制药工业废水处理的目的，是将废水中的污染物和有害物质通过一定的方法进行过滤、分离、处理，最终转化成无害或可排放的水质，从而起到净化废水的作用。不同的污水水质、水量、处理程度等，也决定了废水的处理方法不同，按照其作用原理大致可分为物理处理法、化学处理法、生物处理法三种。
1、物理处理法
膜过滤法膜过滤法又包括超滤、微滤和精滤等，其原理是根据半透膜的选择过滤性分离水中的污染物。近年来此法运用广泛，虽然此法效果显著，大大减少污染物质，但由于半透膜过于微薄致使其容易被腐蚀、被破坏导致滤液里某些成分未被清除，造成了一定危害。
2 、化学处理法
高级氧化技术法是氧化法的一个延伸，是一种高级氧化技术，其原理是氧化剂与有机污染物发生反应使有机物的共轭结构破裂从而达到清除目的。
3、 生物处理法
生物吸附法生物吸附法是指污染物与生物细胞及细胞膜吸附等的生物化学反应，其主要的生物吸附剂主要是农作物、藻类等，此法的吸附剂与物理吸附法一样也可以采取一些方法将其的吸附量适当提高，调节温度、pH 值等都可将其吸附量改变，此法方便、成本低且吸附量大，是一个比较实用的方法。