1.单位工程造价构成的形式不同
定额计价是由单位工程造价的直接工程费、综合管理费、施工措施费、其他费用、税金五部分构成，计价时先计算直接费，再以直接费为基数参照工程造价管理机构发布的市场信息费率，计算出综合管理费、其他费用及税金，再将各项费用汇总为单位工程造价。
清单计价是由工程量清单费用、措施项目清单费用、其他项目清单费用、规费、税金五部分构成，前三项费用分别计算汇总后，再按规定计取相应的规费和税金。
2.部分项工程单价的构成不同
定额计价的项目单价即定额基价，只包括人工、材料、机械费用，是投标时期的指导价，反映定额编制时期的社会平均成本价。
清单计价是施工企业自定的综合单价，除了人工、材料、机械费，还要包括管理费（现场管理费和企业管理费）、利润和必要的风险费因素。它是施工企业报价时的市场价，反映的是企业个别成本。综合单价中的直接费、费用、利润由投标人根据本企业实际支出及利润预期、投标策略确定，是施工企业实际成本费用。采用综合单价不仅有利于施工企业中标后对工程中途的成本控制，也便于工程款支付、工程造价的调整和工程结算，避免了承发包双方因为取费产生的一些无谓纠纷。
3.单位工程项目的划分不同
定额计价的工程项目划分即预算定额中的项目划分，是按施工的一项工序进行划分。每个专业定额都有几千个项目编码组成，不同工序、不同部位、不同材料、不同施工机械、不同施工方法和材料规格型号，都划分得十分详细，计算时也十分繁琐。
清单计价首先将建筑工程、装饰装修工程、安装工程、市政工程及园林绿化工程各专业的项目名称进行汇总，并结合各专业施工特点将项目以一项或多项工序重新划分，较之定额项目的划分有较大的综合性，也减少了原来定额对于施工企业工艺方法选择的限制，使施工企业在报价时有了更多的自主性。
其次，对重新划分的项目进行了统一编码，以五级编码设置，用12位阿拉伯数字表示，在使用时更为简便。再次，统一了各项目的计量单位及工程量的计算规则，使工程量的计算内容清晰明了，减少了承发包商在施工过程中，因计量单位或工程量计算的方法的不同而引起的纠纷。
4.计价的依据不同
定额计价的唯一依据就是定额，编制的方法具有地方性、行业性的特点，各省有各省的定额，各行业有各行业的定额，消耗量也是指导性的。
清单计价的主要依据是企业定额，目前可能多数企业没有企业定额，但随着工程量清单计价形式的推广和报价实践的增加，企业将逐步建立起自身的定额和相应的项目单价。
这是清单计价和定额计价最根本的区别。当企业都能根据自身状况和市场供求关系报出综合单价时，企业自主报价、市场竞争(通过招投标)定价的计价格局也将形成，这也正是清单计价所要促成的目标。实行清单计价的本质就是要改变政府定价模式，建立起市场，形成造价机制，只有计价依据个别化，这一目标才能得以实现。