（一）高套定额问题
高套定额是指做低标准工作，套用高标准定额。例如：在建筑工程的基础项目中，人工挖土方定额项目套用人工挖基坑定额项目，以现行建筑工程预算定额来说，同样为挖普通坚土(深度均在2米以内)，人工挖土方定额单价为732.39元／100立方米，而人工控基坑定额单价为：1150.41元／100立方米，
又如把普通混凝土定额套用成钢筋混凝上定额项目，二者都套用了高的定额单价。从而提高了工程造价，但在工程决算审核中、这两种高套定额又有所不同、前者我们应从熟悉工程组计算规则着眼，后者应从掌握施工要求和竣工图纸方面人手。
（二）虚增工程量问题
1、在基建工程的某一分项工程中，多计算工程量
例如：在屋面工程中，实际用30块预制空心板、而在决算中却列了34块；在油漆工程中，刷墙裙400平方米、却列了600平方米、这种情况非常普遍、在隐蔽工程中应尤为注意，这就要求审计人员有熟练的工程量计算技能，同时，项目主骨部门要有严格的隐蔽工程现场记录和签证。
2、工程量重复计算
某一分项工程在某定额项目中已列入决算，但在决算的其他定额项目中仍可以看到此项工程量，就是干了某一单项工作。而重复要了两次钱，只是反映在套用两次定额项目罢了。这一点在竣工决算中也经常遇到。
例如：在门窗洞口上面的圈梁、过粱项目中，实际工作中有一些门窗上的过梁已经被圈梁代替，但在决算中，过梁定额中有此项，圈梁项目中也没有扣除，这就重复计算了门窗的过梁，大形中增加厂建设单位的负担，多支付资金。
3、注意定额项目本身包含的工作内容
在某些定额项目中已包含了一些表面似乎没有的项目
例如：在整体面层中的水泥沙浆地面、水磨石地面中，每100平方米面积均包括95米的踢脚线，而决算中，施工单位常常把其二者分开来做，同样增加了建设单位的负担，这一点也不容忽视。
（三）计取费率问题
计取贽率问题一般比较简单，国家分类不完全一致，有的地区按施工单位资质等级计取费率，这就要求审核人员要明确掌握施工单他的真实情况，加固定资产、 企业 总人数及工人、技术人员、管理人员之间的比例。
根据国家建设部的要求，将要全面推广并实施的是按工程类别加以计取费率，至于某项工程应该按几类进行计取费率，制约因素主要有：建筑物高度、建筑面积、整体结构(框架结构、砖混结构等)、跨度等几种。
（四）材料价差问题
由于建筑产品的庞大性、多样性、复杂性，使得建筑材料具有多样性且材料价格有时随时间(特别是季币)变化的明显性，这就要求审计人员除了要多订阅一些建筑性报纸、杂志、建筑材料价格信息、指导等有关资料，掌握建筑材料的些新变化、新动态、新趋势外，还要深入到建筑市场了解建筑材料的价格，进而做到审核决算中的材料调差项目时心中有数。
作为一个基本建设工程项目的审核部门，可根据本单的实际情况，如人力、物力、财力，进行全审、抽审、或在一份决算中审核一些造价比较高的项目，以实事求是为原则，以完善制约机制为目的，与项目主管负责人员积极配合，尽量做到支付给建设单位的建设资金支付合理，不流失、不浪费。