一、签订建筑工程施工合同的主体要合法
1、发包方主体瑕疵的情形
对发包人而言，具有独立财产，能够对外独立承担民事责任的民事主体都可以成为发包方，包括法人单位、其他组织、公民、个体工商户、个人合伙、联营体等，但并非具备了进行一般民事行为的资格和能力，就可以签订建筑工程施工合同。根据《房地产开发企业资质管理规定》，房地产开发企业资质可以分为四级，承接业主的范围各有不同。如果发包方不具备法律、法规对其的资质要求或不具备发包条件，发包方所签订的合同无效：
(1)发包人没有相应的资质或超越资质签订的建筑工程合同无效，对于房地产开发项目而言，开发商作为发包方要有相应的资质，对于非房地产项目的建筑工程合同，则没有这方面的要求，比如说有些市政工程;
(2)工程没有立项或未取得建设用地规划许可证的;
(3)发包人不属于招标人;
(4)发包人未取得建设工程规划许可证;
(5)建设单位内部机构对外发包工程的合同未经建设单位的事后认可或追认，亦不能构成表见代理的，合同无效。另外，对于临时机构对外发包工程合同的效力，应审查临时机构是否是行政机关正式发文成立，有一定的职责，并在授权的范围内签订合同，具备以上条件并符合其他条件的，认定合同有效，否则合同无效。
笔者在这里特别提醒的是，在发包方作为项目公司的情况下，承包方要特别注意，因为项目公司是临时组建的，其原来的建筑规划许可证等有关审批文件可能不再其名下，可能会导致合同不能正常实施及最后顺利竣工验收。另外，项目公司的组建具有临时性也决定了其履约能力较差，有随时注销的可能性，这样对于后期付款，特别是项目预售情况不佳的情况睛，影响较大。
2、承包方资质问题导致合同无效的情况
对于作为承包方的施工单位，立法对其资质要求较之发包人更为严格。《建筑法》第13条规定按建筑企业的注册资本、专业技术人员、技术装备和已完成的工程业绩划分为不同的的资质等级，在取得相应资质证书后，方可在资质等级许可的范围内从事建筑活动。如果承包方不具备法律、法规对其的资质要求或违反了法律、法规的强制性规定，发包方所签订的合同无效：
(1)无资质的施工企业所签订的建筑工程合同无效，原因就是国家实际严格的资质管理;
(2)超越资质的施工企业所签订的建筑工程合同无效。根据《建筑法》第26条：禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可证的业务范围承揽工程;
(3)两个施工单位联合共同承包工程的，应按资质等级低的单位的业务许可范围承包，否则合同无效;
(4)冒用、盗用他人资质的情况，实际上是没有资质，所以合同无效。但是，对于个体建筑队、个人合伙建筑队承建的一般农用建筑，符合有关规定的，认定有效。
3、非法转包、违法分包、挂靠问题
所谓非法转包，是指建筑商(总包人或承包人)违反法律、法规规定，将其承包的全部工程转让给他人施工或分包后未在施工现场设立项目管理机构和派驻相应人员，并未对该工程的施工活动进行组织管理的行为。在这类合同中，受让的第三人往往没有资质或者资质不够等级，从合同主体的角度讲，这种合同也是无效的。
违法分包是指建设工程承包人违反合同的约定和未经建设单位认可，或者将工程分包给没有资质的分包人，或者将工程分包后不参加现场管理的行为。如果在分包中是将工程分包给没有资质的分包人，实际上是违反了国家有关资质的规定，这种情况下，即使是建设单位同意，也符合合同的约定，这一类分包合同也是无效的。
与转包、分包行为类似的行为便是挂靠，所谓挂靠行为，是指建筑施工企业(即挂靠企业)或个人以其他建筑施工企业(即被挂靠企业)的名义承包工程的违法行为。挂靠现象的出现的直接原因就是因为我国对建设工程承包单位实行严格的资质管理行为。由于挂靠行为是为《建筑法》有相关行政法规严格禁止的行为，因此挂靠的形式总是以分包或者合作的形式出现。
