圳业公司在收到竣工资料后的28日内，既不表示认可也未提出修改意见，违反了双方当事人选择适用的建设部《建设工程施工合同》格式文本中第33条之约定。依约，从第29天起，支付工程款的条件成就。圳业公司的违约行为不能阻却支付工程款条件的成就。
关于2005年1月8日《会议纪要》对工程款支付时间的影响。
圳业公司举证《会议纪要》、《工程款正常支付申报表》及其分四次通过银行向国利公司支付工程款的九张凭证，用以证明依《会议纪要》约定，在其与县政府结算前，国利公司不得再索要工程款。
本案，《会议纪要》的与会方并不包括圳业公司，作为与会的工程款付款义务人在该纪要上盖章的是圳昌公司。该纪要与圳业公司没有直接关系，即使圳业公司举出的相关付款凭证证明国利公司已经领取了部分工程款，也并不能证明其通过该《会议纪要》承诺在圳昌公司与县政府结算前不向圳业公司索要工程款。且由于圳昌公司、圳业公司均为独立的法人，是不同的民事主体，圳业公司关于圳昌公司就是圳业公司的主张不能成立。 故，对圳业公司关于支付工程款条件未成就的主张，不予支持。
三、关于工程款数额的计算
鉴于该工程项目采用可调价格，双方当事人在价格调整问题上存在争议。本案国利公司提交的六张工程变更单，虽有两份没有建设单位代表的签字，一份没有设计单位代表签字，但均系圳业公司提出变更，并由其和国利公司、监理单位的代表签字后盖章确认。由于涉案合同是在双方当事人之间履行的，作为发包方的圳业公司有义务将工程变更单提交建设单位、设计单位代表签字。即使工程变更单存在未提交有关代表签字的瑕疵，也不能成为其否认工程变更单效力的理由，故该六份工程变更单有效。
圳业公司虽主张已付清工程款，但不能提出有效证据加以证明。尽管圳业公司提出通过鉴定确定工程款的请求，但这一请求因其未按期缴纳鉴定费而未能得到支持，依法视为其放弃权利。但在确定工程款数额的问题上，圳业公司仍享有抗辩权。圳业公司提出因国利公司计算工程款有误，致使一审判决认定的工程款多了1879343.98元，法院经审查后予以确认。
本案中，法院之所以最终判决以国利公司向圳业公司报送的竣工结算文件作为确定工程款数额基础的结论，是因为在一审诉讼中，国利公司将该竣工结算文件作为确定工程款数额的证据提交后，圳业公司没有在法院指定的举证期限内提出相反证据，亦未在这一期限内申请鉴定。在法院同意就与工程款有关的问题进行鉴定后，圳业公司以不同意法院确定的鉴定范围为由，未在指定的期限内缴纳鉴定费，致使鉴定工作未能进行，应承担举证不能的后果。
最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二十五条第二款规定：对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。
故，本案法院只能以承包人国利公司提供的证据，作为确认工程款的基础，并据此判决圳业公司支付工程款。