一、是将投标保证金的数额，由原来规定的不得超过采购项目概算的百分之一(财政部18号文)，提高到《条例》第33条规定的不得超过采购项目预算金额的2%。投标保证金的数额，既要考虑能够弥补供应商中标后诸如拒绝签订合同给采购人可能造成的损失，也要考虑到能够对供应商产生一定的约束力。从政府采购的实践看，1%的比例确实存在对供应商约束不足的情况。《条例》将比例提高到2%是考虑了实际情况的。同时，2%的数额规定，让政府采购中的投标保证金数额与《招标投标法实施条例》规定的相一致了。《条例》与《政府采购货物和服务招标投标管理办法》(财政部令第18号，以下简称18号令)相比，还有一个变化，18号令规定的是，招标采购单位应当在招标文件中明确投标保证金的数额及交纳办法。而《条例》规定的是，招标文件要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过采购项目预算金额的2%。这意味着原来是规定招标文件应当有投标保证金的规定，而《条例》则允许招标文件规定或者不规定投标保证金。如果采购人认为没有投标保证金也有约束供应商的手段，也可以不要求提交。
二、是投标保证金与履约保证金的数额是不同的。这是由于不同阶段发生导致采购人可以不退还保证金事件，给采购人造成的损失不同。投标保证金的不退还，是发生在合同订立、且尚未订立阶段，履约保证金的不退还发生在合同履行阶段，两者给采购人造成的损失显然是后者大得多。这也是履约保证金数额一般远大于投标保证金的原因。实际上，这两种保证金应该是一个衔接的过程，投标保证金在先，履约保证金在后。提交履约保证金后，就应当退还投标保证金。
三、是关于实践中投标保证金转为履约保证金的问题。《条例》规定了中标供应商和未中标的供应商，都应当退还投标保证金，需要注意的是，如果投标保证金与履约保证金数额不同(这在《条例》实施后是个大概率事件)，投标保证金转为履约保证金后，供应商尚需补足不足的数额。
综上所述，可以看出在《条例》中规定的政府采购投标保证金比例都是用百分比的形式列出的，在招投标的实际操作中，也会出现以确切的数额来要求保证金的做法。这样做是为了避免通过保证金的比例计算出采购预算金额，所以在政府采购投标保证金比例的问题上，出于保密的考虑，也要灵活应用《条例》。