一、审计范围方面的不同
从审计范围的广度来看，常规审计涉及的业务种类较广泛，几乎所有开办的业务及工作都要纳入常规审计的范围。而专项审计的审计范围则具体到某一项的业务或某一方面的工作，专门对某一项业务进行专项审计。正是由于审计范围广度的不同，直接导致了常规审计与专项审计在审计深度上的不同。专项审计相对常规审计来说，审计工作更加细化，更加专业化。涉及到每一步具体的操作，从整个流程的开头直到结尾，从前台的操作到后台的内部控制。而常规审计由于业务量大，涉及的方面较多，因此不可能做到审计工作如此细化，只能针对某些重要环节进行审计，不可能关注到每一方方面面。
二、审计作用的不同
常规审计是加强日常内部控制的有效手段，可以通过对各项业务一些重要环节的审计，有效控制风险的发生，起到事前防范的作用，同时可了解到日常经营情况。而专项审计由于具体到某一业务，因此审计结果也比常规审计更加详细具体，可以了解到每一个细节的内部控制情况，同时可根据专项审计结果提出针对性的建议和控制措施。
三、审计方法的不同
常规审计的审计方法比较宽泛，审计人员主要是根据自已的业务知识和审计经验进行审计。而专项审计往往会制定一套详细的审计方法来供审计人员参考，要求审计人员具有较高的业务水平和综合分析能力。
四、审计结果的不同
常规审计的审计结果涉及到方方面面，主要供管理人员对日常经营情况及内控水平进行评价。而专项审计结果比常规审计结果要细化的多，可以使管理人员更加深入的了解这项业务的开展情况和内控制量。