项目的矩阵管理是现代生产组织建设的产物，是现代工程建设项目组织管理的客观需要。
随着我国项目建设体制的不断改革，项目管理对项目建设的项目进度、质量、费用的管理和控制的作用已日益体现出来。项目管理中非常重要的一个内容就是组织形式采用矩阵式管理，这是国际工程公司普遍采用的项目管理组织形式。工程公司或工程项目为了实现不同业主对项目建设及其进度、费用和质量等目标的不同需求，以相对固定的专业部室作为专业质量、人力和设备资源的保证，临时组织项目班子，按照项目经理负责制的项目管理体制，受公司法人代表的委托，全权代表公司执行项目合同，并同时为工程公司赢得利润。
矩阵管理中项目的内容
工程公司是以项目为经营对象的企业，主要的工作内容是专业部门建设和项目管理。矩阵管理最明显的特征是突破了组织管理上行政命令的统一指挥原则，造成项目人员有两个上司：专业部门主任和项目经理，使项目工作中的模糊性大大增强，冲突也容易发生，处理不好会带来混乱，甚至影响项目的进度和质量。因此，要搞好项目的矩阵管理，必须合理确定施工专业部室和项目机构两方面的职责。
专业部门的职责及管理。典型的工程公司专业部门的设置是按照施工、物资和项目管理的功能分为几大部分，以景鹰高速公路及北同蒲项目为例，项目部又分设施工技术、物资设备、安全质量、财务等专业部门，这些部门的主要职责是：适应公司的经营发展目标，开发相关的专业技术；根据项目的人力负荷需求，有效地调动和配备专业人员；进入项目的专业人员的工作指导和专业质量的保证；专业基础工作、工作手册、标准规范、施工规定、工作程序的制定；专业技术的经验积累和总结；各个层次专业人员的培训和考核；项目所需的其他保证。
专业部门的管理重点是工作标准、人员培训和行政管理手段，其目标是建立适应项目需要的工程技术和工作标准。在项目准备阶段派遣合格专业负责人和专业人员；在项目初期阶段组织对专业方案的评审；在项目执行过程中对专业人员工作的监督以保证项目的质量，对人力和设备资源的合理安排和调度，以保证项目的进度。
项目机构的职责及管理。工程项目的临时性决定其工作周期的有限性，且往往又很紧迫。工程公司对项目的要求是在有效时间内，在公司人力、设备、费用和其它资源的条件内，满足合同和业主明确或隐含的质量要求，完成合同规定的目标，使业主满意，并为本公司获取预期的效益。
项目的组织机构是根据项目的要求临时组建的，各专业负责人作为矩阵管理的交点，受部门主任和项目经理的双重领导。笔者认为，这两种领导的内容是有区别的：后者是专业负责人在专业进度、采用标准、专业质量要满足项目分解给本专业的有关质量、进度和投资等的工作要求，原则上对人无指挥权；而前者除了专业的技术方案、质量受到部门的直接监督和指导外，本人还要受到部门的调派和指使。
矩阵管理中项目每个人员都受双重领导。项目经理对项目组织基本上不是行政指挥，而是强化程序化管理，即对项目的工作范围，业主明确和隐含的要求，各个专业的工作内容，进度、投资和质量要求，接口条件传递，项目输出要求，与业主和分包单位的协调，文件管理等等，均要求明确化、程序化和文件化。文件化和程序化的管理要求项目有相应的管理水平和手段，减少人治因素。项目在策划阶段就要编制大量的项目管理文件：根据合同和业主的各种要求明确项目的工作范围，规定项目的执行方式，项目进度、费用、材料、文件和变更的控制方式，与业主和分包商的协调内容及方式，施工文件表达方式，过程中将要涉及的各种标准规范的确定，质量保证和控制文件的编制，结合项目修订的工程施工规定，满足项目总进度的计划安排。随着项目的不断深入，还将产生大量的管理性文件和项目报告。
项目中矩阵管理的实施及作用
一旦项目合同签订，项目经理正式组建项目班子。项目经理一般由公司任命派出。项目经理对内是项目的指挥官，受公司主管经理的领导，在工作程序和方法上受项目管理部门指导；对外，受公司法人代表授权全面履行合同，全权负责合同执行的一切事宜。
对EPC项目，典型的项目组织机构包括：项目经理、施工经理、物资经理、现场经理、计划工程师、质量工程师、费用估算师、费用控制工程师、材料工程师，有时还配备工艺经理和项目工程师。这些项目的主要管理人员均来自专业管理部门，负责协助项目经理对项目总体的工作范围、建设进度、投资费用、项目总体质量与合同管理进行策划、组织实施、管理指挥和变更审查。
施工专业人员由施工经理根据项目需要和工作分解（WBS）确定；施工专业负责人由相关专业部门派出，为确保技术质量和项目管理，原则上未经项目经理的同意，不得中途换人。专业负责人是项目与施工部门的矩阵交点，代表本施工专业部门负责项目WBS分解定义为本专业的所有工作，包括：施工工作范围，施工规范，施工质量、进度和资源的管理；负责本专业的技术方案、布置、选材、施工规定；负责专业接口条件的审查、专业之间工作的协调、本专业施工文件进度的管理；本专业施工人员的工作安排和进出。各专业一般人员的确定由专业负责人与所在部门领导协商。