1.工程量的计算规则不同
清单项目工程量的计量原则是以实体安装就位的净尺寸计算的，不包括任何为工程施工安装所需的预留量。
定额工程量包括了人为规定的预留量。实际上，预留量的确定需要根据施工方法进行确定，方法不同，所需的预留量也不同。
2.单价的构成方式不同
工程量清单计价采用的是综合单价，综合单价是指完成一个规定清单项目所需的人工费、材料和工程设备费、施工机具使用费和企业管理费、利润，以及一定范围内的风险费用，工程量清单费用(=清单工程量项目综合单价)、措施项目清单费用、其他项目清单费用、规费、税金五部分构成，可以较为直观地反映完成某一分项工程的价格。
定额计价采用的预算单价，一般只包括单位定额工程量所需的人材机费用，不包括管理费、利润，也没有考虑风险因素。
3.计价程序和定价机制不同
定额计价的一般做法是：先根据施工图纸计算工程量，套用预算定额计算直接费，然后以费率的形式计算间接费，最后再确定优惠幅度，或直接对其他直接费费率、间接费费率、利润率进行浮动，从而得到最终报价。这其中，定额有明确的规定，不得随意变动，以体现政府定价的特点。
工程量清单计价则是通过国家颁布的《建设工程工程量清单计价规范》GB50500-2013，统一建设工程量清单计价办法、统一工程量计算规则、统一工程量清单项目设置规则，达到规范工程量清单计价行为的目的。这些规则和办法是强制性的，建设各方面都应该遵守。
4.计价依据不同
这是清单计价与定额计价的最根本区别。按定额计价的唯一依据就是定额，国家统一定价，企业竞争费率难以展示企业的综合实力。而工程量清单计价模式下的工程造价是在国家有关部门的间接调控和监督下，由工程承发包双方根据工程市场供求关系变化自主确定工程价格，其价格的形成具有自发形成、自发波动和自发调节的特点。
5.工程竣工结算的方法不同
定额计价的结算方法是：按竣工图纸及设计变更计算工程量，按相关定额子目和投标报价确定的各项取费费率进行计算。
工程量清单计价的结算方法是:设计变更或业主计算有误引起的工程量清单数量的增减，属合同约定幅度以内的，执行原合同确定的综合单价进行结算，综合单价不变；属合同约定幅度以外的，按合同约定调整合同单价。
工程项目漏项或设计变更发生新的工程项目，其相关综合单价由承包人提出，经发包人确认后作为结算依据。由于工程的变更，实际发生取消项目或增加项目给承包商造成的各种费用损失，承包人可提出索赔要求，与发包人协商确认后予以补偿。