值得注意的是，根据2004年10月，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，即便由于建筑工程主体资质有不合法，但如果建筑工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，法院应当支持。
二、建筑工程施工合同模式的选择问题
建设工程施工合同主要类型模式有：
1、勘察、设计或施工总承包合同
勘察、设计和施工总承包合同是指发包人将全部勘察、设计和施工的任务分别发包给一个勘察、设计单位和一个施工单位作为总承包人，经发包人同意，总承包人可以将勘察、设计或施工任务的一部分分包给其他符合资质的分包人。实际上这类合同是将勘察、设计和施工分别由不同的主体向业主负责。勘察、设计或施工总承包人与其各自的分包人就工作成果对发包人承担连带责任。
2、单位工程施工承包合同
单位工程施工承包合同又称为平行发包合同，是指在大型、复杂的工程中，发包人可以将专业很强的单位工程发包给不同的承包人，与承包人分别签订土木工程施工合同、电气与机构工程承包合同等，这些承包人之间为平行关系。单位工程施工承包合同常见与大型工业建筑安装工程。现在在房地产开发中，这一类合同有增多的趋势。
3、特许经营协议
是指政府或政府授权的机构授予承包人在一定的期限内，以自筹资金建设项目并自费经营和维护，向(地方)政府出售项目产品或服务，收取价款或酬金，期满后将项目全部无偿移交政府的工程承包模式，形式有BOT、BT等多种具体形式，操作形式比较复杂。这类合同在大型基础建设中使用较多，比如说高速公路、电厂、隧道等。
一般情况下，合同模式的选择并不是取决与建筑商，作为建筑商，要注意的是几种模式下自己在合同项下权利义务的不同。比如在平行发包模式下，业主虽然与各承包商都分别签订合同，但其往往是将总承包商也作为合同的主体，实际上这时的总包与分包的关系是相对松散的，作为总包商，要注意自己是否就分包的工程质量向业主负连带责任，是否有向分包付款的义务等等。
三、重视建设施工招标投标工作，减少纠纷
建设工程实行招标投标，是按市场经济规律，来组织建设工程的经营管理制度，它是通过报价竞争，项目发包单位选择承包单位，签订合同，签订合同，按照双方约定的工期、质量和中标价格，定期交付产品的一种交易方式。现实中在建设工程施工招标投标工作中，往往出现一些纠纷，主要表现在定标结果无效，中标后拒签合同、缔约过失纠纷、技术规范不明确等等。造成建设施工招标投标出现纠纷的原因有多个，主要有利益驱动、地方保护、法律不完备等等。但作为施工企业，应该从自身出发，自我作起，减少建设施工招标投标工作中的纠纷。
招标投标当事人全面了解掌握招标投标法律、法规及相关文件，避免出现个人完全可以避免的错误纠纷。实务中，这方面的纠纷不在少数。有条件的应让律师介入招标投标业主中，并切实让律师真正介入并承担起相应的法律责任，不能走过场，这样将能避免许多纠纷的发生。建筑施工企业在审查招标文件时，要从项目的复杂程度、项目设计的具体深度、建设工程项目采用的先进技术施工的程度、自身的技术人员条件、对进度要求的紧迫程度等几方面来分析，最后报出与自身能力相符的合理低价。但是，由于企业间的激烈竞争，许多企业怕失去对工程的承包资格或盲目地追求高的合同额，不重视对工程利润的考察，盲目报价，接受一些苛刻的条件，签订不利的、明显导致亏损的合同，这种作法是不可取的。
四、工程变更中注意的问题
工程变更是指合同文件的任何部分的变更，其中涉及最多的是施工条件变更和设计变更。根据建筑工程施工合同示范文本的约定，其对工程设计变更的具体程序作为明确的约定，业主与施工方在将这一格式条款作为合同内容的基础上，应当根据项目工程的具体情况，结合项目工程变更的的一些具体问题，增加一些条款。
在工程变更的常常遇到的一些问题有：
1、变更程序的完整性问题。
