一、发包人对承包人提交的决算报告逾期不予答复的处理
《司法解释》第20条规定：当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。实践中适用该规定特别要注意其前提条件，即当事人双方必须在合同中明确约定逾期不答复即视为认可竣工结算文件或按结算文件载明的价款结算工程价款。此时应以承包人提交的结算文件之日为应付款时间，至于工程价款未结算、工程也未交付的，因结算条件尚未成就，应按权利人向司法机关正式主张权利之日作为应付款时间。逾期利息应当在法定利率范围内(中国人民银行发布的同期同类贷款利率)，按照双方约定计付标准计算延期履行利息。如当事人在合同中只约定发包方应在承包方提交结算文件后一定期限内予以答复，并未约定逾期不答复视为认可竣工结算文件或按结算文件的价款结算工程价款，则不应适用上述规定。在司法实践中，一般的处理是：如果双方对结算不能协商一致，则可以提交鉴定单位鉴定，以鉴定结论作为判案依据。
二、合同无效但经竣工验收合格工程价款的确定
《解释》第2条规定：建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。实践中，有的承包人并不要求参照合同约定支付工程价款，而是要求进行工程造价鉴定。笔者认为此请求不予支持，在此情况下也要参照双方的合同约定来结算工程价款。在实践中适用《司法解释》第2条规定还要注意：一是工程即使未竣工，但只要已施工部分经验收合格或经修复合格的，都应参照合同约定来结算工程价款，如果依照合同无法直接计算出工程价款的，在进行造价鉴定时也应参照合同的约定。二是施工过程中因设计变更等增加工程量而发生的经济签证，对价款有约定的，从其约定；无签证或签证对价款无约定的，应当参照合同关于工程价款的约定。
三、关于非法转包、违法分包、挂 靠合同工程价款的结算
一是实际施工人与非法转包人、违法分包人明确约定以非法转包人、违法分包人与发包人之间结算价款作为双方结算依据，而在非法转包人、违法分包人与发包人之间结算后，实际施工人往往要求不以非法转包人、违法分包人与发包人之间的结算价款为依据，要据实对工程价款进行鉴定结算。笔者认为，在这种情况下，除非实际施工人能举证证明非法转包人、违法分包人与发包人之间的结算结果明显损害了其合法权益，则可根据实际施工人的申请，依据非法转包人、违法分包人与发包人之间的合同及相关签证对工程价款进行鉴定，并将鉴定结论作为实际施工人与非法转包人、违法分包人之间的结算依据。否则，一般应尊重当事人之间的约定。
二是被挂 靠单位未经挂 靠施工人同意，擅自与发包人进行了工程价款结算，挂 靠施工人不予认可，起诉要求被挂 靠单位承担责任的，如挂 靠施工人与被挂 靠单位对双方之间的结算有具体约定的，按照双方约定处理；如无具体约定，挂 靠施工人能举证证明被挂 靠单位与发包人之间的结算明显损害其合法权益的，应对工程造价依据合同进行鉴定，并依据鉴定结论判令被挂 靠单位承担相应的责任。
三是非法转包、违法分包及挂 靠合同约定，以非法转包人、违法分包人、被挂 靠单位与发包人结算作为非法转包人、违法分包人与实际施工人之间及被挂 靠单位与挂 靠施工人之间结算前提的，而非法转包人、违法分包人、被挂 靠单位拖延结算致使施工人不能及时获得工程款的，依据《解释》第26条的规定，实际施工人、挂 靠施工人直接起诉发包人，发包人在欠付工程价款范围内承担责任；实际施工人、挂 靠施工人也可将发包人与非法转包人、违法分包人、被挂 靠单位作为共同被告进行起诉，当事人之间依据不同的合同关系承担相应的法律责任。
此外，在建设工程施工合同无效的情况下，工程经竣工验收合格交付发包人使用的，承包人仍应承担合同约定的工程保修义务和责任。发包人享有参照合同约定扣留一定比例的工程款作为工程质量保修金的权利。