一、完善设计，减少或避免设计变更
施工图纸是设计单位根据业主委托绘制的，是对拟建建筑物、构筑物的使用功能、平面布局、外观造型及内在质量进行三维表示的文件，也是编制工程量清单的重要依据。
设计图纸一经确定，除发生人力不可抗拒的原因外，业主不可对施工图纸进行随意变更，因为任何变更都会造成工程量和分部分项工程单价的变化，从而引起承包商对业主的索赔。因此，业主在与设计单位签订委托设计合同时，应对施工图纸的设计质量标准有所约定，因设计人的过失而发生的索赔，设计人应承担一定的经济责任。抓好工程设计，是搞好项目管理的首要环节。
二、科学而准确地编制工程量清单
业主应要求工程量清单编制人应该具有丰富的施工及造价管理经验，所编制的工程量清单除数量准确外，应将每个分项的工艺要求、工作内容、特殊施工措施及材料使用等进行详尽的表述，以严谨地设置分部分项工程项目，使其具有良好的可操作性。
三、严谨地设置合同条件
工程量清单报价方式的合同条件设置，应使业主尽可能地回避风险，充分考虑工程施工中可能发生的不确定因素，对将来发生的不确定因素都要求承包商一一做出承诺，建议参考FIDIC条款拟定该工程合同条件。对监理工程师和造价工程师的职责权限要做出明确的规定，无论是监理工程师的计量还是造价工程师的计价工作，最终都必须经过业主的认可才能生效。
为了避免出现工程施工过程的监管失控，树立监理工程师和造价工程师的权威性、明确责任，业主对监理工程师和造价工程师发出的工程指令以及对承包商的工程指令，都必须经过监理工程师和造价工程师发出。为了避免工程项目管理的紊乱，在合同条款中要明确约定承包商不直接接受业主的指令。
四、强化施工过程的监管
对工程施工过程的监管，是通过监理工程师和造价工程师来完成的。为了保证工程质量和施工进度以及避免工程不必要的索赔，监理工程师要严格按照合同条件对施工过程实施监管，每道指令的发出都必须受到合同条件的约束。不可随意修改施工图，改变设计文件和工程量清单所规定的工作内容以及材料品种、规格、数量。若因实际需要对上述内容进行修改，必须报业主项目主管同意后，会同设计单位和造价工程师一起对该事件进行评估后方可发出工程指令，并要求承包商在合同规定的时间内作出计量和计价申请，监理工程师和造价工程师也必须在合同规定的时间内作出计量和计价的确认并报业主批准。监理工程师未经业主同意发出的施工指令，引起承包商索赔的，造价工程师不予计价。
在工程施工过程中，对承包商主动提出的工程变更或施工方法改变的要求要严格控制，凡是为了方便施工，节省时间和降低施工成本的工程变更，在明确了经济责任且不会损害业主的当前利益和长期利益后方可批准。
五、严格控制工程索赔
工程索赔是在采用清单式报价方式后，承包商获取最大利润的一种有效手段，承包商承揽工程，多半采用低报价、高索赔的方法。合理的低标，可排挤其他竞争对手。工程承揽到手后承包商又采用高额索赔的手段来实现利润最大化。每项工程都会因为一些不可预见或不可抗逆的因素而产生工程索赔。如：地基条件的变化，气候灾害的影响，建筑物、构筑物使用功能的变化，构成工程主体实物的材料改变等。若因合同条件设立时的不严谨，没有全面的估计到工程会出现的变化，都会将业主在招标时节省的投资消耗掉，甚至会造成业主投资的大量追加。因此，业主为了维护自身利益，在制定合同条件时应当掌握控制索赔最高限额的权利。世界银行的投资项目规定，工程索赔的最高额度超过承包商承揽工程总价的15%时，具体索赔金额由业主决定。