但在具体操作中仍存在着一些问题，不容忽视。
一、互相利用，彼此陪标。即投标单位暗地相互勾结协商，拟定一中标单位，其他单位全力配合演戏；
二、打牌挂靠，形成围标。即指某一施工企业为了排斥竞争对手，同时以多个施工企业的名义参与同一个建设工程项目的招标，进行围标操作；
三、拉帮结伙，恶意串标。即指投标人之间事先拉帮结伙，对招投标事项进行串通，从而使所有投标人的投标报价高位运行；
四、黑市中介，提篮倒卖。即指某些不法分子以利益为诱饵，说服那些缺乏信心的竞标施工企业加入陪标、围标、串标队伍，自己从中谋利；
五、评标匆忙，不利择优。各地现行的评标办法大致为：当天评标，当天抽选评委，当天完成评标工作。如此仓促，自然弊病甚多；
六、合同多变，留下隐患。施工企业一经确定，本应严格根据招标文件签订与其主要内容相符合的建设施工合同，但有的变更造价，有的变更材质要求等，留下隐患；
七、体制缺陷、方法弊端。
以上种种问题，违背了建设工程招投标的公开、公正、公平的原则，影响着我国建筑市场的健康发展，亟需以有力的措施进行规范。
一要创新建设工程管理机制，把过去若干个政府部门分散管理的工程，变为由政府设立的某个部门集中统一建设和管理。如深圳市于2002年在全国率先设立财政全额拨款的建筑工务局，负责政府投资的工程项目的统一建设管理。
二要完善现行的招投标法规，现行的一般有三种方法：合理定价评审抽取法、经评审的最低价中标法、综合评估法，这三种办法都存在问题。我们在对100万元以下，30万元以上的政府投资工程项目进行公开选择施工队伍的探索中，尝试实行明标抽取法，即各建设工程项目我们事先委托工程造价咨询机构编制工程预算，经审计部门审计后，作为标底，通过交易中心或固定媒体向社会公布，让符合资质条件的施工单位参与公开抽签定标。
三要健全相配套的部门规章，要建立健全工程投标保证金制度，建立市场准入制度，建立工程担保、工程保险制度，健全市场稽查制度，加快建立规范施工企业与专业人员信用制度等。
四要强化政府的监督管理，主要从这几个方面来努力：
1、减少建设方利用资格预审限制和排斥潜在投标人或搞假招标的现象。
2、进一步完善评标办法。采用综合评估法评标的，要科学合理地设定评分内容、指标体系分值，减少随意性的人为因素的影响。
3、加强对标底的管理。招标人设有标底的，标底的作用只作为参考，而不应成为中标的直接依据，以防止利用标底操纵中标。
4、加强对评标专家的管理。完善评标专家保密制度，完善评标专家的专业配置，增加专家的数量，加强对专家评标过程的行为监督，建立违规违纪即取消资格的清出机制。
5、加大对招标代理机构和工程施工监理机构的监督力度。建立对代理（中介）机构工作质量的考核办法，加强动态管理，对违规行为建立档案，严厉查处代理（中介）机构的违法违规行为。
6、加快行政监督的信息化建设。实行监督信息资源共享，增强监督管理工作的约束力和权威性。为开标、评标工作的顺利进行和举报查处违规案件奠定基础。