相关法律体系不健全。建筑行业相关的法律法规有些条文与行业发展的要求极不相称，存在明显的滞后现象，造成许多国际通行的承包模式或其他做法无法适用；同时，相关法律还存在空白点，这与当前庞大的检测市场现状是极不相称的，致使建筑工程检测行业较为混乱，也严重制约和影响了工程质量监督工作的发展。
行政管理体制不畅通。由于我国传统的管理体制和相关职能配置等原因，使得行政管理条块分割、政出多门的问题依然存在，影响了全国统一建设市场的形成，也使行业结构调整空间受到限制。质量管理或质量控制角色混淆不清、政企不分等现象仍时有发生，这些不符合市场经济发展的要求的做法，严重影响了工程质量监督工作的权威性和公正性。
投资主体行为不合理。由于当前政府投资在我国新增投资中仍扮演着重要的角色，因此政府投资主体缺位带来的问题也就更加突出。在实践中政府投资被特定的实施机构完全控制，缺乏必要的监督和管理，给工程质量监督工作顺利进行增加障碍。同时，投资资本构成单一，投资行为科学化、集约化和先进性降低，风险意识不足，责任压力不够，控制监督不力，致使大量项目风险被转嫁到建筑企业，这些都给工程质量的监督工作带来困难。
工程质量保险不科学。虽然在当前的建筑领域已经引入保险，但是应该强制的落实不到位，非强制的商业保险又不广泛。保险的种类较分散，对项目保障部全面；保险费率的制定也不科学，并没有与实际情况紧密挂钩；同时，参建各方的投保意识不强，从而导致对现场的管理松散，而保险公司只保不管，缺乏对现场的认识，无法为投保人提供有效的防灾防损服务。
市场管理体系不健全。现行的建筑市场管理体系是以落实参与各方主体的质量行为为出发点和落脚点，但由于建设工程牵涉到规划、勘察、设计和施工各阶段，在这些阶段中都存在质量风险，而现有的监管体系中政府监督、社会监理、参建各方主体负责工程质量等环节还不能有效衔接，对工程质量监督不免要受到影响。
除此之外，监督机构自身的工作也存在不到位的现象，这些都是目前我国工程质量监督体系中存在的较为突出的问题。
借鉴发达国家建设工程质量监督管理体系中的成熟做法，结合我国当前的实际情况，充分认识目前存在的问题，笔者就我国工程质量监督体系的改革提出几点粗浅的看法。
完善相关的法律法规。首先应加强立法，进一步明确政府监督职能，强化质量监督执法的法律依据，其次要做到执法严格，加大对违规行为的惩罚。
建设科学的信用体系。建立工程风险管理制度是建立和健全社会信用体系的重要组成部分，可以有效地规范建筑市场各方主体的行为，促进投资效益的提高和保证工程质量、安全生产。可以推行全过程保险等模式，同时建立风险评估与信用评价体系。
改革监理及质检公司的合同关系。改变监理公司和检测公司在工程质量监督体系中的实际地位，使之工作重点切实放在工程质量和安全方面，真正对工程项目负责。增强其中介工作的公正性和独立性。
推行工程总承包和科学的项目管理方式。与国际接轨，借鉴发达国家的成熟做法，推行工程总包及科学的项目管理方式，这将改变现行管理体制中对业主质量行为无法约束的被动局面。政府质量监督部门可通过加强对项目管理公司和总承包公司的质量行为的检查来控制工程整体质量。
此外，根据项目的投资主体是政府或非政府，采取不同的监督模式；同时加大监督力度，增加违约违法成本等，也是完善我国工程质量监督工作的重点。