根据造纸废水的特点，其处理工艺主要采用物化法和生化法，采用化学的方法主要采用一些絮凝沉淀及膜过滤工艺，化学方法主要采用高级氧化技术。生物的方法包括好氧生物处理法和厌氧生物处理法，其中好氧生物处理法主要包括活性污泥法，生物膜法。厌氧处理主要包括厌氧生物滤池、上流式厌氧滤池、升流式厌氧污泥床（UASB）、厌氧流化床（AFB）、厌氧附着膜膨胀床（AAFEB）以及厌氧浮动生物膜反应器（AFBBR）和厌氧折流板反应器（ABR）等。
对于造纸废水，由于其自身性质复杂，难以降解，因此单一的处理方法不能达到很好的效果，因此在实际应用中多采用组合工艺的形式，将不同的处理方法进行组合，能够得到较好的处理效果。
MBR作为一种组合工艺，将传统的生物处理技术巧妙的与膜过滤处理工艺相结合，通过膜过滤技术可以很好的将微生物截留在反应器内，防止生物处理过程中生物的流失，同时通过膜过滤技术，可以很好的提高出水水质，基本能够实现造纸废水的达标排放。
造纸废水中的有机物主要被微生物消耗利用转化成小分子的无机物，而反应器中的膜则可以将大分子的生物难以降解的物质进行截留去除。
造纸废水中含有大量的悬浮物质以及木素类有机物，这些悬浮性物质给造纸废水的治理带来了很大的困难，这些悬浮物经常以胶体的形态存在于造纸废水中，通过混凝作用可以有效的对这些高分子胶体类物质进行脱稳，脱稳也是混凝沉淀法中的核心部分，常见的胶体脱稳的方法主要有两种，一种是提高胶体的动能，提高温度可以加速胶体中的布朗运动，但是在实际的工艺过程中，温度的提高受到很多的限制，比如温度提高10℃，其动能只能提高4%左右，并不具有很好的应用价值。
另一种方法是减少排斥能，排斥能峰取决于排斥时能与吸引势能的差值，范德华力很难进行人为的改变，因而吸引时能也基本难以改变；而静电斥力与胶粒的电荷量有关，电荷量减少时，能够促进排斥能峰下降，为胶粒聚集提供了可行性。然后再通过工艺进行截留从而实现造纸废水中颗粒物的去除。其中对于造纸废水中含有的木素部分，由于其木素具有复杂的网状结构，在巨大的网状分子中原子与原子之间主要以共价键相联。
这些相互连接的原子可以与溶剂分子相互作用，形成溶剂化外壳，分子中的憎水部分则能够继续保留在内部，形成层次分明的木素胶体结构，通过混凝作用，能够对这些高分子量的木素进行很好的去除，防止木素的存在影响进一步的造纸废水处理。