市场主体不规范
项目业主行为不规范。主要表现为规避招标、串通招标、明招暗定、肢解发包工程、强迫中标人签订阴阳合同，以及投资资金不到位，拖欠工程款等问题。
投标企业行为不规范。主要表现为，投标企业诚信缺失，以弄虚作假和其他不正当手段骗取中标；行业自律性差，串标、围标、陪标现象时有发生；恶性竞争，低价竞标，中标后再以高价索赔、偷工减料等方式获利；违法层层转包、分包等。而且，由于投标企业属于弱势群体，在招标投标过程中，虽然明知受到不公正待遇，但为了争取揽到工程，也害怕对以后的项目投标产生不利影响，往往不敢采取法律手段来维护自己的合法权益。
部分招标代理机构诚信度较差，行为不规范，服务意识不到位。主要表现是：不能严格执行法律法规，与业主、投标企业合谋搞虚假招标、肢解发包工程；代理机构超资质范围承接、挂靠代理业务；代理机构从业人员水平参差不齐，综合素质和业务水平有待进一步提高。
个别评标专家缺少职业道德，不讲诚信。主要表现在评审时不尽职尽责，草率评标；在利益驱动下与关系企业勾结，为他们打高分，影响评审结果。另外，现评标时间大多在0.5～1天之间，对于大型工程项目来说评标时间不足。
有形建筑市场定位不明确。有形建筑市场（建设工程交易中心）有的挂靠在建设行政主管部门，有的为独立运行的服务型事业单位，还有的存在重复建设问题，如在省会城市建有省级和市级两个有形建筑市场，造成资源浪费，承接业务量不足。
代建制的推行受制约
国务院《关于投资体制改革的决定》（国发[2004]20号）明确提出，对非经营性政府投资项目加快推行代建制，即通过招标等方式，选择专业化的项目管理单位负责建设实施，严格控制项目投资、质量和工期，竣工验收后移交给使用单位。推行代建制对于规范和加强政府投资项目管理；发挥专业咨询机构的作用，提高项目管理水平和工作效率；打破现行政府投资体制中投资、建设、管理、使用四位一体的模式，使各环节彼此分离、互相制约，遏制政府投资项目建设过程中的腐败事件的发生都具有重要的意义和作用。但当前由于投资人、监管者、业主、代建单位各方职责定位不清，致使代建工作常常受到多方干扰，代建制推行难度加大。
最低价中标后患无穷
根据《招标投标法》第41条规定中标人的投标应当符合下列条件之一：能够最大限度地满足招标文件中规定的各项综合评价标准；能够满足招标文件的实质性要求，并且经评审的投标价格最低；但是投标价格低于成本的除外。另外，七部委第12号令《评标委员会和评标方法暂行规定》第29条也明确规定：评标方法包括经评审的最低投标价法和综合评估法或者法律、行政法规允许的其他评标办法。因此，现阶段采用的评标方法一般分为两类：综合评估法和经评审的最低投标价法。由于在实际评标过程中，主要是对技术标和商务标进行评标，而技术标在综合评分中所占比重较小（据了解，技术标一般占40～45%，商务标占55～60%），同时投标人的技术组织设计方案差异也不大，因此，商务标成为中标的关键，谁的标价最低谁就能中标。
最低价中标的原则是国际工程招标投标中的惯例，即符合合同的授予应采取报价对购买者经济上最有利的标准。但是在我国，最低价中标已导致投标人恶性价格竞争。施工企业为了中标，不惜报低价，中标后一旦发现价格报亏了，就停工或拖延工期；采取偷工减料或高价索赔等方式，以及通过加快工程进度缩短工期从而多接工程来弥补损失或获得盈利，这些做法对于工程质量、安全生产以及工程按期完工均带来了巨大隐患。
工程量清单招标方式问题多
我国2003年7月1日起开始施行《建设工程工程量清单计价规范》（以下简称《清单规范》），规定全部使用国有资金投资或国有资金投资为主的建设工程应执行《清单规范》；其他投资的建设工程采用工程量清单计价的应执行《清单规范》。推行工程量清单招投标，实现量价分离，对于完善招投标制度，促进施工企业提高管理水平自主报价，并由市场竞争决定价格，起到了积极的作用。但是，工程量清单招投标在我国还刚刚推行，起步较晚，实践中还存在不少问题。