1、建立管理机制，完善建设程序，提高科学管理水平
农村小型农田水利工程内容广泛，实行统一管理，合理规划布局，完善建设程序，根据先申请规划审批，再建设施工，后验收交付使用的原则进行，广泛宣传，科学管理，使各地农村水利工程建设不断往规范有序方面发展。
2、建立农田水利建设规划审批制度
规划是水利工程建设的前提，是搞好工程建设、合理利用资源，使工程发挥更大效益的基础依据。必须严肃农田水利建设规划。为此，要求地方，如乡镇、村一级在拟建五万元以上的中小型水利工程，如打井、建坝、扬水、拦河、修渠、排水、微滴灌等，首先申报，对工程地点、规模、投工、投资计划等，由村、乡、镇水利站报上级水利部门审批实施。
3、严格设计资质证制度和工程招投标制度
严格设计资质证制度，依据审批工程的规模，建立健全资质认证制度，确保聘请具有一定设计资质的、从事相应水利工程的设计单位设计，严禁无资质的单位和个人通过不正当渠道获取从事水利工程设计的权力，设计图纸必须加盖资质证章方能使用；所有审批的水利工程，必须经行政主管部门招标办招标。招标办组织建设单位和有施工准入证的三家以上企业或单位，依据设计工程项目进行投标，落实工程招投标制度，引进竞争机制，规范施工管理，明确工程投资，遏制工程建设中出现的腐败现象，签定公证合同方可进入施工程序。
4、建立施工准入证制度和实行工程监理制度
施工准入证是指具有一定的水利施工技术和条件，达到一定的施工管理水平的施工企业，才能准许其进行水利工程施工的一种制度。以取得水利施工准入的企业，必须具备一定的技术人员、生产设备和有一定实践经验的施工人员为标准确定，施工准入证由县水行政主管部门发放并检审；在工程进入施工阶段，建设单位配备一定数量的质监员，施工单位的技术员随时配合质监员对工程各个部分进行检测，填写检测记录，特别是对影响工程质量的主要材料，如设备、水泥、钢材、试件、试块等能验证和影响工程质量的材料，双方共同到有关权威部门做鉴定，才能作为保证资料、必备资料和安全资料汇入施工资料，为综合验收和今后工程管理检验提供可靠真实依据。
5、建立竣工验收备案制度和实行严格奖惩制度
在工程竣工后，建设单位要以竣工报告形式报请上级水行政主管部门进行验收。同时施工单位也要报经甲乙双方共同签字盖章的施工保证资料和必备资料，汇总的真实完整资料一套备案。地市县水利局根据竣工报告和施工资料，组织有关设计、质监和相关单位的技术人员与建设单位和施工单位，对工程进行全面验收，根据查询资料、检测实体、细查局部、听取报告反映的程序对所建工程验收，做出该工程的综合评定意见，所有未经验收的工程不准交付使用和结算工程款项；加强农田水利工程建设管理，严格按建设程序施工，提高工程质量，对年内新建工程项目进行评优，对被评为优质工程的凭验收证明兑现一定的奖励，同时加强宣传，形成一种狠抓工程建设质量的良好社会风气，对未按建设程序施工的，根据有关法律法规并报相关智能部门进行处罚，并通报批评和备案，特别是不按有关规范施工造成施工质量不合格的豆腐渣工程，严厉打击，决不手软。