1 在工程质量方面相对较差
由于现存的多数水库都是建国后不久建设的，限于当时技术水平和施工条件，很多农村的水库建设，无论从规划设计还是施工质量上，和现在的技术手段比，都已经落伍，存在设计上不专业，质量较差等问题，对工程的结构分析和稳定性评测都没有细致的工作，所以现在一些水库有的虽然还在运行，但不可避免都存在安全隐患。
2 在水库管理上存在不到位现象
科学的管理，是保证水库安全运行的重要保障，也是必须的手段，但实际情况是，我国目前很多地方的水库管理存在着严重的不到位的情况，这些现象的存在，不仅不能保证水库的安全运行和促进水库效益的发挥，而且还存在严重的安全隐患，一些地方的管理还停留在原始的落后的水平，有的根本就是疏于管理，把水库承包给个人，变成个人养殖营利的工具，一旦遇有险情，损失是不可估量的。
3 交通不畅。通讯不快捷
由于一些不发达地区的水库都是建立在偏远山区，离居住区较远，而这些地区经济相对落后，对于水库管理方面的资金投入相对不足，直达水库的道路修建不完善，遇到恶劣天气，基本就是断绝交通，虽然现在通讯科技十分发达，但相对于这些地区的水库来讲，应用的还不是很好，仍然存在信息不对称的情况，不能及时把水库的动态信息发布出去，这样一遇突发情况，对于抢险救灾来说最佳时间很难保证，后果是不可想象的。
4 水库工程配套设施相对不够完善
由于各方面条件的限制，大部分水库的配套设施都不是十分完善的，有的当时配备就不足，有的经过多年的运行已经到了更换维修期，多数水库的溢洪道，长期运行后，已经出现质量问题，对于水库的泄洪安全很难保证。有的当初设计建造时就没有达到要求，溢洪道、大坝、涵管等设施都存在大大小小的问题，如不能及时处理，一遇险情，必成大患。
5 水库管理中缺乏专业技能人员
很多水库的管理人员，都不是专业的人员，而且一些职工也多是年纪偏大的，在库区多年，业务水平仍停留在原有的水平上，对于新技术、新理论的接受时间相对较长，而新来的专业人员的新方法往往不被老人接受，在水管的管理上，矛盾和混乱的现象时有发生，所以要加强这方面的管理。