法律法规体系不完善，执行不到位
多头立法、条块分割，下位法与上位法不一致甚至冲突，降低了法律的约束效力。我国招标投标相关的法律法规、规章以及管理办法等规范性制度文件，分别由全国人民代表大会、国家相关部委、地方人大及政府各级行政主管部门来制定，由于各自角度和立场不同，同时受部门利益影响，造成实际上的多头立法、条块分割、部门垄断，甚至发生下位法与上位法冲突和抵触问题，部分部委和地方的招标投标文件与上位法《招投标法》相冲突，降低了法律的约束力。
法律法规执行不到位。现行涉及规范招投标活动的法律法规除了《招标投标法》和一些部门规章、管理办法等外，还有《中华民共和国行政许可法》《中华人民共和国建筑法》《中华人民共和国合同法》《中华人民共和国担保法》《中华人民共和国安全生产法》《反不正当竞争法》，以及《建设工程质量管理条例》《建设项目环境保护管理条例》《建设工程勘察设计管理条例》《建设工程安全生产管理条例》，等等。大量的法律法规的制定和实施涉及了不同的执法主体和监管主体，并调整着不同的事项，共同对招投标活动进行规范，而实际情况是各方缺乏协调配合，致使执行不到位。
法律法规文件尚不完善。目前我国还处在市场经济体系框架刚刚建立阶段，建筑工程招投标依据的法律法规内容尚存在不完善的地方，主要体现在两个方面，一方面是法律法规内容缺乏，需要补充；另一方面是随着经济的快速发展，原有的法律法规不适应新的经济发展环境，需要修改和完善。
招标时间缺乏弹性。《招投标法》明确规定依法必须进行招标的项目，自招标文件开始发出之日起至投标人提交投标文件截止之日止，最短不得少于20日。由于这条规定弹性空间小，没有充分考虑招标项目的规模大小和复杂性，因此在实际执行中就可能会出现小项目招标时间太长的问题。
成本价概念模糊。《招投标法》规定投标价格低于成本价的除外，但由于法律规定的低于成本中的这个成本由谁来确定并没有明确，成本是企业个别成本还是社会平均成本也没有明确，因此对于投标报价是否低于成本价的问题，实际执行中难以分析判断，具有不可操作性。
投标后企业未中标原因不明，给招投标暗箱操作留有隐患。由于《招投标法》第40条第3款规定评标委员会成员和参加评标的有关工作人员不得透露对投标文件的评审和比较、中标候选人的推荐情况以及与评标有关的其他情况。因此，在招标文件中往往规定不中标不解释，投标人为何未中标，原因不明，这样的规定就使评标标准的执行情况缺乏透明度，给业主或招标人明招暗定，暗箱操作留有余地，给投标人投诉和维权设置了障碍。
现行法律法规对评标专家的约束力弱。主要体现是专家违法违规行为难以认定，致使对于评标专家的监督管理困难。
开展和推进工程担保的相关法律法规缺位。在工程担保方面，现行涉及工程担保的法律法规或部门规章中，担保公司介入工程担保的地位尚未完全得到确认，法律缺位成为当前制约担保公司拓展工程担保业务的主要障碍，等等。
招投标执法主体不明确。《招投标法》虽然规定了违反法律法规的法律责任和处罚办法，但对于谁去执法则没有明确，导致实际执法过程中执法主体不明确，执法不严、违法不究现象时有发生。这样做的最终结果就是无法保障招投标各方的利益，特别是作为弱势群体施工企业的利益不能得到切实保障。
政府职能改革滞后
政府在招投标中集立法、监督管理、投资人三种角色为一体，三种角色之间界限不清，致使正常的招投标市场秩序无法建立。在政府投资项目施工招标投标中，政府承担着立法、监督管理和投资人三种角色，而三种角色之间往往界定不清。我国现有适用于建筑市场管理的法律法规，对政府投资项目招标过程中一些因政府承担多重职能而可能出现的问题缺乏法律法规条文和执行细则，导致政府投资项目施工招标投标过程中有法难依，执法不严的现象时有发生，影响了整个招标投标体系的效率。同时政府集运动员和裁判员于一身的特殊身份使监管很难到位。而且，由于现行法律法规对政府投资项目的投资人主体和项目法人主体没有明确规定，在实际操作中，各政府职能部门往往以监管主体的身份承担投资人的部分权力和义务，导致部分政府投资工程出现只有监管者没有投资人的现象，投资效益和工程质量难以得到有效保障，政府投资人的权利得不到有效保护。因此，正常的招投标市场秩序难以建立。
招投标政府行政监管机构条块分割且部门职能交叉，无法形成统一监管体系，致使政出多门、监管多门，加剧了市场分割、垄断。从监管机构的设置上看，我国目前的行政监管模式仍沿袭着计划经济时代的方式，即按照行业属性，按照各系统和地方的行政主管部门分别监管。例如土木工程（包括装修、水电安装）招标投标监管由建设行政主管部门负责，设备招标投标监管由经济贸易行政主管部门负责，专业工程（水利、通信、民航）的招标投标监管则由各专业行政部门负责，如果投资中涉及到政府采购，则还需在接受各行政部门的监管的同时，接受政府采购部门的管理。同时项目又分为重点建设项目和一般建设项目，重点建设项目招标一般由发展改革委的重点项目稽查办公室进行监督管理。
现阶段，我国正处于社会主义市场经济体制转轨时期，政府各相关部门都在锐意改革，创新招投标监管机制，出台了许多有助于规范招投标市场机制的制度文件，为推进招投标事业起了重要的作用。但由于在现行体制下，行政监管条块分割、部门职能交叉，致使规范招投标相关的法律法规、监管、以及信用体系也依据各部门的权限和职能的不同而分别建立和形成；招投标各行政监管部门还往往利用手中职权对本系统和地方市场准入设置各自门槛，对招标投标设有各自的程序和实施细则，致使政府工程管理模式不统一，各自为政、职能交叉的情形存在，因此也经常出现重复管理、互相推诿等情况。这样既浪费行政资源，降低了行政效率，又加大了建设市场的分割、封锁和垄断，而且还使被监管人无所适从，加重了各市场主体的负担。比如，市场主体各方为了获得市场准入资格，就需要取得政府不同主管部门出具的资质证明，从业人员也需要取得各种执业资格证书。调研中，有的同志就说企业必须是全能选手以应付不同监管部门的要求，还有的干脆把这种情形称作是为了发展注册经济