恶意消耗着建筑施工企业的单位工程经营成本。工程竣工后工程款被长期拖欠所带来的第二个后果就是恶意消耗着施工单位的工程经营成本。因为无论施工单位完成的工程量大小，都是由人工、材料和各种配套管理的综合投入形成的，这种综合投入是一个具体的、有计划的、目标明确的投入，其投入和产出是有一定比例的，这种比例的大小或多少，就是施工单位的效益体现。在此，形成这种比例关系的一个重要元素就是时间，也就是说，单位时间内的投入，必须用单位时间内的收入来衡量，投入与产出离开了时间这个度的限制，就会造成成本的增加。我们从许多并没有拖工期，也没有出现质量问题，预估收益不错的项目因长期无法结算而最终出现亏损的原因分析可以看出，因已竣工的工程长期结算不了，施工单位在原项目施工时所拆借的银行贷款、所赊各家的建筑材料款等的利息、成本都会随着时间的推移而逐渐增加，这就出现了计算结算成本与实际决算成本因结算时间的延长而出现实际差距在加大的问题，这种实际投入成本加大的过程，实际上就是由建设单位长期拖欠施工单位的工程款所引发的恶意消耗施工企业的单位工程经营成本的恶性循环。事实上，恶意消耗施工企业单位工程成本的行为，严重制约着施工企业的发展。
造成建筑施工企业的核算基础失真。从另一个方面来看，项目竣工后，由于结算不及时，建设单位长期拖欠施工单位的工程款，造成施工单位无法在法定时间内进行真实的数据统计和财务成本计算，从建筑经济学的核算规律来看，没有实际收入的效益实际是假效益，没有通过最终决算出现的赢利，实际上也是虚赢利。出现虚赢利的一个直接原因就是核算基础失真，失真是因工程竣工后施工单位本该收回的投入资金和利润长期被建设单位无偿占用，而施工单位在明知被占用资金短期内收不回来，根据归定，还要把这些虚假利润计入企业收入指标，眼下，建筑施工企业核算基础失真是一个普遍存在的现实问题，这种失真的出现与建筑市场目前存在的诚信度下降有直接关系。
使建筑施工企业慢慢陷入营运资金链断裂的困境。这是一个更严峻、更可怕的问题。统计表明，短期的、相对小额的竣工工程的工程款被拖欠，除了增大企业成本外，对企业的经经和发展，并不会造成太大影响，但这种势头如果不加扼制，任其发展，当建筑施工企业业已形成的竣工工程的工程款，被建设单位无偿占用，拖欠到一定的量的时候，企业的生产经营和发展趋势就会发生质的变化，即亦出现因已竣工工程长期占用企业的生产和流动资金而迫使建筑施工企业的营运资金链发生断裂，使企业的生产经营陷入绝境。更有甚者，因为这种资金链的断裂，使企业因项目的虚假赢利而处于债主围门，债务缠身的尴尬境地，现实当中每一个建筑施工企业都或多或少的受工程款被拖欠的困扰，据了解，苏北某市有几家本来效益和信誉都很好的国有建筑施工企业，就是因工程款被拖欠的量太大，时间太长而走上了破产重组的道路。
形成新的三角债务链直接危及社会安定和社会和谐。近年来，随着建筑市场环境的持续恶化，市场诚信度也在不断下降，大量拖欠工程款所带来的新的三角债务链严重干扰着建筑市场的正常秩序，有些债务链因为涉及面广，已影响到了职工队伍的稳定和社会安定。这些情况的出现，从理论上讲，因建设单位拖欠施工单位工程款所形成的新的三角债务链和上世纪末国家着手治理的三角债有许多不同点：首先，目前出现的新的三角债务链实际上已演变成多角债务链，当时的三角主要指建设单位，施工企业和银行这三个法律主体，现在由于许多项目工程的主材是由甲方直接供的，另一些材料又是由施工单位购买或赊欠的，这就出现了除了银行以外的第四方或第五方债权人或债务人；其次是随着弹性用工制度的推行和建设部新的企业资质等级标准的实行，专业劳务公司由原来附属于施工企业劳务中心的地位，上升到具有独立法人资格的法人地位，加之国家对农民工工作的重视，拖欠职工工资和拖欠农民工资问题已上升到涉及社会安定和国家稳定的政治高度，因而随着被拖欠主体法律地位和社会地位的提高，妥善处理好新的三角债务链问题，应该说已涉及到构建和谐社会的大局；第三，新的三角债务链是在国家对建筑市场大环境进行治理的过程中产生的，这就从另一个方面向政府和法治部门提出了一个如何从法律的源头进行完善的问题，许多新的三角债务的形成都是建设单位或施工企业在实践工作中故意钻法律的空子形成的。
