这种组织结构的财务特点是：工程局、总公司为利润中心，工程公司为成本费用中心，工程项目经理部为责任成本中心。施工企业的物流、资金流量主要集中于工程项目之上，从这种意义上讲工程项目就是施工企业经济效益的源泉，是施工企业存在的前提和各项管理的落脚点，离开工程项目而谈施工企业利润和管理将会是皮之不存，毛将焉附。作为企业内部审计部门要随着这一转变而转变，只有紧紧围绕企业的中心任务开展有效的工作，才能更好地发挥其服务于企业的根本职能，这就要求施工企业内部审计必须把工程项目作为审计监督的重点。
工程项目审计就是施工企业内部对其所属工程项目实施的、以促进工程项目部改善和加强内部管理，帮助项目代表人更好地履行经营受托责任，提高项目的盈利能力为目的的一种全面的效益审计形式，按其目的可将其划归为经济效益审计类。工程项目审计是企业经济活动的再监督，是内部控制机制的一个重要组成部分。
审计工作的目的既是要对工程项目和企业的会计报表，资产、负债及所有者权益整体状况的真实性和合理性进行审计，又要突出工程项目和企业的内部控制的重点；既要审查工程收入、支出、盈亏的真实性，又要使审计的实施过程能深入项目的各业绩环节，注重对经营管理业绩和经济效益的审查，进而提出改进项目管理的建议和措施。
对于大型施工企业来说，工程项目审计应当实行两级审计机构，合理分工分层次审计。一般的项目由公司级审计部门承担，特大型跨年度、工期长的工程项目，考虑到其内部参与面广，配合施工较多及工程审计力量等诸多因素则应由上一级审计部门实施为宜。
我集团公司已改过去的项目管理模式，扩大了直营项目的管理，工程项目审计实行分级管理，集团公司审计部门负责制定工程项目审计操作规程，指导和检查下级审计机构开展工程项目审计，对以集团公司名义施工的工程项目及区域公司、房地产开发公司施工的工程项目实施审计。
凡集团公司下属各子公司施工的工程项目，由各子公司的审计部门进行审计。对于某些重大工程项目，国家重点工程项目，可根据具体情况由集团公司审计部门组织集团公司及各子公司的专职审计人员并聘请有关的专业人员，进行工程项目的两级联审。
未设立审计机构或未配备专职审计人员的单位，不得行使审计职权，其工程项目审计由上一级审计部门负责实施。
工程项目审计分为前期审计、中期审计和后期审计：
前期审计主要是对项目内部控制制度、工程项目施工组织计划、降低成本计划、内部与外部经济合同的制定情况进行评审。
中期审计主要是对项目内部控制制度的执行情况、成本计划的执行完成情况及合同履行情况进行审计。
后期审计是指工程已经竣工、项目决算已经完成后，对工程的经营结果进行的审计。通过审计，对工程的经济效益和社会效益做出公正的评价，并以此作为对项目成员的奖罚及经济兑现的依据。
一、实施工程项目审计时应做好以下几方面的工作：
1、审计项目的选择。如何有效地进行工程项目审计，首先要解决的是确立审计项目，然后组织实施审计工作。大型施工企业施工项目很多，就企业目前的审计力量而言，加大了审计风险和审计工作的难度。要对其进行逐一审计是不可能的，也没有必要，因此如何通过对有限工程项目的审计来最大限度地发挥项目审计的作用，这对审计项目、审计对象的选择提出了要求，在选择工程项目时可把握两个基本原则：
第一、普遍性原则。要分析影响总体经济效益的基本因素，从具有普遍性和共同性的问题着手确定审计项目的范围。这可以从合约、项目、财务等管理部门出具的项目日常管理统计资料的审查分析中发现和寻找线索，抓住那些对总体经济效益影响较大的工程项目，再结合实际具体确定，比如：工程进度控制、质量控制、费用控制矛盾较突出的项目；由于设计变更从而预算变更较大的项目，或通过其他的调查方式，寻找和发现线索。
第二、重要性原则。大型施工企业由于总公司内部各工程公司之间经济实力的差别，施工能力的差异等多种因素的存在，致使同等造价的工程项目在不同的公司中具有不同的地位和意义，因此上一级审计部门在确立项目时要充分考虑工程项目对公司的重要程度。如：某总公司附属子公司某一工程项目，对大型工程总公司而言只能算是个中小项目，但对该子公司来说，实为一个大项目，针对这种情况，某总公司审计部门要求其附属子公司要将此项目列入年度审计计划并组织实施，充分体现了重要性原则。
