同时，十几年来形成的基础、主体、竣工三部到位等级核定与巡回抽查相结合的工程质量监督运行方式，随着我国经济体制改革的深化和社会主义市场经济体制的逐步建立，也出现了诸多的矛盾和问题。
社会过多依赖工程质量监督核验，客观上把工程质量监督机构视为了工程质量的责任者。
工程质量谁核定，谁负责，政府工程质量监督机构变相成为工程质量的责任者，而直接参加工程建设的各方责任主体，反而袖手旁观，进而颠倒了市场经济活动中产品的制造者以产品直接负责的规律，而质量监督机构的行为是政府授权的，质量监督是政府管理行为的延伸，政府同样也成为工程质量的责任者。客观上造成了从微观管理向宏观管理、从直接管理向间接管理转变的政府管理体制改革与现行三部到位等级核定的工程质量监督运行方式的矛盾与不和谐。
单一的实物质量监督，无法实现质量监督机构对工程建设参与各方质量行为的全面监控。
建筑工程工期长、多专业、多工种和材料设备多品种的特点，决定了传统单一的实物质量监督方式已远远不适应社会主义市场经济的发展，单纯依赖质量监督机构的几次到位。施工几百天，判断一阵子，难免使监督的全面性受到约束，造成无法对工程质量进行全面准确的核验、评定和有效控制。
建设工程质量监督机构的现有素质，尚不能保证政府监督的有效性。
政府工程质量监督经过近20年的发展，监督机构的人员素质、设备、监督理论和经验乃至权威性虽然取得了质的变化，但一些工程质量监督机构的人员素质不高、设备相对滞后以及自我廉政、勤政约束机构不健全的问题依然不同程度地普遍存在，这些势必影响工程质量的监督力度和深度，直接削弱了政府监督的有效性和权威性，亟待改进和完善。
为了全面贯彻执行《建设工程质量管理条例》等一系列工程建设的法律、法规以及工程建设强制性标准，工程质量监督机构应根据工程质量不断发展的要求，特别是工程普遍实行监理的情况下，针对工程质量监督机构角色和职能的变化，积极探索新的思路和理念，深化工程质量监督机构改革，健全执法运行机制，建立工程质量管理与监督的新模式。
建立健全工程质量监督告知制度，提高监督执法的透明度，使工程质量监督真正成为阳光监督。
工程建设各方从建设工程活动一开始，就应享有知情权，了解监督工作的方式、方法、内容和手段，以便充分调动工程建设、监理和施工等受监单位自查自纠、自我约束的积极性和主动性，自觉规范质量行为，减少和避免质量事故的发生。
建立集体监督机制，保证执法监督的公正性和准确性。
深化工程质量监督机构改革，提高工程质量监督力度的重要手段是加强监督执法。应改变现有的监督方法，建立集体监督机制，一个专业配备两名以上监督人员，并规定要持证上岗。在日常工程质量监督和调查违法行为过程中，推行一人为私，两人为公的执法理念。同时规定不同级别的监督文书分别由各科室的监督人员、科长以及站领导按权限范围签发，保证执法检查和处罚的严肃性和准确性。
建立预见性、服务性的质量监督模式，做到服务与执法有机结合。
工程质量监督机构应针对工程质量的事前控制、过程过程和事后控制三大环节，在做好过程监督和工程违规行为的严肃查处的同时，加强工程质量的事前监督，提高监督工作的预见性、服务性。当工程质量出现下降的趋势或工程施工到难点部位、易出现质量通病的部位时，监督人员应及时到现场提示和指导，以此扭转滞后监督、被动应对的局面。
建立行为监督与实物监督并重的监督运行机制，实现从单一实物监督向工程建设各方质量行为监督的延伸。
工程质量监督机构应将工程建设各方的质量行为以及其结果，即工程产品质量，均列为监督对象，将工程建设参建各方推向工程质量责任第一线，通过日常监督、监督巡查与结构工程季度大检查相结合的监督形式，对影响建设工程质量的全要素实现全覆盖的监督。对于在工程质量监督过程中发现的问题工程，除严格按《建设工程质量管理条例》的有关规定进行处罚外，还要建立和推行工程质量信息公示、公告制度，通过报纸、广播、电视台等新闻媒体定期向社会发布工程质量信息公示和公告，提高全社会的质量意识。
改变以日常监督为主的监督方式，将随机检查作为工程质量监督检查的主要方式。
工程质量监督工作应采取巡查和抽检相结合的监督方式，以保证建设工程使用安全和环境质量为主要目的；以保证地基基础、主体结构、环境质量和与此相关的工程建设各方的质量行为为主要内容；以施工许可和竣工验收备案制为主要手段，改变原来的预约式、通知式的监督检查方式，加强巡回检查和随机抽查，保证检查内容和部位能够真实反映施工的质量状况。
为了保证政府监督的有效性和权威性，监督机构应不断提高监督队伍的素质和监督工作水平。
没有高素质的质监队伍，就很难建立与质量监督职能相适应的权威。因此，工程质量监督机构必须加强质量管理、质量控制的学习，提高监督队伍的业务素质。还应不断完善质量监督手段，增加检测设备，改变传统的敲、打、看、摸等落后的检查方法，加大科技含量，提高工程质量监督的工作水平。
工程质量监督机构应不断建立健全行政管理、技术管理和质量监督制度，严格遵循质量监督程序，充分发挥各方责任主体的主导作用，依靠先进的建筑施工技术、质量管理技术和信息网络技术，充分运用经济和法律手段监督管理工程质量活动，不断探索和实践适应新时期要求的质量监督管理新模式，建立起规范的工程质量监督管理制度。