1、 设计方原因
(1)设计周期不足。由于现阶段国家对公路建设的投资规模不断加大，建设速度不断加快，高速公路项目前期工作包括设计周期明显不足。其结果是欲速则不达，反而导致后期设计变更增多，投资增加，工期延长，随之而来的索赔也不断。
(2)设计精度不够。一些项目设计对沿线地质情况、水文、道路及构筑物分布情况调查不详细，造成工程缺项、漏项、工程量不准，在实施中就出现大量的变更直接影响工程造价，甚至突破概算。
(3)工程造价文件编制粗糙。在工程招标文件中，合同商务条款不规范，有缺项、漏项，致使编制造价不足，需要在施工中调整，这也是留下变更、索赔的隐患。
2、业主方的原因
(1)建设单位为了追求工程质量等原因。现阶段的公路工程项目，实行了项目业主负责制尤其是质量责任终身制，项目业主单方面追求工程质量，提高工程质量标准，增加质量保证措施，对原设计进行变更修改，以提高质量保证度，从而造成变更。
(2)现行的工程变更实施细则不完善，可操作性不强，或建设过程中没有严格执行设计变更管理办法。如对变更项目及变更费用的确定方法规定不详细、不具体，强制性欠缺，或对部分工程项目设计变更只批方案，未批增减投资多少和资金来源，或存在着重大设计变更不按程序上报，先实施后报批的现象。
(3)合同执行不严密，缺乏有力监督。如合同签发前或实施中，未按合同规定时间解决征地移民，提供三通一平问题；未按合同规定及时供电、供水，合格的主材或大型施工机械未到位；未按合同规定及时向承包方提供施工图纸等。
(4)更改经批准的施工组织设计的工序或者设计改线，或要求压缩工期，提前工程项目的完工时间。
3、承包方的原因
(1)由于承包人技术和管理方面的失误引起的工程变更。如承包人变更投标时业主和监理工程师已批准的施工方案；或未按合同的技术要求施工，造成工程质量不合格。
(2)因承包人的责任，未按期完工。如承包人无法按合同工期完工，工程竣工期拖后，或者监理工程师根据合同条款，终止全部或部分施工合同项目，强制分割给其他承包人完成，或相关项目承包人无法履行或不能完全履行合同，本工程承包人提出补救措施的变更。
（3）承包人以低价中标，高价索赔。某些承包商在投标时故意压低投标价，获得工程，在施工中随意变更，虚增工程量，通过恶意索赔赚取利润。
4、监理方的原因
(1)监理工程师提出的优化设计或优化工期所引起的工程变更。监理工程师针对现场的实际情况，以合同和技术规范为依据，对原设计进行完善或局部小修改。
(2)监理工程师对承包商的变更申请未认真审核，随意签署意见引起的工程变更。
(3)监理工程师工作上的失误和协调能力欠缺所引起的工程变更。如对施工图审查不严，将有错漏的图纸签发给承包方造成的变更、索赔；未按合同规定对材料质量和技术标准严格把关而引起的经济损失；现场协调不当，工程施工中处理问题不及时，引起索赔等。