但是实践中计价风险范围如何约定及调整存在较大的困惑，存在的主要问题有：
a.可以调整材料、施工机械使用费价格的内容及幅度如何确定？
b.省级或行业建设主管部门未发布人工费调整，是否就应该不调整？
c.由于人工费、材料费、施工机械施工费变化超过合同约定的风险范围是否仅可以调整价差？
d.合同中约定措施费总价包干是否有效？
e.计日工表中列出的单价如果没有低于政府公布的信息价，是否可以调整？
招标工程量清单和招标控制价的编制
招标工程量清单是编制招标控制价的基础，同时新清单规范以强制性条文的形式规定招标工程量清单必须作为招标文件的组成部分，其准确性和完整性应由招标人负责。国有资金投资的建设工程招标，招标人必须编制招标控制价。
招标控制价编制中存在的问题有：
a.招标工程量清单的准确性和完整性不足，表现为清单子目列项错项漏项和清单项目特征描述不具体达不到综合单价的组价要求；
b.招标控制价与招标文件的契合度和关联度不高；
c.招标控制价未充分体现项目环境对造价的影响。
招标文件与中标人投标文件不一致
清单规范在合同价款约定这一章中规定招标文件与中标人投标文件不一致的地方，以投标文件为准。虽然是非强制性条文，但如果双方合同中没有专门约定，鉴于新清单规范在行业中的广泛认可地位，本规定应理解为行业惯例，发生争议时该规定易被法院采信，所以发包人应对此高度重视。
实践中存在的主要问题有：
a.投标人故意将招标文件的重要内容进行修改，而评标委员会在评标环节没有及时发现；
b.在评标结束以后发出中标通知书之前招标人发现排名第一的候选人投标文件内容与招标文件规定有不一致之处应如何处理？是否可以直接确定排名第二的候选人为中标人？
关于工程变更的问题
工程项目的复杂性决定了发包人在发承包阶段所确定的方案往往存在不足，过程中需要进行工程变更。工程变更的产生既有主观因素,也有政策法规因素、环境因素、市场因素、合同因素等客观因素，也是项目实施过程中造价管理的重要内容。
新清单规范对工程变更做出了较为详细的规定，但与《标准施工招标文件》、《建设工程施工合同示范文本》对变更的范围和内容描述不完全一致，实践中存在如何界定等问题，新清单规范对工程变更的规定以及实践中存在的问题。
关于暂估价的确定
暂估价是指招标人在工程量清单中提供的用于支付必然发生但暂时不能确定价格的材料、工程设备的单价以及专业工程的金额，以暂估价形式列出的专业工程中应包含管理费、利润等除规费税金以外的所有内容，在结算时按照实际价格取代暂估价来调整合同价格。
在政府投资或者国有资金投资体制下,发包人的管理者往往存在获取自己利益最大化的倾向，加上不同专业工程暂估价的管理费和利润往往存在较大差别，暂估价的确定受人为主观性的影响较大，存在发包人故意压低暂估价来规避法规和有关部门的监管，存在滥用暂估价的情况。
如：某外墙防水项目拟采用新型材料，在招标文件中描述了防水质量的要求，为规避公开招标，将暂估价定为180万，但是实际中达到了370万元，实际结算价远远超过了暂估价。随着四新技术的运用越来越广泛，如何公开透明地合理确定暂估价的实际金额值得关注，新清单规范对暂估价的规定以及实践中存在的问题。
关于运用调值公式调整工程价款
调值公式与工程变更、索赔是FIDIC合同条件下承包人创收的三大支柱，但在我国运用范围并不广泛，对其认知和理解的匮乏是影响使用的一个重要原因。
发承包阶段运用调值公式时由发包人根据工程具体情况确定定值权重、各可调因子及其变值权重的允许范围，投标人在规定范围内确定变值权重。
调值公式一旦确定在项目实施过程中往往不予调整，调值因子、系数是否合理，直接影响到工程的最终结算价格，其创造的利润主要在于签约之前而不是之后，所以如何确定可调因子、变值权重范围及确定编制权重是其科学运用的核心问题。
在项目实施过程中承包人如何调整工程实际进度来达到运用调值公式增值更是一个尚未重视的问题。