一、结算依据明确
结算依据是：
1、 业主单位（即项目法人）、承包单位（即施工单位）双方共同签订的发、承包合同（或协议）。
2、 业主单位驻工地的工程建设部（含所属工程项目部）签署的已完工程月报表（又称月付款证书）。
3、 业主单位财务部签署的工程价款结算账单。
工程的设计修改，超出已签合同规定的范围，需要调整工程量或调整结算单价，按审定的合同变更清单办理。
下列情况不予结算：
⑴没有签订合同（或协议）的工程项目；
⑵工程项目中质量不合格的部分；
⑶未经业主单位驻工地的工程建设部（含所属项目工程部）验收核实（或无计算依据）的工程量、工程价。所谓验收核实，是指业主委托的测量队或检测中心的检测，检验单上有检测人和复核人的签名认可。计量及验收细则按国家颁布的验收规程和三峡工程具体情况已有另行规定。
二、 结算方法清晰
1、 结算时间：
实行月度结算，元月份计时为1 月1 日至25日，12月份计时为11月25日至12月31日，其余各月计时为上月26日至当月25日。
2、 工程预付款和备料款按以下原则办理：
⑴工程预付款和备料款按业主单位与承包单位双方共同签订的合同支付和抵扣。对周期较长的项目，采用年度预付款的形式。即：根据当年的工作量预付当年的预付款，并在年度结算内逐步扣回。
⑵个别项目因工程急需来不及签订合同（或协议）的，为不影响工程建设，可由业主单位的工程建设部（含所属工程项目部）根据形象进度和国家有关付款额度规定，提出一定比例的预付工程款，填制工程预付款账单。例如，三峡二期工程施工高峰期间，为解决主要承包单位流动资金不足，业主单位采取积极的资金扶持措施，向主要承包单位提供专项流动资金。其使用范围限于：主要施工设备、施工周转性材料、砂石料和拌搅生产系统的备品、备件项目的购置。专项流动资金按业主垫资款办理。专项流动资金有总额度和施工单位的分额度。专项流动资金的使用，由业主单位的财务部与使用单位签订协议。支付时，由使用单位提出申请，经业主单位的工程建设部（含所属工程项目部）审核后，财务部支付。专项流动资金实行专款专用，不得挪用。对于使用单位违规行为，视其违规程度给予5-10%的罚款，情节严重的，取消垫资协议。专项流动资金的扣还，原则上按使用单位承担的三峡二期工程合同支付达50%的合同金额时开始扣还，合同支付达90%的合同金额时须扣完全部专项流动资金。起扣时间和分年度的扣款额度因不同项目而异。为加快施工单位的投入，业主单位组织设计、监理等单位及时对合同的变更、索赔项目进行审理。对一些变更可以成立，但金额较大，一时难以准确处理的变更和补偿项目可以采用预付的办法过渡解决，以便承包单位能够按合同计划及时组织实施，确保工程进度和质量；
⑶因特殊原因，工程预付款和备料款不能按合同规定抵扣时，由业主单位的工程项目部提出意见，经业主单位分管领导审批后，按应扣数额每月0.03％计息。
3、建设期间，业主单位付给承包单位的备料款，工程预付款和工程进度款的总额，不论时间长短，均不得超过合同总额的90%。其余部分5%在工程缺陷修复期支付；另外5%为工程质量保证金，在工程竣工验收合格并提供全部竣工资料，一年后，保修期满结算。
三、结算程序规范
1、每月27日前，由承包单位编制已完工程月报表一式七份及变更合同量清单，送监理单位，据以审查已完工程的形象进度、质量、数量和工程结算价款。变更合同量清单事先需经业主单位计划合同部门审签后，再填列工程价款结算账单。
2、每月28日至29日，由监理单位负责工程项目的施工形象进度和计量验收、计价和质量评定工作。
3、当月29日，监理单位在已完工程月报表上签署工程形象进度、质量、工程量和工程结算价款的审核意见。对工程质量的评定要签具合格、不合格的结论性意见。对于不合格的部分，应指明工程项目，工程量，并提出处理意见。一式七份送工程建设部的项目工程部复审。
4、次月1日，业主单位的工程项目部在已完工程月报表上签字后，一份返回给监理单位；一份给承包单位，据以填制工程价款结算账单；一份给业主单位的档案馆或工程技术部，据以登记设计量台账；一份给业主单位的计划合同部，据以登记统计台账；一份给业主单位的财务部，据以登记工程价款结算台账（即工程投资完成台账）；一份自留，据以登记验收台账和设计量调整台账；一份送三峡财务公司或中国建设银行三峡专业分行。
业主单位的项目工程部按编制合同编号目录和按工程量报价单项目排列出合同单价系列表一式三份，一份送业主单位财务部，一份送业主单位计划合同部；一份自留，据以核对结算单价，合同金额在1000万元以上的需经业主单位的计划合同部核定。计划合同部在次月15日前提出认定清单一式5份，一份送业主单位的工程建设部所属项目部，一份送监理单位，一份送业主单位的财务部，一份送三峡财务公司或中国建设银行三峡专业分行；一份自留据以办理结算。若变更合同和单价，一时难以商定的，为不影响工程建设，可以实行预结，然后按季补签协议，并按协议对予结款多退少补。
5、 次月2日至3日，由承包单位根据审定的已完工程月报表 填制已完工程价款结算账单 一式5份送三峡财务公司或中国建设银行三峡专业分行审签。次月4~10日承包单位将三峡财务公司或中国建设银行三峡专业分行审签的结算账单送业主单位财务部，业主单位财务部对结算工程价款进行核实和抵扣予付工程款、预付备料款、代扣款、扣除质量保证金等，经办人签字后，实行分级审签。
6、业主单位财务部将签章的已完工程价款结算账单，向承包单位办理银行划拨手续。并将签章的工程价款结算账单返回承包单位一份；返回三峡财务公司或中国建设银行三峡专业分行一份；返回业主单位的工程建设部所属项目部、计划合同部各一份，据以登记合同台账；自留一份，据以登记工程价款结算台账和填制会计凭证。
逾期结算方面，各方均按合同条款承担责任划分，按延付金额的每日0.03％支付滞纳金。
没有实行监理单位负责制的少数临时工程项目，承包单位填制已完工程月报表在每月27日前，一式6份，送业主单位的工程建设部的项目工程部。经项目工程部和计划合同部审签后，送三峡财务公司或中国建设银行的三峡专业分行和业主单位财务部，据以审核承包单位填制的工程价款结算账单。
按照以上结算程序、承包单位、监理单位、业主单位，经办银行直接参与工程价款结算工作的人员在三十人左右。以上结算在电子信息办公化前，均用手工操作，建立健全相应的手工台账。在计算机系统建立后，用电子信息自动化处理。所有的工程价款结算和合同执行情况与国家审批的工程初步设计概算和业主根据初设概算编制的执行概算对照一览表在三峡总公司内部电子网上一目了然，相关人员可以在自己的办公桌上随时查询，透明度很强。
工程价款结算报表、账单，由中国三峡总公司统一印制。业主单位受国家税务部门的委托，对建筑安装工程营业税及其附加，实行统一代扣代缴。