一、阴阳合同充斥市场。
阴阳合同是指发包人在有形建筑市场通过公开招标选择承包人，并按照招标文件及中标通知书要求，与中标承包人签订施工合同，俗称阳合同;在有形建筑市场以外，另行与承包人签订一份合同书或补充协议，该合同未经建设行政主管部门审查备案，但在实际施工活动中被双方认可，即所谓的阴合同。各种阴阳合同尽管表现形式各异，但归纳起来阴合同主要在以下几方面与阳合同存在明显差异：发包人利用自己在建设工程发包中的主导地位，将自身的一些风险转移到承包人身上。
二、施工企业合同意识淡薄，缺乏专业的合同管理人才。
主要表现在：(1)不严格按合同办事。出现问题后不能按依照合同办事，而是习惯于找领导协调，即便是正当的索赔也不能理直气壮的提出。(2)不设立合同管理部门，缺乏专业的合同管理人才。大多数项目管理机构都未设立合同管理部门，缺乏可行的有效的动态合同管理制度和具体的操作流程，不能对工程进行及时的跟踪和有效的动态合同管理。合同管理是高智力型的，涉及全局的，又是专业性、技术性强、极为复杂的管理工作，对合同管理人员的素质要求很高。管理人才的缺乏极大的影响了我国的施工企业合同管理水平的提高。
三、如何处理建筑工程施工合同纠纷及合同管理：
1、结合实际，做实基础工作，规范建筑工程施工合同管理。规范管理环节，实现建筑工程施工合同管理手续的档案化。建筑工程施工合同管理环节主要涉及建筑工程施工合同的签订、变更、续订、解除、终止等，因此，企业应当依法健全、完善各项手续，合理规避各种不必要的法律风险。一些企业的管理人员总习惯于口头通知，而不采取书面方式，这样做确实比较省时、省力，甚至一定程度上提高了工作效率，但也给建筑工程施工合同管理工作埋下了一些隐患，当出现建筑工程施工争议时，企业很难拿出对自己有利的实质凭证而陷入被动。因此，企业应当把完备建筑工程施工合同管理过程中的各项书面材料作为一项基础工作加以重点落实，提升企业管理的主动权。
实现动态管理，增强工作的及时性和针对性。建筑工程施工合同管理是一项时效性较强的工作，各环节都有严格的时限。为确保工作的及时开展，应当充分借助现代信息手段，通过电子表格甚至信息管理系统等建立健全建筑工程施工合同台账，对企业的建筑工程施工合同进行动态跟踪管理，随时掌握建筑工程施工合同签订情况，及时准确地进行建筑工程施工合同续签、变更、终止或解除，依法清理各种不规范建筑工程施工关系，提升企业的建筑工程施工合同管理水平。
2、建设期间施工合同的终止纠纷处理。因承包人违约，造成业主强行终止与承包人的施工合同时，承包人应承担因此而产生的额外增加费用和合同中列明的其他费用。业主可暂停向承包人支付任何款项，在本工程缺陷责任期满后，再由监理工程师查清承包人实施和完成本工程与缺陷修复应结算的费用以及应扣除的完工拖延损失偿金(如有)和业主已实际支付给其的各项费用，并予以证实。因业主违约，造成承包人与业主终止施工合同时，业主应向承包人支付终止之日前已完成的全部工程的费用和其他应得费用，还应支付给承包人由于该项合同终止而引起的或涉及的对承包人的损失或损害的费用。新的施工单位(包括部分分割工程的承接单位)必须满足项目招标时的相应资质和强制性条件要求。业主与新的施工单位重新签订合同，合同价款由双方协商确定。
3、施工合同的管理。业主负责组织技术交底、提供施工图纸，并督促设计单位派驻设计代表，同时派驻相关人员与承包人协商并解决工程中出现的问题;并委托监理工程师对工程的质量、进度、费用进行控制和管理。承包人接收合同文本并检查、确认其完整性和有效性。承包人应熟悉和研究合同文本，全面了解和明确业主的要求。承包人根据工程的总体计划合理确定项目合同控制目标，制定实施计划和保证措施。业主严格依据合同变更程序对项目合同进行管理。依据合同约定程序或规定，对合同履行中发生的变更、违约、争端、索赔等事宜进行处理和(或)解决。对合同文件进行管理。进行合同收尾。
4、加强监理工程师在建筑工程合同管理方面的责任。总监理工程师主持开工前的第一次工地例会，驻地监理工程师主持施工阶段每月一次的常规工地例会，并签发会议纪要。监理工程师有权参加施工单位为实施合同组织的有关会议。根据工程实际情况，监理工程师有权按业主授权和施工合同文件规定的变更程序、变更范围，对工程或其任何部分的型式、质量、数量及任何工程施工程序做出变更决定，确定变更工程的单价和价格，在得到业主同意后，下达变更令。监理工程师必须认真审查施工单位的任何分包人的资格和分包工程的类型、数量，提出意见报业主核准。监督施工单位主要技术、管理人员的构成、数量与合同所列名单是否相符;对不称职的主要技术、管理人员，监理工程师有权提出更换要求。对施工单位进场的主要机械设备的数量、规格、性能按合同要求进行监督、检查。由于机械设备的原因影响工程的进度、工期、质量的，监理工程师有权提出补充、更换机械设备，承包人不能满足要求时可停止支付工程款。督促业主及时妥善完成合同规定的责任事项和法定承诺。
5、工程单价变更纠纷的处理，应遵循以下原则：其一，工程量清单中存在与变更工程细目相同细目的，其单价应按工程量清单中已有的细目单价确定;其二，工程量清单中无相同细目但存在类似细目的，变更工程应参照类似细目单价，业主应积极组织监理工程师与承包人协商，及时确定变更单价;其三，工程量清单中没有适合或类似参考单价的，应由承包人依据合同单价分析表中的工、料、机单价和费率编制补充单价并考虑投标调价函的调价比例，报监理工程师和业主审查确定;若是新增材料或设备，则按市场价格编制清单单价报监理工程师和业主审查确定，业主应及时审查确定正式单价，尽量避免暂定单价进行计量。其四，如果变更工程单价一时不能议定，监理工程师可确定暂定单价报业主批准后，作为暂付账款计入期中支付证书中，并办理有关记录和手续。