在总价包干合同条件下，针对造成漏项的不同原因要区别对待：
一种情况是建设单位主动提供的工程量清单，同时并不要求投标单位或承包单位补充。如果此时发现工程量清单漏项，处理往往比较简单，一般应由建设单位负责并补充计入相应费用。
另一种情况是建设单位提供工程量清单，同时要求承包单位补充并承担合同工程量及漏项风险；或者建设单位只提供图纸或工作要求，由承包单位编制工程量清单，并承担报价风险。如果合同双方是按照我国最新的《工程量清单计价规范》要求进行报价的话，除合同另有约定外，若发现清单项目漏项，则按计价规范第9.3.1条规定确定单价，并调整合同价款：
1、 已标价工程量清单中有适用于变更工程项目的，应采用该项目的单价；但当工程变更导致该清单项目的工程数量发生变化，且工程量偏差超过15%时，当工程量增加15%以上的，增加部分的工程量的综合单价应予调低；当工程量减少15%以上的，减少后剩余部分的工程量的综合单价应予调高。
2 、已标价工程量清单中没有适用但有类似于变更工程项目的，可在合理范围内参照类似项目的单价。
3 、已标价工程量清单中没有适用但也没有类似于变更工程项目的，应由承包人根据变更工程资料、计量规则和计价办法、工程造价管理机构发布的信息价格和承包人报价浮动率提出变更工程项目的单价，并应报发包人确认后调整。
4、 已标价工程量清单中没有适用也没有类似于变更工程项目，且工程造价管理机构发布的信息价格缺价的，应由承包人根据变更工程资料、计量规则、计价办法和通过市场调查等取得有合法依据的市场价格提出变更工程项目的单价，并应报发包人确认后调整。