应对工程结算难成的对策
政府管理部门从加大立法力度入手，掐断建设单位和施工企业不法经营的源头。政府管理部门是管理各级建筑市场的行政执法主体，对确保和维护建筑市场按公开、公平、公正的原则健康有序运行有着义不容辞的责任。有效治理建筑市场上长期存在的工程款结算难的问题，除了出重拳之外，政府部门另一个重要的职则，是在强化管理的基础上，不断完善现行的各项法律法规和管理制度，从立法的源头抓起，掐断建设单位和施工企业不法经营的途经。实践证明，现行的《招标投标法》和《建筑业法》等法律，由于颁布在我国改革开放的中期和我国入世之前，在具体条款上随着形势的变化，确实存在着需要补充和完善的地方，笔者认为，眼下，在上述两部国法还没有修订的背景下，各级政府管理部门，可以依据自己的执法权限，分别制定含有限制工程拖欠款等相应内容的实施细则或管理规定等地方法规。以此对目前建筑市场上明显存在的法律死角或法规没涉及到的盲区进行必要的弥补。
执法部门要加大执法力度，不给各种拖欠行为生存的土壤。法院、反贪、纪检、监察和工商管理、公证等部门，应采取联合执法的办法，加大对清收工程拖欠款的执法力度。事实证明，凡是工程款拖欠严重的地方，基本建设领域的腐败都是比较猖獗的。因而，从正党风，树政府形象，加大反腐力度的高度出发来看待清收工程拖欠款工作，对尽快扭转目前我国建筑市场上长期存在的工程款拖欠势头逾演逾烈的局面是十分必要的。同时，政府的各职能管理部门和专业管理部门，也要从加大行政执法力度入手，依法行政，加强对建筑市场的监督和管理，不给各种拖欠工程款的行为，有存在的土壤。
施工企业应从完善工程承包合同入手，学会用法律武器保护自身的合法权益。《建筑工程承包合同》是建筑施工企业组织项目施工，进行项目成本核算的法律文书。合同体现了建设单位和施工企业在某一工程项目上所处的法律地位和各自应承担的责任和义务是国家以法律形式保护建设单位和施工企业的权利与义务的法定契约。由于合同本身具备了如此众多的法律内含，因而平等是促成这种契约形成的基楚。总结施工企业备受建设单位拖欠工程款的缠绕的经验教训，更提醒我们要学会用法律武器来保护自身合法利益的重要，而如何体现并用好国家法律，最基本的工作还是从与建设单位签订《工程承包合同》起，就把企业要被法律保护的权利写进去，企业在建筑市场上所处的相对弱势的地位，并不代表着合同中也要出现弱势。
施工企业要结合建筑市场的变化树立更加理智的经营理念。 所谓更理智的经营理念，是要求施工企业要面对复杂的建筑市场变化情况来适时调整自己的经营策略、管理思路和管理方法，以更严谨的内部管理制度，更灵活的外部经营方式和更加科学的经营承包办法来管好项目，管好企业，管出效益。从经营上来说，一个工程中标了，首先要签好合同，在合同的签定上要不留漏洞，使企业的既得利益处于法律的保护之下；其次，要管理工程，在工程管理上，做好各种分部项项目的签证工作是至关重要的。项目开、竣工签证，材料质量和工程质量签证，隐蔽工程和工程变更签证等，上述资料齐备了，就从法律的角度堵住了建设单位拖欠施工企业工程款的源头；第三是抓好工程施工的全过程管理，通过更科学的管理方法，更系统的管理方式充分体现管理出效益的优势。