以法定利率为限，以约定为主计算工程款利息
《建筑法》第18条规定，发包单位应当按照合同的约定，及时拨付工程款项。《合同法》的第283条也有相应的规定，明确了支付工程款是发包方的主要义务，其随附义务即为在无故未能按期足额支付工程款时承担由此产生的利息。此处利息的性质应归属于法定孳息，其计算标准不得超出国家法定利率，具体为中国人民银行发布的同期同类贷款利率。鉴于建设部颁布的建设工程施工合同的格式样本中已经分别就预付工程款、工程进度款和工程竣工结算款作出了约定，并进而明确发包人未按期支付工程款应承担应付款的贷款利息责任，而实践中绝大多数的建设工程施工合同均采用了建设部的上述格式样本，故而就发包人拖延支付的工程款应在法定利率范围内，按双方约定计付标准计算延期履行利息。这里要注意的是，工程欠款利息和承包方垫资利息同样在约定不明的条件下应加以不同处理。其缘由在于：承包方的垫资在理论上是以达到承接工程为目的而作出的自愿行为，在与发包方未就垫资利息的计算作出明确约定的前提下，如司法机关片面支持承包方要求返还垫资款利息的主张，则无疑相对加重了发包方的支付负担。
关于工程款利息的支付并无太多理论问题需要辨清，但在实践中对该利息的起算时间则有较多差异。从合同法的理论来说，自发生工程欠款事实之日起即应起算欠款利息。但由于建设工程施工的特殊性，发包人和承包人双方多约定按照建设工程施工的形象进度支付工程款，而实际施工中又常出现资料不完善、工期顺延或设计变更等因素，造成无法确定确切的付款时间节点，绝大多数施工合同在履行中难以按照原合同约定确定实际付款时间。故而，在双方未明确约定支付工程价款时间或约定不明时，司法实务需要事先明确若干大体公平的时间点来确定拖欠工程款的利息起算点。实践中有观点提出，工程款按工程造价鉴定确定的，应从鉴定结论作出时起算工程款利息。
但由于诉讼中可能出现多次鉴定结论并存的局面，难以作为确定有效的起算时间。第二种做法是自判决确定支付之日起判令发包人支付利息，但对诉讼期间的工程款利息缺乏保护，不利于平衡承包人权益。第三种较为常见的做法依《合同法》第279条的规定将竣工验收合格之日作为拖欠工程款的利息起算日，其法理依据较为充足，但由于工程实际竣工日期在实践中多为建设工程质量管理站在竣工验收文件上签章日期，和施工完毕日期常出现较大差异，且存在很多不规范现象，给司法操作带来较大难度。鉴于以上因素，最高人民法院相关司法解释以工程是否实际交付为区分，规定了工程实际交付之日为应付款时间;建设工程未交付，但承包人已在竣工验收合格后合同约定时间内提交了竣工结算文件，发包人在合同约定时间或合理的审价期限内(一般为28天)不予答复的，视为发包人认可竣工结算文件，以承包人提交该结算文件之日为应付款时间。至于工程价款未结算、工程也未交付的，因结算条件尚未成就，应按权利人向司法机关正式主张权利即一审原告起诉日期作为应付款时间。