工程变更程序主要包括：提出工程变更、审查工程变更、编制工程变更文件和下达变更指令。经双方协商同意的工程变更，应有书面材料，并由双方正式委托的代表签字，涉及设计变更的，还要有设计部门的代表签字，涉及规划部门审批的，应报规划部门审批。
2、变更的合理性、合法性问题。
由于施工方在建筑工程施工合同履行中，处于弱者的地位，对于业主的违规设计，也采取惟命是从的态度，笔者认为，这种作法是不可取的，一是可能给工程质量带来隐患;二是如一旦工程返工，也会给施工方带来一系列的负面影响。笔者曾遇到这样一个施工案例：一个项目在施工过程中，设计单位把原来的普通住宅改为酒店式公寓，把原来的一梯4户改为一梯8户，这实际上是违反了我国《住宅设计规范》的，完全有不能通过竣工验收的危险。但甲方拒绝改正。在施工中，如施工方遇到类似问题，应及时向业主和监理反映，协调解决。
3、变更后引起工程量变更价款的确定。
根据建筑工程施工合同示范文本的约定，其对工程变更价款的处理已经约定相当清楚，但有个问题要注意：是在总价包干包死价的情况下，工程变更带来的价款增减如何处理?对一这问题科学处理方式是在单价、量闭口的情况下，设置一定的可调条件，可调条件成就时，量与价款进行调整。比如说工程量增加或减少达到一定量时，如根据国际通用的作法，工程量增加或减少10%时，量予以调整。
五、建筑工程施工合同付款条件及执行
从建设部建筑工程施工合同示范文本看，在通用条款中有关建筑工程施工合同付款条件的约定是十分清楚的，其明确约定了预付款、进度款及竣工结算款。但在实际操作中容易出现的问题有：
1、工程最终造价的确定问题。
工程欠款一个突出问题，是建设工程竣工结算难，确定工程最终造价更难。付款没有依据已成为建设单位拖欠工程款的众口一词的理由。所谓没有依据，是指工程造价决算未能审定。一项工程从竣工交付使用起，一年、二年甚至更长时间未能结清工程款的比比皆是，一个最为主要的原因就是不能及时确定工程最终造价。如果委托审价部门进行审价，往往又是遥遥无期。在目前立法对有关审价期限、内容、依据没有明确规定的情况下，作为建筑工程施工企业，在制订合同文本时，对工程竣工结算、工程未支付等重要条款时，尽可能制订完备，用语明确具体，文字严密准确，最终达到维护当事人合法权益，避免最终价款难以确定。
2、工程竣工验收与结算款的支付问题。
在建筑工程施工合同工程款支付中，往往是在工程完全竣工结束后，总包拿到工程尾款，但问题是有些工程时间跨度很长，最后的竣工验收往往由于一些小工程而不能如期进行，在平行发包的情况下，往往会由于个别承包人不能顺利完工而不能竣工验收，也会存在业主以各种形式故意拖延工期，而最后的竣工验收不能正常如期进行，这样承包商最后的尾款拖起来就遥遥无期。笔者就办过这样一个案子，在苏州某开发商在房子预售不佳的情况下，开发商将自己作的一部分工程迟迟不完工，工程无法进行竣工验收。而作为总包，两年过去也不能拿到最后几百万元的尾款，总包翻翻合同，清清楚楚，全部工程竣工验收后，支付尾款。避免这一问题根本作法是将工程尾款的支付与中间验收与单体工程验收挂钩，而不能与全部工程竣工验收挂钩。
3、三边项目工程量的确认及工程款的支付。
针对建设工程三边状况以及合同造价失控的现状，作为承包商的对策是在设定承发包合同时增加工程造价过程控制的内容，按工程形象进度分阶段进行预算并确定相应的操作程序，使承发包合同签约时不确定的工程造价，在合同履行过程中按约定的程序得以确定，从而避免可能出现的造价纠纷。在造价过程控制中可以增加一些特别约定，比如说约定发包方按工程形象进度分阶段提供施工图的期限和发包方组织分阶段图纸会审的期限，约定承包方收到分阶段施工图后提供相应工程预算是以及发包方批复分阶段预算的期限，约定发包方拨付承包方各分阶段预算工程款的比例，以及备料款、进度款、工程量增减和设计变更签证、新型特殊材料差价的分阶段结算方法等等。
