1.成本控制意识有待提高
在我国的施工项目中，很多项目上却简单地将成本控制看做是财务人员、计划人员的责任，而忽视了其他部门的责任。实际上，施工项目财务人员只能说是成本控制的组织者，而成本控制的主体，却是各个部门人员联合起来，共同参与完成的。只有加强各部门人员的成本控制意识，才能搞好工程成本控制。
2.成本控制过程不到位
成本控制应该是动态的全过程的控制，而目前很多企业都不能实现施工前准备阶段控制、施工期间控制、施工竣工阶段控制三者之间的联系和整合，而是比较注重事中控制而忽略了事前决策和结算总结，这就使得施工项目施工不能对项目实现全过程的成本控制。
我国的施工项目在设计阶段，成本的随意性往往变动较大。而设计是工程建设和投资控制的关键，是全过程造价控制的重点，直接影响工程投资和工期长短。
但大部分设计人员对工程项目的技术与经济深入分析的不多，在设计中重技术轻经济，设计阶段成本管理积极性不高，造成设计与造价控制脱节的现象，以致无法通过优化设计方案来控制总造价。
工程竣工结算阶段缺乏对成本的有效控制。施工单位普遍存在高估冒算，高套定额单价，高套取费用标准等提高成本的现象。
3.成本控制与现场施工不协调
很多施工企业多个工程项目同时进行，项目地点也很分散，施工技术人员和组织管理人员的能力也有差别，即使预算做得很好，也会有成本偏差。个别项目经理全局观念差，考虑个人和本部门利益多，认为规范的财务管理反而束缚了其管理的灵活性。
目前，很多施工企业都有自身的一套财务管理办法，但是管理内容却比较单一，往往将成本费用支出、审批程序等一些会计基础工作当做重点，而对于预算管理、资产管理、收入管理、财务分析等却没有充分地体现出来。
一些事关企业权力集中在管理层，监督制约机制等不够健全，也就导致了财务监督职能的弱化，给企业造成了一定经济损失。现场施工也只是满足对进度、安全和质量等指标的考核，却很少考虑资金的安全性和高效、实用性，从而无法实现经济效益最大化这一目标。
4.内部控制体系不完善
由于对内部控制的认识不够，企业人员都不重视，内部控制制度的建设缺乏系统性，相关的配套措施都需要进一步完善。组织管理分散，各部门都只考虑自己的中心任务，譬如财务部门就只从资金上进行成本控制，而物资设备部门则只考虑材料的质量，采购是否方便等，技术部门则从施工质量、安全等角度考虑，各部门之间缺乏沟通，不能形成一个整体，都是为自己部门的任务考虑，难免不产生矛盾，忽略了成本控制的整体性，它应该是贯穿于整个项目管理中的每一道工序，大家需要共同协作，全面考虑，不论是事前、事中还是事后，一起做好成本控制。
施工组织设计是关键，必须遵循科学合理合法的原则，明确各部门职责的同时，也要做好整体控制，完善风险评估系统，施工企业必须要建立起完备的内部控制组织体系，形成成本控制的有机整体。