一、投资决策阶段的审计
工程项目投资决策阶段审计的主要文件资料包括工程项目的可行性研究报告、工程主管部门的立项报告、资金来源报告、国土部门的工程建设用地许可证、工程建设项目报建资料和设计任务书等。审计时，应重点审查建设项目可行性研究报告包括立项的理由、建设规模、建设方案、环境保护、城市规划、社会和经济效益的预测是否合理等；审核建设资金的来源渠道是否合法和到位，是否有多报、瞒报、出具假证等情况；审核建设单位编报的工程设计任务书的设计规模与工程行政管理部门、投资主管部门批准的计划投资规模是否一致，防止建设单位擅自扩大建设规模，增加工程造价。
二、工程设计阶段的审计
工程设计是根据项目用途要求采用科学先进的方法，完整地表现建设物的外型、空间布置、结构以及群体的组成、与周围环境的相互关系等，是对工程建设进行规划的过程，它对工程建设项目的造价和使用后所产生的社会经济效益起决定性的作用。设计阶段的工作主要包括设计单位的选择、设计方案的确定、总平面设计、建筑结构设计、材料设备的选用等。审计时，一是要了解设计单位和设计人员是否挂靠专业设计部门，是否是专业设计人员，有无设计资格许可证。因为有些社会上的非专业设计人员由于怕负责任、图省事，使用不规范图纸设计，随意加大工程安全系数、增大结构截面尺寸、提高水泥标号，从而增加了工程预算造价。二是要求设计部门积极推行投资规模限额设计，使之贯穿于设计的全过程，严格控制各项经济指标，防止设计不算账、概算见分晓的被动局面出现。三是审核总平面设计对土地利用、工程管网长度的控制是否合理；建筑结构的设计是否符合规范要求；装修设计是否超标；选用的建筑材料是否符合市场供求关系，新型建筑材料是否科学经济；选用的设备是否先进，型号、数量是否符合规定要求，来源、价格是否合理。
三、工程招标阶段的审计
工程建设招投标工作是建设单位择优选择施工、物资设备供应等承包单位的主要方式，是市场经济调节下工程建设管理体制的一项重要内容，它改变了过去单一的依靠行政手段分配施工任务的做法，解决了好坏不分，赏罚不明的问题，达到了工期短、质量优、造价低、效益高的目的。然而，由于市场机制还不够健全，工程招投标工作还存在一些问题，如招投标方式和程序不符合规定，建设单位个别管理人员与投标单位暗中勾结、弄虚作假，使招投标工作失去了实际意义。因此，审计部门应与工程招投标管理部门协作，加强对招投标工作的审计监督和检查。
１、审查建设单位和建设项目是否具备招标条件。建设单位必须具有法人资格，建设项目各种审批手续务必齐全，建设资金和主要材料设备的来源已经落实，招标文件完备。
２、审查招标方式和招标程序是否符合规定。公开招标的项目必须向社会公布，议标的项目必须经建设行政主管部门授权的招投标办公室审批，招标的程序要公开、公正、公平，对投标单位平等对待。
３、审查工程项目招标的标底。工程项目的标底应控制在总概算和批准的投资包干限额内，标底应符合工程质量标准的要求并与建筑市场价格水平相适应；建设单位不得片面压低造价；标底要保密，防止泄漏。
４、审查投标单位资格和标书。主要审查了解投标单位资质等级文件、财务实力、管理水平、社会信誉、承担过哪些工程项目；审查招标文件的内容是否完整、齐备和真实；施工方案是否科学；标书的报送程序是否符合招标文件的规定。
５、审查开标、评标、决标、合同签定工作的程序是否符合规定。开标必须在招投标管理机构的监督下进行，工程管理、审计、财务、公证等部门参加，公开招标时，投标单位必须全部参加，开标的时间要符合招标文件规定的要求，标书密封要完好并当众起封公布标底；评标的组成人员应按规定的各方组成，评审标书要按招标文件规定的评标方法、原则进行，开标后不得更改，计分法评标时各项目设置的分值和设定的上下浮动分数、有效报价区间要合理，评分的标准能真正起到择优录取施工队伍的作用；评审小组应写出评标报告，推选出后选中标单位供招标单位选择；决标时，招标单位应向上级主管部门填报决标书，经审批后应及时向中标和未中标单位发出通知书，退还押金并在规定的期限内签定合同，其主要条款应与中标内容相一致；对较简单的工程项目应当场开标、评标、决标。
四、工程施工阶段的审计
工程施工阶段是物化劳动和活劳动实现价值转移，形成工程产品的重要阶段。强化施工阶段的管理和监督，对于加快工程施工进度、保证施工质量、降低工程造价、提高投资效益等都具有十分重要的意义。审计部门应与工程主管、建设、施工、质监、设计、财务等部门搞好配合，重点做好以下几项工作，为竣工结算审计掌握真实准确的第一手资料。
1、审查施工组织设计方案。施工方案要经济合理，施工技术先进，施工力量和机械调备得当，组织要均衡。
２、审查施工图预算。施工图预算是影响工程造价的基本因素，也是编制竣工结算的主要依据，加强施工图预算的审查，使其控制在批准的概算投资以内，是审计部门的重要工作。审计时，主要审查工程量的计算有无错算、漏算、重算、多算的问题，审计定额和单价的套用、汇率的计取是否正确等。
３、审查施工资料。施工过程中的资料主要有施工图、图纸会审记录、隐敝工程验收记录、分部（分项）工程验收记录、设计变更通知、施工日记、构件实验报告、主要材料合格证等，它是审查竣工结算的重要依据。审计部门主要审查了解这些资料的记录是否及时、准确，现场管理人员是否签字认可，特别是对基础工程验收记录，审计人员有必要到现场核实，防止弄虚作假的现象发生。
４、审查主要材料设备的采购。审计部门应对选用的材料设备进行必要的市场调查，对其型号、规格、价格进行对比并检查是否符合设计要求并做到采购有计划、选用有调查、入库有验收、领用有手续，特别是对主要装饰材料的采购要严格把关。
５、检查施工单位是否按施工图纸施工，是否有分包、转包工程的现象，对分包的专业性较强的附属工程是否经工程管理部门批准；审查工程质量事故发生的原因以及处理结果。
五、工程结算阶段的审计
在工程项目竣工后，审计部门主要是对施工单位提供的结算书进行审计，这不仅直接关系到工程造价的大小，也关系到建设单位和施工单位的切身利益。首先，审查建设项目是否已进行了竣工验收，质量监督部门和规划部门是否验收签证；审查施工单位提供结算书的资料，包括工程量计算表、钢筋抽料表、材料分析表等；审查结算书的总额是否超过施工图预算造价，如超过预算造价要查清其原因和依据。其次全面审核计算工程量，这是审计工程结算最基本的工作，审计时，要根据施工图及其变更通知单、验收记录资料等审查工程量计算表中工程量的计算过程；审查套用的定额是否正确。再次，对装饰工程、基础工程等重大计费项目进行重点审计，根据经验，这些项目变化因素最多，核减的费用也最高。最后，将审计结果与建设单位和施工单位进行核对，做到建设单位、施工单位、审计单位都满意。