项目管理代建制度是顺应时代发展的产物，但在工程实际中，由于它还处于不断完善的过程中，难免会出现一些与社会发展不相适应的问题，需要在今后的实践中不断改进。随着建设体制改革的深入，工程项目管理代建制度在政府投资领域中取得了很大成就，但是代建制企业的发展日前尚存在较多问题，需要进一步研究解决。
风险转移问题尚未解决
代建制度是一种民事委托关系还是行政委托关系，理论和实践都提出了这个问题，一方面，代建制普遍存在一个实践矛盾，即委托代建的房屋建起来了，委托人各相关政府，作为直接的当事人，且不得不面对不断出现的工程质量和使用功能缺陷的投诉，这种情形在危房改造等安居工程建设中普遍存在。
另一方面，国家法律法规赋予了建设单位在建设工程项目上的重大责任与义务，不能够因为实行代建制而产生转移。实行代建制的本来目的是希望通过代建方使建设单位从非专业领域工作中摆脱出来，不必承担这些单位无力承担的专业责任与义务。但是当代建行为的法律关系不清时，建设单位在签定协议时，就可能有这么一种情况，通过委托代建，建设工程的民事责任风险转移了，但更重要的行政责任乃至刑事责任的风险并没有转移，原因在于代建制度并不是一个法定制度。
国家行政法规规定的建设单位的责任与义务以及建设单位违法的责任追究，包括对单位主管领导的责任追究，并没有因民事性质的委托而转移。现阶段的代建单位因有限的代建取费而不愿承担更多的代建责任，同时建设单位也因风险并没有也无法完全转移，面对委托代建持疑虑态度，合作双方这种背反的期望目标便对建设工程项目产生各种不利的影响，在工程建设过程中，扯皮、纠纷、责任推卸等情况时常发生。这些，对于代建制度的顺利推行是十分不利的。
与现有的建设工程管理制度交迭
我国建设工程管理体制是伴随着市场经济的发展而逐步变化的，加上建设行政管理体制上的条条分割情况，便产生了一些具有条条分割特征的管理制度和机制形式，如工程咨询管理制度、工程监理制度、设计咨询制度以及其他各类细分的工程建设中介服务制度等。这些制度和机构组织的业务不仅具有同性质的重叠性，还因与政府的某行业的管理职能关联，通过各自的资质、资格及业务范围的管理而形成相对的封闭的运行机制，导致建设工程的中间管理服务环节过多，不仅造成资源浪费，管理低效等问题，还一定程度上阻碍了建筑领域的市场经济发展步伐。
现在，又要在政府投资领域建设项目上再实行一个代建环节，是否会因增加一个中间环节而影响工程建设效能，也是客观存在的一个问题。
根据国家法律法规规定，监理单位在工程建设过程中，应当承担工程质量、进度、投资控制义务和对项目的合同管理，信息管理以及工作协调责任。而目前的代建制度，代建人在工程实施过程中所承担的权利与义务也大致如此。如果不能有效地处理好两者之间的关系，可能会对工程建设产生副作用。
项目前期工作风险
由于运用代建制，项目的组织实施工作由项目管理公司来完成，而在政府投资领域的项目管理中，前期准备工作的难点之一就是大量的房屋拆迁和土地征用问题，而过去这些工作往往是依靠政府的强有力的行政推动，并适时制定和调整相关政策来保证工程进度，表现的是政府行为，而运用代建制后，则改为管理公司完成此项工作，作为企业，往往是举步维艰的。并且在企业行为下，花费在房屋动迁的费用相对以前要多出许多，对工程总投资会造成不利的局面。
现行体制阻碍代建制企业的发展
我国的代建制企业大都隶属于政府部门。虽然根据政府体制改革的要求，代建制企业正在改制，但从整体看，政企不分、产权不明、责权不清的现象依然存在。由于代建制企业与相关政府部门的裙带关系，自然形成一种行业保护主义、地方保护主义，将极大的阻碍代建制企业的市场竞争，对代建制企业的长远发展是相当不利的。
