纯净水的效果减弱。堵塞的滤芯不仅使出水流量减小，过滤效果可能也会减弱，致使净水的纯净度也降低，这时消费者还直饮的话，可能会将一些有害杂质吸收入体内。
反渗透纯净水设备长期超负荷工作，不但费电，而且成本也会增高。现在的反渗透纯净水设备基本是逐级过滤的，如果第一级滤芯PP棉被堵塞，水中的泥沙、铁锈等大颗粒杂质部分会跟随原水直接进入第二级滤芯活性炭，让本来不是负责过滤大颗粒杂质的活性炭必须承担起这份外来的负担，超负荷工作，会极快缩短其寿命。
缩短反渗透纯净水设备的寿命，如果滤芯长期不更换，一段时间之后会被水中的杂质堵塞，而且滤芯的使用率也会明显降低。
反渗透纯净水设备的滤芯能承受多大的压力主要看过滤的材料和起保护作用的多孔板厚度或弹簧的承压能力。需承受较大的压力则应采用较厚的多孔板或较粗的弹簧。设备的滤芯失效较好采用更换的方法，但如果一时没有反渗透纯净水设备，也可对设备进行简易活化处理。
将反渗透纯净水设备的滤芯从系统中取下，浸入盛有清洁汽油的容器中浸泡，待脏物膨松时，用木棒轻敲软化水设备外完，使脏物脱落，在汽油中反复清洗后取出，用干燥氮气分别对准反渗透纯净水设备两端口反复冲吹，然后再放到清洁汽油中反复清洗。