从投标保证金存发挥的作用和市场主体是平等的角度来看，投标保证金的存在是不合理的，而且很容易滋生一些不良现象，主要表现在以下几点：
投标保证金并没有发挥真正意义上的保证作用。一般意义上，投标保证金主要是保证投标人不中途撤标和中标后签订合同。建设部《房屋建设和市政基础设施工程施工招标文件范本》第16条规定如投标人发生下列情况之一时，投标担保将被没收：投标人在投标有效期内撤回其投标；投标人拒绝按本须知第32条规定修正标价；中标人未能在规定期限内提交履约担保或签订合同协议。在实际操作中，投标人基本上不会撤回投标书，更不会拒绝修正标价，招标后拒签合同的事情更不会发生，发生比较多的是投标人在资格预审中或在投标中弄虚作假。同时，在工程发包过程中，招标人对投标人的选择是经过了层层审查和挑选才确定的。施工单位有建设主管部门审查核准的资质证书，有工商行政管理部门颁发的营业执照，有这些政府部门审查核准的证件，为何非要靠保证金才能保证履约吗？
投标保证金是建立在甲乙双方权利不对等的基础上的。在工程招投标过程中，招标人和投标人作为签订合同的甲乙双方各有其权利和义务。甲方可以要求乙方按时履约，那么乙方也应该有权要求甲方保证招标程序规范、公平公正。乙方既须付保证金，按权利和义务对等原则，甲方也应付保证金。比如，某高层办公楼的工程投资将近两个亿，投标人甲以合理的报价和完美的方案获得了排名第一，但是招标人明招暗定，早有明确的意向中标人。招标人便故意设套为难中标供应商，结果投标人甲知难而退无奈弃标，第二意向中标供应商顺利递补，试问，招标人的权利可以有保证金保证，那么投标人的权利又有什么来保证呢？
投标保证金不符合担保的原则。按照《担保法》的立法原理：保证、保证人、保证金都应当由债权人和债务人之外的第三人担当或实施。由于制度设置不当导致投标保证金被招标代理扣留、履约保证金被招标人挪作它用或成为垫资施工的挡箭牌。如此带来的影响是十分不好的。某房地产高层住宅小区工程的招标，中标价为1.6亿元，招标人在招标时收取了500万元的投标保证金。当中标人签订合同后，招标人迟迟不退投标保证金。中标人无奈之下只好欠材料款，工程施工受阻。假如在投标时由第三方提供投标保证担保，就不会影响到工程施工。
投标保证金占用施工企业大量资金。投标人所付的保证金很容易被招标人移用，很多投标人要求退保时，招标人以各种理由进行拖延，甚至还有的投标人付了保证金之后，招标人杳无音信，追讨无门。而投标人一旦中了标，那就很难追回了，绝大多数都转入履约保证金栏目下，而这一部分都是投标人的流动资金。试想一个年施工产值过10亿元的企业，一年不需要承接太多的工程，以20个项目估算，仅投标保证金就能将1600万元资金沉淀到招标人帐户上，这样不是把施工企业必需的流动资金抽空了吗？施工企业还怎样去发展呢？
投标保证金扰乱建筑市场的正常竞争。在招投标过程中，很多招标人以投标保证金为手段，提高门槛，进行暗箱操作。比如某高校的教学楼工程在招标过程中，明确要求参加投标的企业必须交纳1000万的投标保证金，如果中标，该项资金转为履约保证金，而该工程的总体造价才7000多万，投标保证金远远超出了80万的最高额限制。根据业内人士猜测，这肯定是建设单位与意向单位故意提高竞争门槛，用巨额保证金吓退不知内幕的潜在对手。
总之，缴纳投标保证金的做法并不能发挥保证履约的作用，反而滋生了建筑行业的一些潜规陋习，加重了施工企业的负担，影响了建筑行业的发展。我们应该探讨一种更为科学有效的方法，而钱有时并不是万能的。