一、实行行业垄断，保护本系统企业的利益，招投标自行划分范围，甚至指定施工单位，影响了建筑市场的正常秩序。如某高速公路项目，在未向有关部门报批的情况下，就采取了将路基路面工程进行系统内部邀请招标、其他部分面向社会邀请招标的做法，其中路基路面工程由该系统内部的某公路工程公司中标，中标价为8874.1万元，占工程总投资的84.5%，中标额占总投资比重过大，很容易产生非法转包、分包等问题，工程质量难以保证。
二、行业工程项目建设的管理模式陈旧。行业工程项目建设在以往计划经济体制下均由指定部门统一管理，行业垄断现象严重，不利于项目建设、工程验收和工程财务管理。随着市场经济体制的建立，建筑市场的建设程序逐步规范，这些行业所属具有企业性质的单位大都进行了改制和剥离。但由于历史原因及行业的特殊性，仍然存在一定程度的关联关系，通常在某项专业工程的招投标过程中，建设单位、监管部门、施工企业都是原同一系统的，而且各部门之间人员交流非常频繁，不利于项目建设、工程验收和工程财务管理。项目在具体运行过程中监督程序弹性也比较大，有时形同虚，难以保证其公开、公平、公正性。
针对上述问题，笔者建议：一是把项目推向市场，严格执行工程建设程序。二是尽快建立健全与当前行业工程项目建设市场相适应的管理制度，以强化对行业工程项目建设的管理。三是推行非经营性政府投资项目代建制。由政府采购部门通过公开招标的方式，择优选定专业的代建单位，代建单位采用交钥匙工程的方式负责完成政府委托的项目建设目标。该机构对国家负责，与业主脱钩，项目竣工后交付使用单位。政府与代建单位的权利、义务均通过合同予以确认。代建单位一旦投资超出预算，或工期发生延误、质量不符合要求，均须承担违约责任。