2、进行项目审计要选择恰当的时机。项目审计的主要目的：是促进项目部加强各项管理，促进提高工程项目的盈利水平。管理制度的实施及其改进的效果只有在实际执行后才能体现，工程利润的形成只有通过组织施工，办理工程结算后才能实现。因此，施工过程的结束，结算工作的完结，标志着项目管理的完成和工程利润的定型。项目审计时机的选择就是要充分考虑时间因素对审计效率的影响，以使审计建议、管理建议等有采纳的时间，所以选择工程项目期中和竣工前进行审计则是较为恰当的时机。
3、从亏损项目审计入手，是开展工程项目审计的有效途径。一般地讲，由于工程项目的亏损、成本控制不严、费用开支过大、管理不善等问题较容易被暴露出来，也容易引起领导和职工的关注，从亏损项目着手进行审计能够使审计贴近企业经济生活的热点。开展工程项目审计应以真实性为基础，以检查内部控制为切入点，通过对被审计单位最容易出错的环节进行审计，能较好地抓住亏损的主要原因，对己发生的事实能够进行符合实际的客观评价；同时对症下药提出的审计意见，有较强针对性及较强的现实意义，能够产生较好的审计效应，增强企业各管理层对审计工作的认识和加强管理、争创效益的意识。
我集团公司通过多年来对项目审计工作的总结及实践经验，研究并制定了《亏损项目预警报告制度》，其目的在于：加强和监督项目成本过程控制，及时发现问题，找出预计亏损的原因，堵住漏洞，尽可能减少损失；实现项目收益最大化。避免事后算账和潜亏给企业带来的巨大损失。使企业对预计亏损项目引起足够关注和重视，是上级单位和下级单位之间形成链条关系，保证信息畅通。对出现的异常情况的项目，可随时开展过程审计和专项审计，以进行有效的监控。广泛积累工作经验和总结教训，进一步加强项目管理，全面提高项目管理水平，提高生产经营质量，充分发挥审计部门的监督职能，更好地为企业服务。
二、工程项目审计程序
工程项目审计实施过程就是实现项目审计目的的过程。这一过程具有一般审计项目共有的实施程序：即制定审计方案，下达审计通知书，组织实施审计，编写审计报告，交换审计意见等。严格按审计工作规范程序实施审计是控制审计质量和降低审计风险的必要保证，因此，工程项目审计实施时要充分考虑审计目的对方案的要求，在实施过程中有效地运用规范的审计程序去完成审计任务。我集团公司审计程序具体如下：
1、审计准备
根据年度审计计划安排和实际需要，对需审计的工程项目进行立项，并制定具体详细的审计实施方案。下达审计通知书，成立审计工作小组，并于实施3日前将审计通知书送达被审项目。
2、审计实施
工程项目审计一般实行就地审计形式，由审计组进驻工程项目所在地实施审计工作，了解有关情况，索取有关资料，听取项目负责人和有关业务部门汇报施工期间各项指标完成情况，听取有关人员反映具体问题。
审计人员在审计过程中应认真查阅有关资料、会计帐表、会计凭证及有关实物。并根据需要，索取经被提供者签字、盖章的经济资料以备案。
3、审计终结项目管理者联盟
审计组在实施审计后应及时向项目主管领导汇报审计情况，并同时向被审单位提出审计报告，被审单位在接到审计报告之日起十日内，签署书面意见返回审计小组，凡在规定期限内没有提出书面意见的可视为对审计报告无异议。
审计组根据审计报告拟定审计结论和决定，经企业主管领导批阅后，正式行文，下达给被审计单位执行，同时报上一级审计机构备案。工程项目审计结束后，形成的工作底稿文件、函件、证明资料等各种资料，应收集齐全整理立卷，根据国家审计署规定的审计档案管理规定和本企业档案管理办法办理归档手续。
三、对工程项目审计的要求
工程项目在立项开工后，工程项目的管理部门应以书面形式通知审计部门，进行工程项目的前期审计，并根据工程的进展情况随时通知审计部门进行工程项目的中期审计。项目竣工应进行竣工审计，在未经审计以前，项目经理部不得解体，在工程项目审计完毕后，方可实行有关的经济兑现，工程项目主要负责人以及商务、财务负责人方可办理工作调离。为配合审计工作要求被审计项目提供以下资料：
1、项目内部控制制度文件，包括成本预测、费用控制措施、资金回收及使用计划等。
2、有关各项经济合同及附件，包括工程承发包合同、分包合同、劳务合同、物资采购合同、机具租赁合同、内部经营合同和其他有关经济合同。
3、工程概（预）算及决（结）算资料，包括投标报价文件、各项经济签证、竣工工程决算书等。
4、工程项目统计资料，包括实际完成工作量统计报表、报经由业主或监理签认的统计工作量报表及未完施工盘点表。
5、财务会计资料。包括会计报表、会计凭证、总帐、明细账、辅助帐及成本台帐、成本明细表及竣工工程成本表。
6、工程项目经济活动分析资料，包括成本分析、费用分析、资金分析等各项分析资料。
