项目组织结构大致有三种模式:第一种是按照职能的划分方式每一职能部门对应一种专业分工职能式组织结构是在组织当前的职能型等级结构下加以管理一旦项目开始运行项目的各个组成部分就由各职能单位承担.各单位负责完成其分管的项目内容。如果项目的性质既定.某一职能领域对项目的完成发挥着主导性的作用.职能领域的高级经理将负责项目的协调工作。第二种是按照项目划分的项目式组织结构就是指创建独立项目团队「这些团队的经营独立于上层组织的其它单位有自己的专属的管理和技术人员.企业配给项目团队一定的资源，项目经理是由上层组织直接指派被授权有执行项目的最大自由。第三种是混合形式的矩阵式组织结构，是职能式和项目式的一种有效综合在常规的垂直的职能层级结构之上加载了一种水平的项目治理结构。针对一个或几个项目职能部门经理对项目组织人员有组织调配和业务指导急资源提供的责任，而项目经理将参与项目组织的职能部门专业技术人员有效组织成项目临时团队统一指挥对项目的结果负责。团队随着项目的开始而开始随着项目的终结而结束。
在基于职能的划分组织模式中存在的仅仅是狭义的项目管理在处理职能部门内部核心业务时权力集中.效率极高在项目轮换，人员使用，资源配置上有很大的灵活性.最大程度的保证项目的连续性，职能部门成员面对部门经理的直接监督和考核能发挥自身最大的潜能。但也有不少弊端一是当遭遇跨部门项目时，跨越部门的合作与交流困难项目组织及职能部门间会存在着较大的冲突往往表现在资源竞争、目标期望等方面二是项目缺少重点而每个职能部门却有自己的核心常规业务为了满足自身部门的基本需要而项目责任则相应的被忽视:三是项目参与者的主动性不强.他们的职业发展与提升只会与其职能部门核心业务相挂沟项目对他们而言只是额外负担。四是责任不明确在这种组织结构中，没有全权授权的项目经理往往是作为协调的各职能部门经理只相应负责项目的一部分，导致常常会出现没人能承担项目的全部责任，最终将项目推向两难的境地。而基于项目划分的组织结构也已经被企业采用这种项目目标.责任清晰明确资源配置合理的项目组织形式，针对性极强成员凝聚力强决策快，具有项目时间短，成效大等显著特点特别在公司组织结构混乱效率低下.职责不清企业文化缺失的企业.但也有不少的弊端。一是当多个项目并行时.每个项目都有独立的项目组织.项目组织间缺乏信息交流.这必然导致不同项目的重复努力和规模经济的丧失运营成本极高造成资源的浪费.管理成本提升:二是项目团队是独立的是依赖项目而存在的久而久之项目团队与上层组织之间会出现一条明显的分界线项目导向性特性使项目团队与上层组织不能有效的融合;三是创建自我控制的项目团队不用最好的技术来解决问题;四是项目任务一旦完成项目组成员的出路将会面临最大问题对项目组成员来说.缺乏事业的连续性，和自身保障。
矩阵式项目组织结构是相对比较适合现代项目管理需要的，已经被越来越多的企业采用特别在强调管理成本的企业中，这种组织结构的优点在于一是和职能式组织结构一样资源可以在多个项目中共享可大大减少项目式组织中人员兄余的问题二是项目是工作的焦点，具有一个正式指定的项目经理会使他对项目给予更强的关注负责协调和整合不同单位的工作:三是当有多个项目同时进行时，公司可以平衡各项资源以保证各个项目都能完成其各自的进度、成本及质备要求;四是项目组成员对项目结束后的忧虑减少，一方面他们与项目紧密联系的同时另一方面职能部门也是他们坚强的后盾.但不可避免的存在弊端一是项目团队成员需要同时面对职能经理和部门经理两个上司，不利于调动成员积极性。二是竞争冲突跨项目的设备资源和人员及对稀缺资源的竞争都会引发冲突。
项目管理的方法应用于企业是提高其核心竞争力的重要途径企业越来越依赖项目管理也印证了其巨大价值结合项目的特点平衡项目与上层组织需要，使资源分配合理，项目成果与运营目标互相融合综合企业自身的组织文化及运行环境是选择合适的项目管理结构的前提。从项目管理概念上入手从组织方式上思考去解决根本问题.形成适应项目管理的组织结构、管理制度和组织文化，这是企业管理者必须认真重视的问题。从职能式组织结构.到基于项目划分的组织结构再到距阵式的组织结构，项目经理从无到有，管理力度由小到大，协调能力由低到高当项目涉及部门越多.涉及内容越新.涉及各职能部门利益越深所需协调能力越强，那么就越需要采用更有效支持项目管理的组织结构。