脱硫废水处理系统包括5个处理工序，即中和、沉降、絮凝、澄清及污泥处理系统。
1、中和。整个脱硫废水处理池由3个箱体组成，前一个箱体充满溢流进入下个箱体。
2、沉降。脱硫废水中加入石灰乳后当值达到9.0-9.5时，大多数重金属离子均形成了难溶的氢氧化物。3、絮凝。脱硫废水的悬浮物含量较大，在澄清池的入口中心管处加入阴离子混凝剂PAM，进一步强化颗粒的长大过程，使细小的絮凝物慢慢变成粗大结实、更衣沉积的絮凝物。
4、澄清。絮凝后的废水从反应池溢流进入装有搅拌器的澄清池中，絮凝物沉积在底部浓缩成污泥，上部则为处理出水。
5、污泥处理系统。当澄清池底部污泥存在一定高度时，启动污泥输送至板框式压滤机中脱水。
脱硫废水处理系统设计为无人值守的形式，因而对控制系统提出了更高的要求，同时废水处理系统涉及到很多独立的小系统，整个系统的控制点数有近500个。废水处理过程还涉及到化学反应平衡的控制，也就是说控制系统存在滞后环节，因而要使这一系统稳定运行并使废水达标排放要做相当多的工作。