1、直接支付至承包人的指定账户
发包人将工程款支付至承包人的指定账户，无论是转账、现金汇款还是使用票据，对双方来说都无疑是避免纠纷的最有效方式。即使付款或收款的凭证不慎遗失，任何一方都可以到银行查询交易记录完成举证，法院也可以通过调查取证查清付款的详细信息
2、支付给承包人的有关人员
发包人将工程款直接支付给实际施工人的情形较多。除了实际施工人以外，承包人的财务人员、现场负责人或委托授权的其他人往往也会收取工程款。
3、支付给特定的第三方
在履行合同过程中，发包人需要将一部分工程款支付给第三方，而承包人对此予以认可或应当认可的，同样具有法律上的效力。