由于历史的原因，目前国内各家代建制公司都有一些行政富余人员，甚至某些人还在领导岗位工作，由于他们的存在，公司的人事制度、工资制度改革迟迟无法开展，且长期的机关作风使得他们的思想观念与现代企业的发展、创新精神格格不入，成为企业发展道路上的绊脚石。
从业人员素质有待提高
我国目前的代建制行业，项目管理人员的专业水平都很高，现场实践经验较多，可知识面偏窄，综合协调管理能力较弱，尤其是经济、商务、管理、法律等方面知识和能力不足，缺少项目经理、双语人才、复合型人才，而熟悉国际惯例，能从事国际工程咨询的人才就更少。并且我国代建制企业的人员组织结构不合理，考核机制也尚来健全，而且培训经费缺乏，缺少专门培训机构。
面对代建制发展过程存在的这些问题，应该怎样解决呢？笔者认为，其方案可以是如下这些。
改变经营机制、拓展服务领城
根据代建制的地方法规，代建制服务领域为政府投资项目，但近年来我国的投资主体结构已发生了很大变化，民间投资和境外投资所占的比重越来越大，工程咨询公司针对服务对象的变化，其服务范围、服务层次和服务内容都将发生重要变化。与国家投资相比，民间投资和境外投资对管理咨询企业服务的要求更严格甚至是苛刻的。
首先，对管理咨询企业的服务范围要求的非常宽泛，从投资机会的研究到项目投产甚至到日后的经营管理。
其次，在服务层次方面，除保留建议和评审外，将扩大到编制投资项目经营计划，提供项目经理或经营管理人员或班子，使管理咨询企业达到参与投资甚至对投资承担相应层次责任。
第三，国内管理咨询企业目前工作内容的主要依据是建设项目经济评价方法与参数，由于投资主体的变化，这套方法与参数对民间投资和境外投资的通用程度受到考验。民间投资和境外投资对投资利润率更为敏感，在资金的运营管理上更强调低成本和高效率。
另外这些投资中的相当部分还存在着各式各样的制约条件，有些境外投资本身就带有投资领域的通行的游戏规则，根据投资者的要求及时调整自己的工作内容。因此，国内的管理咨询企业应该有计划地在各方面进行必要准备，以适应由投资上体变化出现的市场需求的变化。
深化体制改革，建立现代企业制度
在我国具有代建制资质的企业，几乎清一色是隶属于某一个政府机关，有的甚至就是政府机构的原班人马，对外挂出一个具有企业性质的牌子而已。现阶段，这个明显带有垄断色彩的行为对于企业的发展有着得天独厚的效果，但对于企业的长期发展是相当不利的，行业的垄断限制了竞争。且企业姓国，对于调动员工的积极性也有不利的一面，我们应该借鉴国外的经验，采用合伙人或股份制的形式对企业做出体制改革，用现代企业管理的理念，深化企业的人事制度改革和分配制度改革，加强企业员工的凝聚力，以适应未来社会发展的需要。
加强从业人员素质培养，增强企业核心竞争力
代建制企业属于智力服务业，它与其他产业的主要区别在于它的成果是在从业人的知识、经验和智力中产生的，为此从业人员的素质极为重要，这不仅要求从业人员有较高水准的专业知识，还要通晓有关法律、心理、社会及相关科学知识，要有较强的语言表达能力、敏锐的思维能力等，除此之外，还要承担法律和社会责任。国外对管理咨询执业人员管理较严，从事工程管理咨询上作的人必须具有执业资格注册证书。代建制企业应有完整的人员聘用、考核激励和培训计划。
代建制在我国的发展历史不长，还有相当长的路要走。代建制企业如何在市场经济的大潮中取得更快、更好的发展，是企业需要认真深思的问题。