1 植物多样性资源状况不清楚
目前，各地很多植物园对自己园内的植物资源情况比较熟悉，但对本地区范围之内的植物种类仍处于一个模糊的状况之中，对植物的种类、分布的位置、数量情况不清楚，哪些是濒危物种，哪些是本地特有物种了解甚少，与植物检疫部门沟通联系少，信息不能共享。一些资料掌握在少数的专业技术人员手中，特别是植物园专业人员岗位变动或离退休后，这种矛盾更加突出。很多植物园都出了自己的植物名录，但是这些植物到底分布在哪些区域，以后的变化情况是怎样，能够做到实时掌握的很少。
2 宣传力度不够
近年来，在各级政府相关部门的重视下和植物园等各专业单位的努力下，随着生物多样性和环境宣传教育的加强，公众环境意识和参与积极性有较大提高。但是，生物多样性基本知识的普及教育和宣传力度还很不够，致使广大公众对生物多样性、生物安全、生物入侵、遗传资源流失等概念陌生、知识缺乏。植物园管理人员和科普宣传人员基础知识水平不高，力量薄弱，植物园生物多样性宣传活动较少，难以在社会上引起较大的影响，因此生物多样性保护缺乏坚实的群众基础。这也是造成人为破坏生物多样性的重要原因之一。
3 植物多样性研究滞后
植物多样性研究滞后的原因首先是对此项工作的认识不足，植物园的研究工作一般都把工作重点放在植物的引进、展示、推广，在短期内能够为植物园带来经济效益的项目上；第二是缺乏必要的研究条件，植物多样性研究需要必要的物质条件作保障，设备硬件跟不上研究工作的需要，在一些植物园甚至缺乏相关的专业工具书籍；第三是专业人员欠缺，植物多样性研究涉及到植物分类，而植物分类学科因所需时间长，投入精力多，并且不象其它学科能直接产生经济效益，一般植物分类人员收入水平偏低，所以没有人愿意学植物分类或从事植物分类工作，导致现阶段专业植物分类人员欠缺，专业人员的缺乏是导致植物多样性研究滞后的重要因素；第四是缺乏经费保障，植物多样性研究是一项长期的工作，在短期内不能体现明显的经济价值，各地科研管理部门都不愿意投入资金用于此类研究，仅靠植物园自身的力量远远不能满足研究工作的需要。
4 植物园间协作有待加强
我国的植物园根据各自归属部门的不同，有属中科院系统、林业部门、农业部门、医药部门、地方科研体系、城建园林部门以及教育系统等等，都承担着植物的引种驯化研究工作，由于建园的宗旨不同，性质和特色也不一样。
生物多样性保护工作一般由国家环保局、国家林业局等部门牵头，而对公众开放的一般是城建园林部门的植物园，而这一部分植物园又侧重于植物的观赏性，生物多样研究工作相对滞后，中科院及高校的理论研究比较深入，但众多研究成果不能被公众所认识。植物园的性质不同造成信息资源不能共享，研究成果难以被社会认识，生物多样性保护工作难以获得牢固的群众基础。@www.guifan.net