1、转变观念
水利工程的管理者在思想观念上要与时俱进，不断改变不适合当前水利工程顺利开展的旧思想、旧习惯，把工程建设的重点转移到工程质量管理上，确立质量与管理并重的思想。在工作中要有创新精神，利用经济、法律、行政等多重手段加强工程建设管理。不断学习先进的管理知识，根据具体工程的特点，采用先进的理念，去探索适合具体水利工程的管理方法。此外，目前我国水利工程建设正处于高速发展阶段，还应考虑注重生态保护，减少水利工程对自然环境的影响。因此，要从过去单一的防灾减灾T程建设转变为结合生态保护的多目标综合治理，探索人与自然和谐相处的可持续发展水利管理模式。
2、加强科学管理
随着科学技术的发展和现代网络的普及，当前水利工程管理也实现了自动化。在具体的水利工程建设中采用网络化、智能化的现代管理手段，不仅可以精简多余的管理机构和人员，还能实现工程管理规范化。适时将现代化科学管理模式运用于水利工程管理巾，开发工程管理预警系统，提高工程管理的科学性。此外，现代的水利工程企业要注重人才的作用，积极培养和引进一批高素质复合型水利工程管理人才，并定期对现有管理人员进行培训，使其掌握现代化的相关工程管理知识，提升其素质和管理水平，达到加强水利工程管理的目的。
3、加强管理资金投入
大多数水利项目投资都是只考虑工程建设的投入，建成之后的维护预算并未考虑，导致很多中小型水利工程无管理经费，设备老化，年久失修，存在很多的安全隐患。为此，在进行防洪防涝等活动中，水利管理单位要花费大量的人力、物力和财力，给水利管理单位的运营造成巨大的资金缺口，等待国家的财政补贴 。另外，鉴于水利管理单位属于服务型单位，没有自己的财政来源，以及水利工程对于社会生活的正常运转具有特殊性。政府需要加大财政支持力度，以便于水利工程管理部门进行日常的检查维护等工作，确保水利工程安全运转。
4、强化工程安全管理意识
水利工程是社会发展和国民经济的基础设施和基础产业，确保水利工程安全、正常运转、充分发挥水利工程的经济效益是水利职工义不容辞的责任。水利工程管理部门必须强化管理意识，建立健全水利工程管理机构和管理体制。将安全生产作为管理工作的第一要务，并制定严格的责任制度，对出现的安全问题要切实追究相关人员的责任。除了进行工程管理的制度化、规范化等规章制度建设外，还要加强对水利工程管理员工安全意识培养，确保水利工程安全运行 。
5、加强用水管理，注重节能减排
水利工程建设完成后，如何有效利用水资源将是一个首要问题。首先要实行计划制度，也就是结合当地的实际情况、水源情况、工程条件、工农业生产安排等方面编制用水计划，制定工作方案、计划表、工作图等，有计划进行蓄、引、提、调和分配水量。在遵守节约用水的前提下，使水资源得到最大化利用是重中之重。其次，在水利灌溉方面，应根据灌区的特点进行灌、排试验研究工作，了解作物需水量和田间排水效果，达到节约用水的目的。此外，还要增设引水渠道防渗措施，减少水量损失。