一、工程结算超过合同金额怎么办
当事人在建设工程施工合同专用条款或另行签订的协议中明确约定发包人应在收到承包人提交竣工结算文件后一定期限内予以答复，且逾期未答复则视为认可竣工结算文件的，承包人依据《建工司法解释》第二十条的规定请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
没有明确约定逾期未答复则视为认可竣工结算文件的，承包人请求按照竣工结算文件确定工程价款的，不予支持。
二、工程造价出现超预算原因
1、设计变更的原因：设计变更导致实际工程量大于清单工程量，工程量超过合同约定的浮动范围，依据合同的约定，可以办理签证追加超出部分的工程量价款，会造成工程结算价款的增加。
2、招标工程量清单漏项的原因：如果在招标工程量清单中有漏项的部分，也会导致在施工过程中，要补充遗漏的清单项目，势必造成工程价款的增加。
3、材料价格的上涨原因：如果施工当期的主材价款涨价超过了合同约定的浮动范围，依据合同，在中间支付价款要调整材料的单价，也会造成结算价款的增加。
4、规费的调整原因：在施工当期，建设或财政主管部门出台的关于工程缴纳规费的政策调整，如果在合同有约定要调整的，也会影响到结算价款的调整。
特别要注意的是，工程造价超过预算，指的是工程结算价款大于预算。所以要求造价人员在编制招标控制价时，要有前瞻性，要考虑一定的风险因素，对于不能确定的价款要多开展询价工作，做到不漏项，不漏算，预算要尽可能的真实反映工程的实际造价。
三、建筑工程结算流程注意事项
1、核对与编制好结算资料基础。 任何一个工程项目，在编制结算时都要以相关资料依为依据。
2、工程量是审核的关键。 工程量费用是工程造价的主体。运作中具有较大的弹性和隐蔽性。审核工程量是重点，也是难点。
3、定额单价的审核不可忽视。 在一般情况下，工程的定额单价都有具体规定，编制工程结算时只要参照定额单价的明细子目直接就可以套用。然而在实际操作中，定额单价套用往往出现差错。
4、其他费用的审核坚持合情合理。 其他费用，由于计算方法不同于工程量和定额单价的套用，故在审核中要根据费用的发生具体对待。