7、审计要求提供的其他资料，主要指在审计过程中，根据情况，随时需要提供的各项资料。
四、工程项目审计的内容
工程项目审计要以成本费用为重要审计内容。在工程结算收入较为确定的情况下，项目经理部若控制住了工程成本，就是抓住了项目管理的核心。对于工程项目审计也是如此，工程项目的审查重点在于对工程项目施工组织，人、材、物的供应，机具的配置等等进行分析，抓住影响效益的关键因素。
在成本费用审计时，一是要重点加强对分包工程的审计监督，就目前施工企业的现状来看，分包工程大量存在，而且有的项目分包工程所占比重较大，若监督不力，效益很容易从此流失。二是要加强对项目合同的审计，着重审查合同的签订、修改、变更制度是否健全，是否按授权范围及工作程序进行。三是要加强对人工、材料、机械等结算价格的审查，评价其价格信息制度是否完善，能否及时掌握市场价格变动情况。我集团公司工程项目具体审计内容如下：
1、对工程项目前期经营费用支出的审计。
工程项目的前期经营费用主要是指中介费、考察费、差旅招待费用等。审计的重点是前期经营费用的计划性、合理性、合规合法性。审计的目的是规避前期经营费用对企业潜在的风险。
2、对工程项目内部控制制度进行评审。
内部控制制度评审是项目审计的基础，审计应对项目遵循国家、集团公司的有关规定及项目具体的内部控制制度的制定及执行情况进行审计。审查项目的各控制环节是否完整，在执行过程中是否出现偏差和存在漏洞。
3、对工程项目合同（合约）的审计。
审计的范围包括工程承发包合同、工程分包合同、物资采购合同、劳务合同、机具租赁合同、内部经营合同和其他有关经济合同。审计的重点是对合同的签定、履行、变更、终止、解除及管理进行有效性和合规性审计，审查合同双方责、权、利划分的合理性和合同执行的结果。
4、对工程项目资金的审计。
审核项目是否执行集团公司资金集中管理的规定，按时编制资金收支计划，以收定支、计划控制，并检查计划的执行情况及工程款回收率是否达到合同要求；
当业主违反合同约定发生工程款拖欠时，是否采取有效措施；垫资工程是否与业主签订了还款协议；对拖欠的工程款及垫资利息是否做到了及时清理和收回。
审核项目支付的清包、分包工程款和自行采购的物资等款项，是否以合同为依据按资金使用计划进行支付。项目已竣工、已决算完成后是否全额收回工程款（按合同约定预留的除外）。
审核项目本部人员预借费用是否及时清帐，有无长期挂帐的现象。
5、对项目成本费用的审计
审核工程项目在按照业主或监理审批的工作量计入财务收入的同时，是否按照财务会计制度配比性原则，进行实际成本费用的预提和摊销，有无少计、乱挤、摊派等现象。
（1）对分包工程成本费用的审计
审核项目分包合同额是否依据预算制造成本的测算确定，有无超出预算制造成本核定的范围；分包工程款结算是否及时准确，结算款项是否按期计入分包工程成本。对于没有结算的分包已完工作量，是否按期预提计入当期成本，有无遗漏和多计成本现象。
审核项目分包工程款结算情况，对于超过合同额部分的结算款项是否有结算依据，有无违反合同约定私自多结分包工程款的现象。
（2）对人工费用的审计
审核项目是否编制人工费成本计划，是否采取有效措施加强人工费过程控制。项目劳务费用结算是否按合同条款的内容及时结算，劳务费用的支付是否有审核程序。对当期不具备结算条件的劳务费用，是否依据相关部门提供的资料进行预提核算，有无遗漏或多计入成本的现象。
（3）对材料费用的审计
审核项目是否编制材料费成本计划，是否对材料采购成本、购销加工成本、材料验收、材料发放等管理环节实施过程控制。审核项目材料验收是否以采购合同为依据，是否进行实物与相关送货凭证所列品名、规格、数量相核对。
审核项目材料发放是否采取限额领料措施，是否有限额领料凭证，材料的消耗是否与实际完成的工程形象进度相一致，有无多报、漏报消耗和按完成工作量估算的情况。
审核已领未用材料是否及时办理了退库手续，有无以领代耗工程材料的现象。项目管理培训
审核分包领用的材料是否在结算时及时抵扣，甲方供料（包括设备）是否及时办理验收手续，有无漏记甲方供料或甲方供料不及时计入成本的情况。
审核周转材料的使用是否按规定摊销，有无多摊或少摊成本的现象，回收的周转材料残值是否冲减材料成本。
审核项目租入的周转材料是否有租赁合同，发生的租赁费是否及时计入当期成本，使用完毕后是否及时退还。分包领用的周转材料是否签定了周转材料使用协议，是否明确了分包单位管理责任和损耗包干率，对超出损耗率以外的损耗是否在分包结算时及时扣回。
