尽管PPP项目在我国已经经过了20余年的发展，但在PPP项目的招投标过程中仍存在着许多不容忽视的问题，这些问题对PPP项目的发展已经形成了比较明显的阻碍。
如下是PPP项目招投标中存在的问题：
一是项目前期没有明确界定项目的需求和目标。
在PPP项目筹划前期到招投标这个时期，没有准确而清晰地界定项目需求和目标，这种对招投标界定的缺失会在后期项目建设和实施过程中遇到重重阻力。同时，即使PPP项目最终能够顺利实施，而递交的服务和价值也可能会不能满足社会公众的服务需求，成为项目后期风险的重大隐患。
二是缺少对市场需求的关注。
PPP模式与传统基建模式的最大区别在于项目投资主体的转换。在新模式下，项目能够吸引意向承包商以合理的财务成本顺利融资到位才是成功的关键，所以项目的架构设计要保障投资者在技术服务能力水平内获得合理的盈利和财务目标。PPP项目的架构和设计除了要满足社会公众的服务水准和相应要求外，还应该同时满足资本市场的投资需求。政府要深刻地了解和洞察资本市场，识别社会资本关注的焦点和需求，以保证PPP项目的成功落地。
三是缺乏明确而有力的责任人。
PPP项目作为一种比较新颖的基建模式，对于招标人或招标代理机构而言都属于新生事物。因此，作为项目管理和推动工作的具体执行部门，招标人或招标代理机构的权限、能力和可支配资源均相对有限。对于大型项目管理和运营，PPP项目执行中招标人或招标代理机构通常需要与政府众多部门进行沟通、协调、谈判乃至争论，在一定程度上必然会超越其管理权限和职责授权范围，从而导致PPP项目实际运行与目标状态有所差异。
四是招投标过程中缺乏与相关项目利益方的有效沟通和互动。
PPP项目的成功实施，需要招投标的各方主体进行充分沟通。目前，总是存在一些主体只顾自己的利益，而忽略整个项目其他主体的利益诉求，从而导致在某些方面出现衔接的脱节，甚至可能会出现某些短期行为造成社会资源的浪费。
五是没有对外披露或提供充分而完整的项目信息。
PPP项目模式是项目得到社会资本认可并投资的市场化交易过程。交易成本的高低不仅取决于交易结构的复杂程度，也取决于交易双方所掌握信息的对称度。由于招标人或招标代理机构没有或者无法提供充分而完整的信息，导致投标人在投标过程中有一定的盲目性，从而影响了项目的进一步实施。