上世纪90年代，工程结算就经常与审计结论发生冲突，当时，一般都是结算结束后进行审计，审计的结论往往是超付，所以，当年比较多的纠纷是建设单位向施工企业要求返还超付的结算款，甚至出现了一些建设单位起诉施工企业的案件。最高人民法院在2001年4月2日以（2001）民一他字第2号函答复河南省高级人民法院《关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确定的工程价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何运用法律问题的电话答复意见》，其中指出：审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。此后的许多案件中，法院均以此为据，认为工程造价审计只是审计机关对国家投资项目建设单位的行政监督，不能以此否定双方已经确认的工程价款。
但这一答复意见给以审计为结算依据留下了一个口子：在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。于是，很多地方的人大常委会通过地方立法的方式，规定政府投资和以政府投资为主的建设项目，应当在招标文件以及与施工单位签订的合同中明确以审计结果作为工程竣工结算的依据。这种制度化的规定，导致施工企业在工程结算时，会在双方招标投标和合同约定的基础上被审减一定比例的结算款。这极大损害了施工企业的利益。为此，中国建筑业协会联合北京、天津、上海、江苏等20家地方建筑业协会，以及中国建材工程建设协会、中国冶金建设协会、中国煤炭建设协会等六家行业建设协会，于2013年两次向全国人大常委会申请对规定以审计结果作为工程竣工结算依据的地方性法规进行立法审查，并建议予以撤销。2015年5月，中国建筑业协会再次向全国人大常委会法工委提交申请，引起了全国人大常委会法工委的高度重视。按照法工委的要求，中国建筑业协会补报了企业案例，进一步说明这一地方性法规给施工企业造成的经济损失。
二全国人大法工委的意见
及各地的修法现状
2017年2月22日，全国人大常委会法工委印发《对地方性法规中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据有关规定的研究意见》，法工委经过充分调研和征求意见，认为地方性法规中直接以审计结果作为竣工结算依据和应当在招标文件中载明或者在合同中约定以审计结果作为竣工结算依据的规定，限制了民事权利，超越了地方立法权限，应当予以纠正。据此要求各省、自治区、直辖市人大常委会对所制定或者批准的与审计相关的地方性法规开展自查，对有关条款进行清理纠正。
目前，各地的修改方式有两种：一种是直接删除相关内容，如云南、宁夏等地；另一种则是将应当修改为可以。后者如2017年9月22日通过的《北京市人民代表大会常务委员会关于修改〈北京市审计条例〉的决定》将第二十三条修改为:政府投资和以政府投资为主的建设项目纳入审计项目计划的，建设单位可以与承接项目的单位或者个人在合同中约定，双方配合接受审计，审计结论作为双方工程结算的依据;依法进行招标的，招标人可以在招标文件中载明上述内容。2017年11月23日通过的《上海市人民代表大会常务委员会关于修改本市地方性法规的决定》对《上海市审计条例》的修改，将第十四条第三款修改为:政府投资和以政府投资为主的建设项目，按照国家和本市规定应当经审计机关审计的，建设单位或者代建单位可以在招标文件以及与施工单位签订的合同中明确以审计结果作为工程竣工结算的依据。审计机关的审计涉及工程价款的，以招标投标文件和合同关于工程价款及调整的约定作为审计的基础。
后一种修改方式下，建设单位仍然会普遍在合同或者招标文件中要求，审计结论作为双方工程结算的依据，因为这是审计部门希望的。但是，这样的结果，导致地方性法规的修改失去了意义，施工企业结算时遇到的困难依旧。
三彻底结束以审计为结算依据的努力
于是，有些部门由希望通过制度彻底阻止以审计为结算依据的现象。比较典型的例子是，2019年9月30日，国家住房和城乡建设部办公厅发布《关于进一步加强房屋建筑和市政基础设施工程招标投标监管的指导意见（征求意见稿）》（以下称指导意见），对该指导意见征求意见。其中，（六）推动市场形成价格机制，有以下要求：政府和国有投资工程不得以审计结论作为结算依据。我也希望通过制度彻底阻止以审计为结算依据的现象，但指导意见无法担负这一重任。
如果在未来正式发布的指导意见保留了政府和国有投资工程不得以审计结论作为结算依据，在北京、上海等地，将发生指导意见与地方性法规相冲突的问题。根据《中华人民共和国立法法》第95条的规定，地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。由于指导意见的法律效力最多等同于部门规章，因此，并不能直接确定应当适用指导意见，而应当由国务院提出意见。国务院会确定适用地方性法规还是指导意见？这是一种不确定性。如果国务院认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决，全国人民代表大会常务委员会确定适用地方性法规还是指导意见？这又是一种不确定性。
我的判断，在正式发布的指导意见中，保留了政府和国有投资工程不得以审计结论作为结算依据的可能性不大。
四应当彻底结束以审计为结算依据的理由
