1、使用单位对操作技术人员没有进行专业培训；
2、使用过程中，一个井中下入两套管，容易产生气堵；
3、做井坑时，没有保护好井孔，掉进泥砂；
4、雨水及污水进入井内；
5、运行中各井互用，个别井涌砂；
6、长期放置和使用前没做回扬，井内产生氧化物及菌类。
回灌井应在施工前期，充分了解当地水文地质条件，进行勘察设计或找有经验的工程技术人员对含水层进行分析论证合理布局，根据地层的可钻性，合理选用钻进技术参数、钻头级配，采用与本区域地层相符合的滤水管、砾料、过滤网等材料，根据地质条件合理控制单位涌水量，达到最佳回灌效果，不要将抽水井和回灌井区别施工，所有的井都能抽灌自如，回灌井施工具有严格的要求，它是一种特殊的成井工艺，成井后要洗至水清砂净，水量在不断增加，含砂量要符合国家标准―二十万分之一(用肉眼看不到)。做回灌试验时，要满足72小时回灌，回灌井水位上下波动值应稳定在20mm左右，既能满足永久性回灌。如果回灌水位持续上涨，即不能成为永久性回灌，应找出原因，进行修复。
什么叫永久性回灌，有些单位1个月回扬数次，设备也能运行，大量水资源被浪费，这不叫永久性回灌，应尽快修复。
实现永久性回灌井应该是每半年或一年回扬1次，但每次回扬不超过3小时，使用周期越长，回扬次数越短，且回灌量越来越大。回扬的目的是将回灌井的氧化物、菌类排除井外，防止堵塞。