气泡、空鼓
由于人工涂基层胶的均匀程度不好控制，涂刷时有薄有厚，导致在相同晾置时间下，胶膜后胶中的溶剂挥发不尽，使溶剂在卷材贴合后挥发，从而产生气泡，形成空鼓；或在卷材接缝处重复涂胶也会产生气泡。而在高温条件下尤其严重，鼓泡由小到大，逐渐发展，甚至还可能出现片连。
防治措施
（1）铺贴防水卷材时应将胶粘度制均匀，并保证人工涂刷均匀，且基层胶和搭接胶涂刷完成后，应经晾干再开始进行粘贴。
（2）卷材贴合后，应先排出空气，再用回丝进行推平压实。
（3）在接缝处进行涂胶操作时，应分时间段间隔进行，且为使气泡排出，不宜过早粘合接头。
皱折、翘边
若进行卷材铺贴时用力拉伸、操作不当，或在涂刷接缝处时有漏刷现象等都会导致施工后的卷材出现皱折、翘边。
防治措施
（1）涂刷接缝部位前，应先进行清理，若有污染则应采用溶剂擦洗干净。
（2）涂刷接缝部位时务必保证不出现漏刷现象，且保证涂刷均匀，同时接缝贴合后应均匀滚压，若有干边现象时应及时补胶。
（3）铺贴卷材时应用力均匀，不宜用力拉伸，避免卷材边缘出现皱折。
（4）施工时，应采取短边接缝使局部卷材裁齐，并保证裁剪合理，避免出现皱折、翘边。
渗漏
若防水卷材铺贴方向及搭接方向不正确，且短边和相邻两幅卷材长、短边接搭宽度不符合要求时常导致屋面卷材防水层的接缝处出现渗漏现象。
防治措施
（1）铺贴卷材时应采用搭接法，若平行于屋脊的搭接缝，应顺流水方向搭接；若垂直于屋脊的搭接缝，应顺最大频率风向搭接。
（2）卷材铺贴方向应按屋面坡度的大小进行，若屋面坡度小于3%时，应平行屋脊铺贴；若屋面坡度在3%~15%时，平行或垂直于屋脊进行铺贴都可以；若屋面坡度大于15%或屋面受振动时，沥青防水卷材应垂直屋脊铺贴，高聚改性沥青防水卷材及合成高分子防水卷材采用平行或垂直屋脊铺贴都可以。
（3）下层卷材的搭接缝及相邻两幅卷材的接缝应错开1/3~1/2卷材幅宽，短边应错开不小于500mm，且使搭接宽度满足规定要求。
防水层破坏
若在防水层做完后再进行设备基础施工，会因基础重量而压坏防水层，而在防水层上打洞施工时未对破坏的防水层进行修补时也会造成防水层破坏。
防治措施
（1）必须先做设备基础后再做屋面防水层，且防水卷材要在设备基础的上部包裹，并增加附加层，压实防水收头，同时应用密封膏与设备底座处封严。
（2）若在防水层上放置重量较轻的设施时，应在设施上部的防水层做卷材加强层，且必要时应在其上浇筑细石混凝土，并使其厚度不应小于50mm。
（3）如果是后凿施工的基础，应按防水损坏情况制定修补措施，并及时对屋面防水层进行修补。