（4）对机械费用的审计
审核项目是否编制机械成本计划，是否按施工计划合理配置施工机械，有无由于配置不当使机械出现闲置的现象。项目机械租赁是否有书面合同，合同中是否明确了双方的权利和义务，机械租赁费用的结算是否超出合同规定的内容，机械租赁的支付是否有审核程序，项目所发生的机械费用是否计入当期成本，大型机械进出场费是否按规定分期计入成本。
（5）对其他直接费用的审计
审核项目是否在开工前编制临时设施成本计划，有无超支现象。审核项目所发生的临时设施费用是否按期摊销计入成本，临时设施残值回收是否冲减临时设施成本。
审核工程所发生的工程水电费、生产工具用具使用费、二次搬运费、冬雨季施工的费用是否及时计入成本。
（6）对间接费用的审计
审核项目是否根据费用收入、办公装备、上缴管理费、上级部门有关费用开支标准等编制费用收支计划，是否采取有效措施减少费用开支。
审核项目工资性支出是否符合相关规定，经营活动经费及其他费用开支是否超出规定的标准，费用开支是否按审批流程办理。
6、对分包管理的审计
（1）审计项目所签定的分包合同是否按集团公司《分项工程分/供合同评审管理办法》的规定，接受分包合同管理评审小组对分包合同的评审，是否存在自行招收分包队伍和未经评审签定的分包合同。项目对变更的分包合同价款是否经过评审，有无未经评审自行调整分包合同价款的情况。
（2）审计项目对分包的结算是否按规定执行报批审核程序，是否根据分包合同的约定支付分包费用。项目是否按施工进度进行结算，有无冒结现象。
7、对物资采购的审计
（1）审核项目物资采购前是否按物资采购招标程序对供应商进行评定，是否进行采购询价，采购招标是否有多个供应商参加，采购的物资供方是否在合格供方名册之内。
（2）审核项目是否按集团公司《物资采购管理办法》规定的采购方式进行物资采购，采购的物资是否超越集团公司的授权，采购合同是否经过评审。
（3）审核项目物资部门是否按月度生产计划编制物资采购计划，是否按照采购计划实施，有无盲目采购情况。
（4）审核项目对采购的物资超过工程合同范围的，是否有业主认可的有效证明。业主指定的采购材料，是否获得业主的书面认可。
（5）审核项目物资采购的付款是否有有效的采购合同，有无付款审核流程。进入现场的材料是否已验收合格，有无遗漏。入库手续是否完备，有无完整有效的质量证明文件、入库凭证等。
（6）审核项目物资采购的预付款有无购货合同，预付款是否在合同规定交货期后及时进行帐务处理。
（7）审核项目物资部门是否建立材料采购台帐，台帐登记是否及时。
8、重大事项的处理。在审计过程中如发现违纪、违法或重大经济责任事项，审计组应及时反馈集团公司董事会或总经理。
对拒绝接受审计或故意拖延提供审计资料的被审计工程项目有关人员，应责令其改正，对于拒不改正的，要上报企业领导追究其责任。
五、工程项目审计风险的防范
工程项目的审计风险存在于工程项目收入的不确定性中。一般说来，施工的工程项目几乎不可能不修改设计方案，施工方案也随之修改，施工工程量也时有增加或减少，从而增加了工程量的确认工作，业主经常要在工程竣工结算前办理概算调整，有时还要考虑多种因素才能最终确定，但施工单位实际费用已结算支付，工程价款收入的这种滞后性为工程项目审计留下了风险。
另外，近年来施工企业由于施工规模的扩展，工程量的增大，跨年度施工和分包工程也随之日益增多，由于资金等多种因素的影响，总承包方难以及时办理分包结算，这也为项目的实际支出的不确定性留下伏笔，审计人员如不注意防范，工程项目审计的事中审计风险就较大。如某公司某一工程项目，前两年度会计报表一直反映是盈余，后经审计才发现大额的分包工程未结算完毕，分包工程量未作确认，而分包工程量已由监理签字确认，经审计调整后，最终出现了大额的亏损。如果忽视分包单位的工程结算审计，就会出现审计结论与客观事实相违背的结果，必然会导致审计失败，其后果较为严重。
工程项目审计是施工企业内部审计实现从以财务收支审计为主，向经济效益审计为主转变的一种有效途径和方式，搞好工程项目审计是施工企业内部审计的一项基本功。当前中建总公司在项目管理中全面推行法人管项目，对工程项目这种一次性的组织机构形式进行经济责任、成本、效益审计更显得十分必要和富有现实意义。工程项目审计在国有施工企业向现代企业制度迈进中，会对项目管理的完善和发展起到极大的促进作用。