1. 合同约定付款期限的，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算
《民法通则》第一百三十七条规定诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。建设施工合同应根据合同约定内容确定付款时间，合同约定的付款期限届满债务人未履行付款义务，此时开始计算诉讼时效。
2. 合同未约定付款期限的，诉讼时效期间从债务人明确表示不履行义务之日起计算
诉讼时效期间从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，但债务人在债权人第一次向其主张权利之时明确表示不履行义务的，诉讼时效期间从债务人明确表示不履行义务之日起计算。建设施工合同未约定付款期限的，从第一次催收债务人表示不还款日计算诉讼时效。
3. 工程总承包合同约定按照预付款、进度款、竣工款和质保金分期支付付款的，那么每期工程款的诉讼时效是最后一笔款项到期后开始起算
如果几个阶段支付的款项均是同一承包款，可以从最后一笔款项到期后开始起算。如果各阶段支付的款项性质有不同，比如分别列明为设计费、设备费、工程款等，则应各自分别时效。
另外，从实践中来看，工程款承包款，如果尚未到达合同约定的结算条件，即使此前分阶段预支付，已经超过时效的，很多时候法院也均没有按视为未超过诉讼时效来确定。
4. 当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第18条规定利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
(一)建设工程已实际交付的，为交付之日;
(二)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;
(三)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
5. 建设施工合同被宣告无效的，诉讼时效从合同确认无效起计算
合同无效系自始无效，合同被确认无效后，当事人关于返还财产及赔偿损失的请求，适用诉讼时效的规定。合同无效后的请求权基础并非基于合同而产生，故不能从原合同的履行期限届满之日起计算。当事人基于合同无效产生的返还财产和赔偿损失的请求权系合同被确认无效后所产生的法律后果，只有合同被确认无效后，因合同无效而引发的不当得利请求权才成立。
6. 在没有其他付款条件的约束前提下，在如债权债务金额不明，则诉讼时效未起算
工程款未经结算，没有明确的债权金额，债权债务关系并没有最终确认，因此诉讼时效还没有开始计算。
7. 债务人部分履行诉讼时效届满的债务,其余部分不可重新计算诉讼时效
8. 超过诉讼时效，债权人与债务人达成了新的还款协议，诉讼时效重新起算
超过诉讼时效期间，当事人双方就原债务达成的还款协议，属于新的债权、债务关系，该还款协议应受法律保护，即可以达到挽救中断诉讼时效，重新计算诉讼时效期间的目的。
9. 企业询证函具有催债意思才能构成诉讼时效中断
如果在诉讼时效期间内，债权人向债务人发询证函，债务人对询证函中的债务金额予以确认并加盖公章，通常可以作为中断诉讼时效的依据。
如果已经超过诉讼时效，债权人向债务人发询证函，询证函内容上如果有催收的意思表示，则可以视作催款函，如果债务人在这类询证函上签字盖章予以确认，则视为对原债务的重新确认，诉讼时效才可以重新起算。
10. 质保金具有特殊性，应当单独对待，单独计算诉讼时效。
关于质保金的性质在实务中一直存在争议，一种观点认为其应当属于工程款的一部分，依此观点，可以认为所有工程欠款从质保金到期后开始起算诉讼时效;但是另一种观点认为，质保金和工程款性质不完全一样，有其特殊性，质保金应当单独对待，单独计算诉讼时效。而实践中大部分观点则是将质保金和工程款分开计算诉讼时效。