六、合同中带垫资问题处理
建设工程施工合同中的带资、垫资是指建设工程的承、发包双方在签订施工合同时明确约定，发包人不按有关规定预付工程款、进度款、结算款，而由建筑商自带资金先行施工，工程实施到某阶段或时间时，发包人分期分批地支付建筑商工程款行为。
在2004年10月25日最高人民法院出台《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》出台之前，各地法院对代垫资问题的处理上有较大差异，法律实务界对此争议很大，有两种截然相反的观点，一种认为，带资、垫资施工合同含有不正当竞争的成分，极易扰乱我国的建筑业市场，带资、垫资条款也违反了国家关于企业与企业之间不准相互借贷的规定，因而应认定带资、垫资条款部分无效;而另外一种观点则认为，认为带资、垫资条款无效是计划经济下定式思维所造成的，即先付款，再施工，而在中国加入WTO后，中国的市场规则应与国际接轨，国外的带资、垫资条款在建设工程施工合同中都是有效的。最高人民法院的解释对带资、垫资问题作了明确规定，即，当事人对带资、垫资利息有约定的，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类借款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人驿垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。这和原则性的规定在承认带资、垫资有效的基础上，也明确了解决这一问题的基本原则，实际上起到了定纷止争的作用。所以，本律师建议，承包商在带资、垫资承揽工程时，要根据工程的实际情况，对有关利息作出明确约定。
七、工程质量条款的签订与执行
建筑工程作为一种特殊产品，其质量亦具有特殊性，主要体现在：隐蔽性、关联性、派生性。隐蔽性是指其质量问题不易发现，关联性是指建筑产品各环节彼此影响，彼此关联，派生性是指建筑产品质量问题会引起修复、赔偿问题外，可能会引起其他人身、财产损害的民事赔偿。
在建筑工程施工合同中，往往有些显失公平的条款，比如说合同约定：建筑工程必须达到白玉兰奖，否则工程结算款不予支付。这实际上对建筑商是极不公平的。另外，在建筑施工合同中，有关质量问题也有一些近似荒唐的约定，比如说约定：工程质量要工程师满意。这不仅没办法量化的和衡量，而且会受较大人为因素的影响。在签订包括这些条款的合同时，对这些条款一定要注意，建筑工程质量一定要约定一个可以操作验收的标准，有一个可以进行正常工程验收的标准。减少因工程验收不合格拿到工程款的情形。
影响施工项目质量的因素主要有五大方面：人、材料、机械、方法和环境，事前、事中、事后都要对这五方面的因素严加控制。施工项目质量控制的方法，主要是审核有关技术文件，报告和直接进行现场检查或必要的试验等。有些比较规范的建筑工程企业，在现实操作中形成了一些比较成熟的作法，比如说在建工程质量每周例会并形成书面纪要制度。具体的操作实施是建设、施工、设计、监理四方负责人每周就工程施工过程中的质量要求、问题、措施以及各方的责任开会明确，各方签字记录在案。好处在于整个施工过程中各方的责任有书面证据，日后出现事故谁的责任有案可查。
八、项目经理在合同履行过程中的权限问题
施工项目经理是施工企业项目经理的简称 (以下简称项目经理)，是施工承包企业法定代表人在施工项目上的代表人。因此项目经理在项目管理中处于中心地位，是项目管理成败的关键。笔者曾经处理过一个案子，上海一家施工企业在江苏某地承包一项工程，其派驻的项目经理在未经公司认可的情况下，擅自将某项专业工程分包，并且经过了业主的认可，结果造成严重的质量问题，不得不返工重造，如果在施工合同中约定了项目经理的权限，明确其不得代表公司分包工程，不但其无权签订分包合同，业主也不可能明知项目经理没有权力签署分包合同的情况下，同意工程分包
