合同管理中存在的主要问题包括以下几个方面：
一是有些企业领导对合同管理的重要性认识不够，没有建立完善的合同管理机构。企业领导对合同风险缺乏防范意识，没有认识到合同管理是企业管理不可或缺的重要组成部分。因此在机构设置、人员配备和经费等方面支持不够。
二是合同管理制度不健全，权责不分明。大多数企业没有规定严谨统一的合同管理制度。由于缺乏统一的依据，各部门权责不分明，意见很难统一，造成权力大家争、责任大家推的局面。这是企业管理之大忌，最终将给企业带来重大的隐患。
三是合同管理人员素质不高。许多企业合同管理人员思想品德不过硬，文化水平不高，业务不精通，没有受过正规的法律教育，缺乏系统的法律知识，无法对合同涉及的各项法律问题作出正确判断，无法对合同进行有效的管理。
四是合同管理与相关的管理衔接得不好。合同管理机构与其它部门各自为政，缺乏沟通，不能够博采众家之长，合同管理与相关的管理相互脱节，造成1+1＜2的结果。
五是对合同相对方缺乏资质审查或审查不严，对其资质缺乏跟踪调查。合同条款约定不明确、不规范，用词不准确，对合同执行情况缺乏监督。在对方违约后，维权意识不强。
六是有些企业合同审批程序复杂，办事拖拉，造成合同在较长的一段时间内无法签订