1.做好对小型农田水利工程的安全鉴定工作
要实行对农田水利工程的治理，首先就要根据相关法律法规，对水库、灌溉渠、山坪塘等工程进行安全评级鉴定，有关单位要组织专门的工作小组对这些小型农田水利工程进行全方位、多角度的安全检查，必须是按照相关规定进行逐项检查，进而能详细地找出水利工程中存在的各种隐患，并给各项工程确定其安全级别，然后再按照农田水利工程的安全级别来提出相应的治理、改善措施。
2.做好相关工程的治理效益分析
加强对小型农田水利工程的治理，其具体目标包括这样两个方面：
（1）确保其使用的安全性；
（2）提升其使用效率，不断扩大其灌溉面积和容量，为地方农业发展提供更多帮助。小型农田水利工程的使用效益包括防洪抗旱效益及灌溉效益这样两个方面的内容。加强防洪效益，主要是通过治理农田水利工程而提升其防洪抗旱的标准。防洪效益的提升主要是通过对小型农田水利工程治理前后发生洪水的频率以及预防洪水的能力进行比较和计算得来的。而经济效益则是对小型农田水利工程治理后的经济收益、效益费用比以及工程治理的费用等进行估算和对比后得出的经济回报。从经济效益这方面来说，对于那些通过治理后能够产生较好的经济效益、投资回报率高的小型农田水利工程要予以优先治理。
3.对隐性问题进行详细地清查
对病险水库、山塘坪等存在某些阴性问题要进行更加深入的调查我探究，找到工程存在问题的根源，前期的工程治理设计人员一定要对工程进行详细、深入的了解，在调查研究中不断完善相关的工程治理措施。比如在对该地区的小型农田水利工程的配套引水的渠道进行整治前，前期的工程治理设计人员一定要了解清楚渠道的损毁隋况，对于毁坏破损严重、需要重建的部分则要计算清楚重建工程量，而一些渠道只需要清理淤泥或者填补渗漏就可以的，也要进行详细的记录，工程整治人员应该根据这些实际情况设计出比较完善的治理方案。