我在微信公众号发表了《以审计为结算依据的规定将何去何从》系列文章后，在业内引起了广泛讨论。其中，既有对我的观点表达支持的，也有对这一制度的积极意义做出表达的。后者，比较有代表的观点有（由于未经观点持有者同意，我仍然隐去姓名）：K教授，审计作为结算依据的弊端显而易见，毋庸置疑，但如果找不到合适的替代性手段，这一制度恐还会长期存在，只是不断变形而已；Z总（公司应当做过审计部门委托的工程审计工作），国家审计的对象应该是国有资金的使用者，而这些使用者承担的责任与获得的回报严重不对等，所以ta们更倾向于这种趋利避害的方式，尤其是审计部门持有尚方宝剑和虎头铡的时候。
我本人对以审计为结算依据的实际效果，是持否定态度的。反对以审计结论作为工程结算依据之理由有以下几点：
第一，与审计的目的、本质不符。基本建设项目审计的揭示功能应当着眼于揭露和查处工程建设活动中的违法违规、经济犯罪、损失浪费等行为，并依法对这些行为进行惩戒；着眼于揭示国家资金建设和工程决算方面的制度缺陷、机制扭曲和管理漏洞。审计机关对基本建设项目的审计监督不仅是查明工程建设的有关情况、揭示其中的问题，还应对产生这些问题的原因进行深层次分析，提出建设性意见，促进政策的科学化和制度的完善，这是审计抵御功能在基本建设项目审计中的体现。基于审计这种免疫系统的本质和监督职能，基本建设项目审计不应过分纠结于工程价款数额这一表象上，更不应当采用以审计结论作为工程结算依据的形式自降身价去充当建设单位的合同审算机构。
第二，与民事行为意思自治原则相悖。就政府投资建设项目而言，建设单位与施工单位缔结建设工程合同及其他补充协议，本质上是民事行为，应当遵循意思自治原则。这一原则的核心是合同及其对价应当建立在双方当事人协商一致的基础上。依法成立并且有效的合同，对双方当事人均有约束力，双方当事人都应共同遵守并履行合同条款所确定的权利义务。上海等地方的规定剥夺了施工单位在合同对价上的话语权，只以审计结果为准，有违《民法通则》、《合同法》、《建筑法》等法律的立法精神，且有以行政手段干涉民事行为之嫌。
第三，工程价款结算技术复杂，结算价与审计结论的差异不可避免。一般而言，在政府投资和以政府投资为主的建设项目中，建筑工程竣工资料纷繁，结算工作复杂，工程造价计算极具专业性。对于工程造价中的某些问题，不同的机构和人员可能抱持不同的意见。从工程开工到竣工，建设单位与承包商的概预算人员之间需要进行大量的沟通,才能对工程造价取得一致意见。尽管如此，由于建设工程的复杂性、系统性以及体系的庞大性，双方最后确认的工程结算价可能仍然不是绝对客观准确的数据，所谓的最终一致意见往往是相互妥协的结果。可以说，合同当事人的结算结果与任何第三方独立得出的结论有所差异是很正常的。这种差异性如果不被理解或者被不恰当的理解就极易导致冲突与纠纷。
第四，对招标投标制度产生冲击。首先，按照《招标投标法》的规定，双方应当按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，当然也要按照合同订立的价格进行结算和决算。如果强制由审计定价，招投标程序中的价格磋商机制就毫无意义了。投标人只需按照最能够中标的条件报价，根本不必考虑自己的成本，更谈不上对预期利益的判断。最终结果是：价格磋商流于形式，审计结论一锤定音。这不但是对招标投标制度的破坏，更会实质性地冲击优胜劣汰机制。其次，按照《招标投标法》的规定，合同中约定的内容应当在招标文件中有体现，合同内容应当是招标文件明确的，或者是招标文件要求投标文件明确的。按照上海等地方的规定，建设工程施工合同应当明确约定以审计结果作为工程竣工结算的依据，但招标文件中不可能出现这样的条件。这就造成招标文件与合同内容的不对称，对于投标人而言有失公允，也有违《招标投标法》的规定。
第五，审计机关的独立性难以保证。政府投资或以政府投资为主动的基本建设项目中，建设单位很可能是政府工程部门或是政府本身，例如在南充市公路管理局直属分局诉南部县人民政府建设工程施工合同纠纷案中，纠纷一方就是南部县人民政府。由于我国的审计监督是行政型，而非司法型或独立型的，造成的结果就是与建设工程施工合同一方当事人有利害关系，甚至是隶属关系的主体成了监督者，并且享受最终的定价权。监督者与操作者身份的错位使得审计监督主体的独立性难以保证，导致监督职能弱化。
第六，审计时限不明确使审计结论难以作为结算的依据。《审计法》及其实施条例对建设项目审计的时限没有明确规定，《政府投资项目审计规定》第9条虽然规定审计机关对列入年度审计计划的竣工决算审计项目，一般应当在审计通知书确定的审计实施日起3个月内出具审计报告，但通知书的下达时间并不明确。面对量大、面广的审计需求，现实中审计期限往往很长。
第七，施工企业面临更大风险。建设单位对列入审计范围的项目应是明知的，若其明知却未在合同中约定则属于违法，违法的过错责任实际应由建设方承担，但施工方对此有无审查义务？当建设单位突破投资概算时，在施工单位有图纸的情况下，审计却不会去认定多余的工程，施工方的损失如何弥补？无论是工程审价还是工程审计，其中必然有审价依据，以招投标文件为基础并非必须遵循的依据，那么审计的依据仍不确定，施工单位严格按合同编制结算是否有效？条例所指的基础涵义不明。
因此，我是主张取消以审计为结算依据。业内专家认为，没有这样的制度，建设单位可能会手足无措的看法，并没有依据。我们应当认识到，以审计作为结算依据，制度化的历史实际非常短，各地基本都是2010年以后才有的规定。恰恰相反，这个制度并无必要，它越俎代庖，取代了建设单位的审价、财政的评审。并且，在实际工作中，出现巨额的审减额，也很少对建设单位进行追责，这已经意味着审计沦为了国家减少工程款支付的划价工具了。审计的权威性也被打了一个大折扣。