水利工程审计风险
1.审计方法落后
现阶段水利建设工程快速发展，行政主管部门及建设单位对水利工程审计的重视程度也在逐渐加强。但由于水利工程审计多为事后审计，且在审计方法上缺乏创新，审计人员在审计过程中根据工程预算定额进行逐一的审查，所耗费的时间长且效率较低，争议问题较多，影响了水利审计工作的整体质量，也不利于水利工程管理单位后续工作的开展。
2.审计人员素质不高
影响水利工程审计工作的另一个因素即审计人员，在水利工程领域，同时具备水利工程技术、水利工程造价和审计理论的人员偏少，难以保证大量的水利工程审计工作顺进推进。技术与措施、方案与造价都是相辅相成了，参建单位往往缺乏对审计要求的理解，而审计过程中也很少对参建单位进行审计工作的培训;从事审计工作的人员往往又存在现场施工经验不足等情况，这就导致水利审计工作难以开展，进而影响到水利工程建设的整体验收。
3.水利工程审计对象较为复杂
由于我国水利工程建设的复杂性，水利工程审计工作中所包含的工作内容也较多，审计对象包括建设单位、勘察、设计、监理、施工单位等。由于从事水利工程建设的单位均应具备相应级别的水利工程专业资质，特别具备大型水利工程参建经验、能力的单位并不多，这些单位之间的横向合作、沟通往往较多。在水利工程审计过程中必须坚持审计原则，提高风险意识，编制科学、有效的审计工作方案，从而保证审计工作的顺利进行。
4.水利工程建设管理制度有待进一步完善
水利工程相较房屋建筑、市政工程及其它基础建设项目数量要少很多，水利建设单位基本上为国有企事业单位，专业施工单位绝大多数为国有企业，且家数非常少，又因水利工程的专业特殊性，建设单位体制单一造成建设管理理念较为片面和趋同，主管部门对水利工程建设活动监管力度较房屋建筑、市政工程要低一些，使得建设管理制度建设缺少多角度、多空间、多方面的理念和思维，造成管理制度落后、不全面、不完善，对建筑管理活动的监管难，极易出现违规的管理现象。
5.计价体系水平有待提高
水利工程计价定额由国家水利部编制和修改，使用中遇到问题等没有较好的沟通反馈渠道，致使定额修订时忽略，影响定额水平的提高。又因水利工程施工单位数量较少，造成市场竞争不充分，对计价中的问题反映不完全，也给计价水平提高带来不利影响。
水利工程审计风险的防范措施
1.提高水利工程审计意识
针对水利工程审计风险，水利工程审计实施单位应予以重视，必须处理好监督与服务的关系，在建设过程中加强水利工程审计意识，保证审计独立性，避免审计风险的发生。还需要对相应的审计人员进行定期的培训与指导，保证其能够遵守审计规定与相关要求，进而保证审计工作的有效性。而审计人员自身，也需要加强自身责任意识，在实际的审计工作秉持公平、公正、公开的原则进行审计工作，确保水利工程审计工作的整体水平。
2.加强水利工程审计方案制定
由于水利工程项目具有独特性、复杂性和多样性的特点，在开展水利工程审计工作前，相应的水利单位必须要加强水利工程审计方案的制定。首先，审计单位要根据工程特点确定项目负责人及审计人员，审计团体在方案制定过程中要从实际出发，根据不同项目特征有针对性地制定审计方案与跟踪方案。此外，在审计过程中要积极落实审计方案，对审计证据进行充分判断，立足于实际，从而保证审计工作的准确性，保障水利工程建设的顺利发展。
3.健全水利工程审计体系
水利工程施工时间长、内容多，在实际的施工过程中所面对的影响因素较多，如果对审计事项的相关资料掌握不全，很可能导致审计风险的出现。针对此类情况，审计单位必须在对所有单项工程项目进行逐一核实的基础上采取适当措施来完善水利工程审计体系。在水利工程审计工作开展前期进行控制，采取相应的技术措施来加强跟踪审核，并在工程的施工、竣工验收、决算等环节设置审计工作关键控制点，制订各环节跟踪审计细则，健全水利工程审计体系，确保工程项目投资得到有效控制。
4.加强管理制度建设
管理制度是工程建设顺利依法开展的保障，合法合规高效地进行建设管理活动，必须不断地进行管理制度建设，提高管理水平。各责任单位应根据国家法律法规、工程建设环境、组织机构等，从工程全寿命周期的建设程序、质量安全进度、投资管控等方面制订管理制度，并在建设活动严格监督执行。
5.不断完善计价规范及定额
计价规范及定额直接影响工程投资的定价，建设活动中各责任单位应充分讨论和总结计价问题，并与造价管理单位进行全面沟通，不断提高和完善计价体系，确保水利工程投资风险有效控制。