根据建筑工程施工合同示范文本第7条有关项目经理的约定中，其中约定了项目经理的一些程序性的权利，对于项目经理的权限范围、职责问题往往没有明确的约定，一般施工项目操作中，项目经理的权限包括用人决策权、财务决策权、物资采购管理权、进度计划控制权、现场管理协调权等。对于项目经理的职责权限业主与总包之间的施工合同并不明确，理解往往不一致，所以要根据具体项目的情况、项目经理的个人素质、施工企业对项目的管理模式对项目经理的权利进行明确与限制，并将这些内容尽量写进施工合同。另外，需经项目经理与监理人员共同签字处理的事项，比如说项目工程设计的变更、材料设备的进场等应严格执行共同签字制度，否则，建筑商一旦就这些问题与业主或供货商发生纠纷，事实情况可能说不清楚，责任无法分担。
九、合同交底工作不到位，执行中遇到问题
合同交底是指合同管理人员在合同签订后，向各层次管理者把合同责任落实到责任人和合同实施的具体工作上。众所周知，合同和合同分析的资料是工程实施管理的依据，但是合同本身条文往往不直观明了，一些法律语言不容易理解，遇到具体问题，即便查询合同，查阅人也很难准确地全面地理解。合同条文的解释权必须归合同管理人员。如果在合同实施前，不对合同作分析和统一的解释，而让各个人员在执行中去翻阅合同文本，容易造成解释不统一和工程实施中的混乱。特别是对于复杂的合同，或承包商不熟悉的合同，以及各方面合同关系比较复杂的工程，该工程极为重要。合同实施前的合同交底，则可以将合同约定用最简单易懂的语言和形式表达出来，使得日常合同管理工作容易方便。
合同交底可采用上网查询和合同交底会两种形式。合同签订后，合同管理人员立即将合同交底工作输入电脑，并负责通知各职能部门人员上网查看。定期召开项目全体管理人员合同交底会，对网上合同交底中仍未明白事项进行答疑，在项目内部形成全员、全过程、全方位的合同管理意识，使有关项目管理人员能够熟悉掌握合同内容，根据性质，范围不不同分别落实责任制。
在有些建筑施工企业的实际操作中，往往合同交底工作重视不够，施工合同签订后，合同管理人员只是对项目经理或其它有关项目管理人员就合同内容进行简单的口头交待，而项目经理或其他有关有项目管理人员，用到合同时就翻看查阅一下，这样在项目整个管理团队中对合同的理解与分析往往会导致一些分歧，最后出了问题虽然都能根据自己对合同的理解说出道理来，但最终损失的却是施工企业。
十、未意识到对合同和文件管理重要性
现阶段，各建筑企业基本上都是按合同管理要求认真进行合同标前及标后的评审，对合同的履约进行检查，但在工程施工时如何有效地把合同贯彻下去，各单位执行还不够。一是合同管理员只是把合同发给项目经理，没有把合同的内容及签约情况进行详细交底;二是合同执行人即项目经理，只是组织正常的施工管理，如加强工期及质量安全等方面的管理等，没有认真对合同的其他内容进行认真学习。成功的企业合同管理，是把合同的权利义务按职能分工分解到各部门，由各部门去履行属于自己职能范围内的权利义务。可以说，企业合同管理是一个系统工程，需要各子系统，分系统共同配合。如果对合同缺乏管理，就会造成部门之间的履行责任不明确、不沟通、不落实，造成失约甚至对合同相对方的违约。
不仅建筑工程施工合同的管理十分重要，在施工中出现的各种资料还要作好记录与保存工作，包括双方达成的书面协议、签证事项、会议纪要、来信信函。特别是对于双方未签证或未达成一致的事项，更是要作好有关资料的收集与保管，以便以后通过法律途径保护自己的合法权益。资料的有效管理还包括对各类信件、请求、签字指令、会议纪要、索赔文件、合同变更文件等做文件资料的审查与控制，并记录在案，及时预防行为的法律后果，弥补自己工作上的漏洞，而且有利于寻找对方工作中的漏洞，及时提出索赔要求